代表者 : 尾崎 遼
筑波大学 医学医療系・人工知能科学センターの尾崎遼准教授、国立研究開発法人理化学研究所 生命機能科学研究センターの二階堂愛チームリーダーらの研究グループは、１細胞RNAシーケンス法（１細胞RNA-seq）データのリードカバレッジの細胞間変動（細胞ごとのばらつき）を可視化するソフトウェア「Millefy（ミルフィー）」を開発しました。
１細胞RNA-seqデータのリードカバレッジには、既知・新規転写単位、正常・異常スプライシング、アンチセンスRNAやエンハンサーRNAの発現などの様々なRNA関連生命現象が反映されています。しかし、これを効果的に捉えるデータ可視化手法はこれまで存在しませんでした。
本研究では、リードカバレッジの細胞間変動を可視化するソフトウェア「Millefy（ミルフィー）」を開発しました。Millefyを、既報のマウス胚性幹細胞（ES細胞）およびトリプルネガティブ乳がん患者由来上皮細胞の１細胞RNA-seqデータに適用したところ、アンチセンスRNAの制御、エンハンサーRNAの発現、非翻訳領域長といった、遺伝子発現量だけでは発見・解釈が困難な細胞間変動を明らかにできることがわかりました。
