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庄司光男

Shoji, Mitsuo

計算科学研究センター , 教授
Center for Computational Sciences , Professor

http://www2.ccs.tsukuba.ac.jp/people/mshoji/

オープンアクセス版の論文は「つくばリポジトリ」で読むことができます。

21. Roles of the Flexible Primary Coordination Sphere of the Mn4CaOx Cluster: What Are the Immediate Decay Products of the S-3 State? Isobe, Hiroshi; Shoji, Mitsuo; Suzuki, Takayoshi; Shen, Jian-RenYamaguchi, Kizashi
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B Epub: (2022) Semantic Scholar
22. Heme-bound tyrosine vibrations in hemoglobin M: Resonance Raman, crystallography, and DFT calculation Nagatomo, Shigenori; Shoji, Mitsuo; Terada, Takuto; Nakatani, Kiyoharu (+8 著者) Shibayama, Naoya
Biophysical Journal 121: 2767 (2022) Semantic Scholar
23. Relative energies among S3 intermediates in the photosystem II revealed by DLPNO coupled cluster and hybrid DFT calculations. Possible pathways of water insertion in the S2 to S3 transition K. Miyagawa; M. Shoji; H. Isobe; T. Kawakami (+1 著者) K. Yamaguchi
Chem. Phys. Lett. 793: 139439-1 (2022) Semantic Scholar
24. Relative energies among proton-shifted S2 isomers in the photosystem II revealed by DLPNO coupled cluster and hybrid DFT calculations. Proton transfer coupled spin transitions of the CaMn4Ox cluster in OEC of PSII Miyagawa, Koichi; Shoji, Mitsuo; Isobe, Hiroshi; Kawakami, Takashi (+1 著者) Yamaguchi, Kizashi
Chemical Physics Letters 790: 139357 (2022) Semantic Scholar
25. Mechanism of Water Oxidation in Photosynthesis Elucidated by Interplay Between Experiment and Theory K. Yamaguchi; S. Yamanaka; H. Isobe; M. Shoji (+1 著者) K. Miyagawa
Advances in Photosynthesis and Respiration 47: 39 (2021) Semantic Scholar
26. pyProGA-A PyMOL plugin for protein residue network analysis Sladek, Vladimir; Yamamoto, Yuta; Harada, Ryuhei; Shoji, Mitsuo (+1 著者) Sladek, Vladimir
PLOS ONE 16: (2021) Semantic Scholar
27. Isolobal and isospin analogy between organic and inorganic open-shell molecules Application to oxygenation reactions by active oxygen and oxy-radicals and water oxidation in the native and artificial photosynthesis K. Yamaguchi; K. Miyagawa; H. Isobe; M. Shoji (+1 著者) S. Yamanaka
Advances in Quantum Chemistry 84: 425 (2021) Semantic Scholar
28. A three states model for hydrogen abstraction reactions with the cytochrome P450 compound I is revisited. Isolobal and isospin analogy among Fe(IV)=O, O = O and O Miyagawa, Koichi; Isobe, Hiroshi; Shoji, Mitsuo; Kawakami, Takashi (+1 著者) Yamaguchi, Kizashi
JOURNAL OF PHOTOCHEMISTRY AND PHOTOBIOLOGY A-CHEMISTRY 405: (2021) Semantic Scholar
29. Exploring reaction pathways for the structural rearrangements of the Mn cluster induced by water binding in the S-3 state of the oxygen evolving complex of photosystem II Isobe, Hiroshi; Shoji, Mitsuo; Suzuki, Takayoshi; Shen, Jian-RenYamaguchi, Kizashi
JOURNAL OF PHOTOCHEMISTRY AND PHOTOBIOLOGY A-CHEMISTRY 405: (2021) Semantic Scholar
30. Estimation of the relative contributions to the electronic energy transfer rates based on Forster theory: The case of C-phycocyanin chromophores Mishima, Kenji; Shoji, Mitsuo; Umena, Yasufumi; Boero, MauroShigeta, Yasuteru
Biophysics and physicobiology 18: 196 (2021) Semantic Scholar
31. Role of the Propionic Acid Side-Chain of C-Phycocyanin Chromophores in the Excited States for the Photosynthesis Process Kenji Mishima; Mitsuo Shoji; Yasufumi Umena; Mauro BoeroYasuteru Shigeta
Bulletin of the Chemical Society of Japan 93: 1509 (2020) Semantic Scholar
32. Weak O2 binding and strong H2O2 binding at the non-heme diiron center of trypanosome alternative oxidase Sotaro Yamasaki; Mitsuo Shoji; Megumi Kayanuma; Vladimir Sladek (+6 著者) Yasuteru Shigeta
Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics 1862: 148356 (2020) Semantic Scholar
33. Unique protonation states of aspartate and topaquinone in the active site of copper amine oxidase Mitsuo Shoji; Takeshi Murakawa; Mauro Boero; Yasuteru Shigeta (+1 著者) Toshihide Okajima
RSC Advances 10: 38631 (2020) Semantic Scholar
34. Electronic and spin structures of CaMn4Ox clusters in the S0 state of the oxygen evolving complex of photosystem II. Domain-based local pair natural orbital (DLPNO) coupled-cluster (CC) calculations using optimized geometries and natural orbitals (UNO) by Miyagawa, K; Yamanaka, S; Isobe, H; Shoji, Mitsuo (+3 著者) Yamaguchi, K
Physical Chemistry Chemical Physics 46: 27191 (2020)
35. Relative stability among intermediate structures in S2 state of CaMn4O5 cluster in PSII by using hybrid-DFT and DLPNO-CC methods and evaluation of magnetic interactions between Mn ions Shoji,Mitsuo
Journal of Photochemistry and Photobiology A: Chemistry 405: 112923 (2020) Semantic Scholar
36. Development of broken-symmetry (BS) methods in chemical reactions. A theoretical view of water oxidation in photosystem II and related systems Yamaguchi, Kizashi; Isobe, Hiroshi; Shoji, Mitsuo; Miyagawa, Koichi (+2 著者) Nakajima, Takahito
J. Photochem. Photobiol. A 402: 1 (2020) Semantic Scholar
37. Neutron crystallography of copper amine oxidase reveals keto/enolate interconversion of the quinone cofactor and unusual proton sharing. Takeshi Murakawa; Kazuo Kurihara; Mitsuo Shoji; Chie Shibazaki (+12 著者) Toshihide Okajima
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 117: 10818 (2020) Semantic Scholar
38. Reaction Mechanism of Monomeric Sarcosine Oxidase with N-Cyclopropylglycine Shoji, Mitsuo; Abe, Y; Boero, M; Shigeta, YY., Nishida
Physical Chemistry Chemical Physics 22: 16552 (2020) Semantic Scholar
39. UNO(ULO) active space for multireference calculations on classical and quantum computers. Revisit to the iron-sulfur complexes Koichi Miyagawa; Mitsuo Shoji; Hiroshi Isobe; Shusuke Yamanaka (+2 著者) Kizashi Yamaguchi
Chemical Physics Letters 746: (2020) Semantic Scholar
40. Theory of chemical bonds in metalloenzymes XXIV electronic and spin structures of FeMoco and Fe-S clusters by classical and quantum computing Miyagawa, K; Shoji, Mitsuo; Isobe, H; Yamanaka, S (+2 著者) Yamaguchi, K
Molecular Physics 118: e1760388 (2020) Semantic Scholar

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1. ADVANCES IN QUANTUM CHEMISTRY, VOL 84 Yamaguchi, Kizashi; Miyagawa, Koichi; Isobe, Hiroshi; Shoji, Mitsuo; Kawakami, Takashi; Yamanaka, Shusuke
ELSEVIER ACADEMIC PRESS INC 2021年 (ISBN: 9780128238776)
2. 環境技術庄司,光男 (担当:分担執筆, 範囲:量子化学計算ビギナーズガイド)
2020年10月
3. 量子化学計算ビギナーズガイド庄司光男
環境技術, 環境技術学会 2020年10月
4. Gaussian16で始める量子化学超入門庄司, 光男
Amazon Kindle direct publishing 2020年4月
5. フリーソフトで始める分子モデリング庄司, 光男
Amazon Kindle direct publishing 2020年4月

1. Chiral symmetry breaking for amino acid homochirality by dimerization 渡辺, 七都稀; 庄司光男; 堀, 優太; 重田, 育照
Symposium on Next Generation Astrochemistry 2022 2022年11月29日
2. heoretical prediction into a possibility of the formation of propylene oxide homochirality 堀, 優太; 渡辺, 七都稀; 庄司光男; 重田, 育照
Symposium on Next Generation Astrochemistry 2022 2022年11月29日
3. 有機分子触媒を用いたアミノ酸ラセミ化反応の理論的研究渡辺, 七都稀; 庄司, 光男; 堀, 優太; 重田, 育照
日本コンピュータ化学会2022年秋季年会 2022年11月25日
4. 分子動力学計算に基づくシロイヌナズナおよびエンバクHPPD-メソトリオン複合体の結合挙動解析渡辺, 七都稀; 庄司, 光男; 堀, 優太; 重田, 育照
日本コンピュータ化学会2022年秋季年会 2022年11月25日
5. Natural selection of the Mn cluster in the photosynthetic water oxidation Mitsuo Shoji
Satellite Meeting to 18th International Congress on Photosynthesis Research (WOX-ICPR2022) 2022年8月7日招待有り
6. QM/MM study of the role of valine 185 in the oxygen-evolving center of photosystem II M.Shoji; K.Miyagawa; H.Isobe; Y.Shigeta; K.Yamaguchi
18th International Congress on Photosynthesis Research (ICPR2022) 2022年8月4日
7. GLASアルゴリズムによる酵素反応機構の理論解明：新規反応経路探索手法の開発と適用庄司光男
物性研短期研究会「理論タンパク質物性科学の最前線：理論と実験との密な協働」 2022年7月27日招待有り
8. 銅含有アミン酸化酵素におけるトパキノン補酵素の構造変化機構庄司光男
第22回日本蛋白質科学会年会 2022年6月8日
9. 光合成水分解酸素発生におけるMnの自然選択の理由庄司光男; 宮川晃一; 三嶋謙二; 堀優太; 重田育照
量子生命科学会第４回大会 2022年5月26日
10. アミノ酸ホモキラリティ起源を紐解く結晶形成過程についての量子化学研究渡辺, 七都稀; 庄司, 光男; 堀, 優太; 重田, 育照
量子生命科学会第4回大会 2022年5月26日
11. Theoretical insights into the molecular mechanisms of dynamical biochemical reactions Mitsuo Shoji
Molecular Movies International Symposium 2022 2022年5月13日
12. QM/MM study of the large conformational change of quinone cofactor during the catalytic cycle of bacterial copper amine oxidases Shoji, Mitsuo
2022 LBNL/CSA - Tsukuba/CCS Collaboration Meeting 2022年3月 LBNL/CSA 招待有り
13. 自然・半導体・分子触媒で利用可能な多様な水分解反応機構の解明 Shoji, Mitsuo
I4LEC 第4回公開シンポジウム 2022年3月新学術領域I4LEC
14. 銅アミン酸化酵素におけるドパキノン補酵素のコンフォメーション制御機構 Shoji, Mitsuo
量子生命科学先端フォーラム２０２１冬の研究会 2021年12月量子生命科学会
15. 結晶成長によるアミノ酸キラル増幅に関する理論的研究渡辺, 七都稀; 庄司, 光男; 堀, 優太; 重田, 育照
日本コンピュータ化学会2021年秋季年会 2021年11月2日
16. GLAS 法による分子構造及び化学反応経路の探索庄司, 光男
日本コンピュータ化学会2021年秋季年会 2021年11月2日
17. 隕石中でのアミノ酸キラル増幅機構についての理論的研究渡辺, 七都稀; 庄司, 光男; 堀, 優太; 重田, 育照
第15回分子科学討論会 2021年9月18日
18. 銅含有アミン酸化酵素におけるセミキノンラジカル生成機構の理論解明 Shoji, Mitsuo
I4LEC 第4回公開シンポジウム 2021年9月16日量子生命科学会
19. 酸化型[NiFe]ヒドロゲナーゼ活性中心の電子状態計算堀, 優太; 石川, 航平; 庄司, 光男; 重田, 育照
量子生命科学会第3回大会 2021年9月16日
20. 銅含有アミン酸化酵素のプロトン化状態についてのQM/MM解析庄司, 光男
第47回生体分子科学討論会 2021年6月4日