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稲垣 祐司

Inagaki, Yuji

計算科学研究センター , 教授
Center for Computational Sciences , Professor

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  1. 1. An expanded phylogenomic analysis of Heterolobosea reveals the deep relationships, non-canonical genetic codes, and cryptic flagellate stages in the group. Pánek, Tomáš; Tice, Alexander K.; Corre, Pia; Hrubá, Pavla (+13 著者) Čepička, Ivan
      Molecular Phylogenetics and Evolution 204: 108289 (2025)
  2. 2. Glissandra oviformis n. sp.: a novel predatory flagellate illuminates the character evolution within the eukaryotic clade CRuMs. Euki, Yazaki; Ryo, Harada; Ryu, Isogai; Kohei, Bamba (+2 著者) Shiratori, Takashi
      bioRχiv (2025)
  3. 3. Drastic genome reduction driven by parasitic lifestyle: Two complete genomes of endosymbiotic bacteria possibly hosted by a dinoflagellate. Nakayama, Takuro; Harada, Ryo; Yabuki, Akinori; Nomura, Mami (+2 著者) Inagaki, Yuji
      bioRχiv (2025) Semantic Scholar
  4. 4. AUTOEB: A software for systematically evaluating bipartitions in a phylogenetic tree employing an approximately unbiased test. Kohei, Bamba; Ryo, Harada; INAGAKI, Yuji
      IPSJ Transactions on Bioinformatics 17: 72 (2024) Semantic Scholar
  5. 5. Dinotoms possess two evolutionary distinct autophagy-related ubiquitin-like conjugation systems. Yazaki, Euki; Uehara, Tadaaki; Sakaoto, Hirokazu; Inagaki, Yuji
      Protist 175: 126067 (2024) Semantic Scholar
  6. 6. オルガネラ局在DNAポリメラーゼの多様性と進化：現状とこれからの課題． 稲垣, 祐司; 原田亮
      月刊アグリバイオ 8: 43 (2024)
  7. 7. 新奇DNAポリメラーゼrdxPolAは、古のミトコンドリアDNA維持装置の遺産か？ 原田亮; 稲垣, 祐司
      The Japanese Journal of Phycology (Sôrui) 72: 104 (2024)
  8. 8. Convergent reductive evolution of cyanobacteria in symbiosis with Dinophysiales dinoflagellates Takuro Nakayama; Mami Nomura; Akinori Yabuki; Kogiku Shiba (+1 著者) Yuji Inagaki
      Scientific Reports 14: 12774 (2024) Semantic Scholar
  9. 9. Gleaning Euglenozoa-specific DNA polymerases in public single-cell transcriptome data Harada, Ryo; Inagaki, Yuji
      PROTIST 174: 125997 (2023) Semantic Scholar
  10. 10. Transcriptome data sets of free-living diplomonads, Treponema sp, and Hexamita sp. Kume, Keitaro; Tsubasa, Gen; Kazuki, Abe; Hiroshi, Komatsuzaki (+4 著者) Hashimoto, Tetsuo
      MICROBIOLOGY RESOURCE ANNOUNCEMENTS 12: e0050623 (2023) Semantic Scholar
  11. 11. Encyclopaedia of family A DNA polymerases localized in organelles: Evolutionary contribution of diverse bacteria including the proto-mitochodrion. Harada, Ryo; Hirakawa, Yoshihisa; Yabuki, Akinori; Kim, Eunsoo (+4 著者) Inagaki, Yuji
      Molecular Biology and Evolution 41: msae014 (2023) Semantic Scholar
  12. 12. AtLASS: A scheme for end-to-end prediction of splice sites using attention-based bi-LSTM. Harada, Ryo; Kume, Keitaro; Horie, Kazumasa; Nakayama, Takuro (+1 著者) Amagasa, Toshiyuki
      IPSJ Transactions on Bioinformatics 16: 20 (2023) Semantic Scholar
  13. 13. 遺伝子水平伝播が支配するオルガネラ局在ファミリーA DNAポリメラーゼの進化 原田亮; 稲垣, 祐司
      月刊 細胞 55: 33 (2023)
  14. 14. Fascinating strategies of marine organisms to cope with coming pollutant: Titanium dioxide nanoparticles. Ishitani, Yoshiyuki; Ciacci, Caterina; Ujiié, Yurika; Tame, Akihiro (+3 著者) Frontalini, Fabrizio
      ENVIRONMENTAL POLLUTION 330: 121538 (2023) Semantic Scholar
  15. 15. Draft genome sequence of Aduncisulcus paluster, a free-living microaerophilic eukaryote belonging to Fornicata. Ikuko, Yuyama; Kume, Keitaro; Tamura, Takumi; Inagaki, YujiHashimoto, Tetsuo
      Microbiology Resource Announcements 12: e0053922 (2023) Semantic Scholar
  16. 16. Microheliella maris possesses the most gene-rich mitochondrial genomes in Diaphoretickes. Yazaki, Euki; Yabuki, Akinori; Nishimura, Yuki; Shiratori, TakashiInagaki, Yuji
      Frontiers in Ecology and Evolution 10: 1030570 (2022) Semantic Scholar
  17. 17. A novel structural maintenance of chromosomes (SMC)-related protein family specific to Archaea Yoshinaga, Mari; Nakayama, Takuro; Inagaki, Yuji
      Frontiers in Microbiology 13: 913088 (2022) Semantic Scholar
  18. 18. Comparative Plastid Genomics of Green-Colored Dinoflagellates Unveils Parallel Genome Compaction and RNA Editing Eriko, Matsuo; Kounosuke, Morita; Takuro, Nakayama; Yazaki, Euki (+3 著者) Inagaki, Yuji
      FRONTIERS IN PLANT SCIENCE 13: 918543 (2022) Semantic Scholar
  19. 19. The closest relative of Archaeplastida is revealed by phylogenomic analyses that include Microheliella maris. Yazaki, Euki; Yabuki, Akinori; Imaizumi, Ayaka; Kume, Keitaro (+1 著者) Inagaki, Yuji
      OPEN BIOLOGY 12: 210376 (2022) Semantic Scholar
  20. 20. Ubiquity and origins of structural maintenance of chromosomes (SMC) proteins in eukaryotes Yoshinaga, Mari; Inagaki, Yuji
      Genome Biology and Evolution 13: (2021) Semantic Scholar
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  1. 1. 共生微生物 稲垣,祐司; 中山卓郎 (担当:分担執筆, 範囲:第17章 現在も続く細胞内共生細菌のオルガネラ化．)
    化学同人 2016年10月 (ISBN: 9784759817287)
  2. 2. Reference modules in Materials Science and Engineering 2016 Harada, Ryuhei; Inagaki, Yuji; Shigeta, Yasuteru (担当:分担執筆, 範囲:Protein Folding and Evolution)
    2016年6月
  3. 3. ロングブランチの誘惑--分子系統解析のダークサイド 稲垣祐司 (担当:監修)
    藻類 2007年7月
  4. 4. アピコンプレクサ類の退化葉緑体は緑藻起源か？ 稲垣祐司 (担当:監修)
    藻類 2004年1月
  1. 1. Recent progress in resolving the diversity and evolution of deep eukaryotic phylogeny Inagaki, Yuji
    ISEP23 2023年1月20日 招待有り
  2. 2. A factor that hinders the accurate phylogenetic inferences: The monophyly of Archaeplastida as a case study. Inagaki, Yuji
    EPCC-CCS Workshop 2022 2022年12月14日 招待有り
  3. 3. ユーグレナ類はピラミモナス緑藻由来の色素体局在DNAポリメラーゼをもつ 原田亮; Eliáš, Marek; 稲垣, 祐司
    第81回日本寄生虫学会東日本支部大会・日本共生生物学会第6回大会 2022年10月1日
  4. 4. 新奇ミトコンドリア局在DNAポリメラーゼが示唆するマラウィモナス類、アンキロモナス類、ディスコバ類の近縁性と真核生物のルート 原田亮; Eliáš, Marek; 中野健太郎; 白鳥峻志; 矢吹彬憲; Ensoo, Kim; 石田健一郎; 稲垣, 祐司
    第81回日本寄生虫学会東日本支部大会・日本共生生物学会第6回大会 2022年10月1日
  5. 5. Draft nucleomorph genomes of green-colored dinoflagellates Inagaki, Yuji; Nakayama, Takuro; Kawakubo, Takashi; Matsuo, Eriko; Takahashi, Kazuya; Iwataki, Mitsunori
    21st Symposium of the International Society of Endocytobiology 2022年7月19日 招待有り
  6. 6. Microheriella maris units Archaeplastida and Cryptista in phylogenomics. Euki, Yazaki; Akinori, Yabuki; Ayaka, Imaizumi; Keitaro, Kume; Tetsuo, Hashimoto; Inagaki, Yuji
    Asian Congress of Protistology IV 2021年11月19日
  7. 7. Single-cell transcriptome data from diverse euglenids revised the evolution of mitochondrion-localized DNA polymerase in Euglenozoa. Harada, Ryo; Inagaki, Yuji
    1st Annual International Cogress on Euglenoids 2021 2021年11月8日
  8. 8. 古細菌SMC関連タンパク質ClsNとSphは同一の新規SMCタンパクサブファミリーから派生した 吉永真理; 稲垣, 祐司
    日本微生物生態学会第34回大会 2021年10月30日
  9. 9. Draft nucleomorph genome of a green-colored dinoflagellate Inagaki, Yuji
    ISEP seminor 2021年5月20日
  10. 10. キネトプラスチダ類及びディプロネマ類に特異的なミトコンドリア局在DNAポリメラーゼはファージ起源である. 原田亮; 稲垣, 祐司
    日本共生生物学会第4回大会 2020年10月30日
  11. 11. 真核生物におけるSMCタンパク質ファミリーの多様化と二次的喪失 吉永真理; 稲垣, 祐司
    日本共生生物学会第4回大会 2020年10月30日
  12. 12. Time-course analysis of gene expression of the benthic protist during exposure to titanium dioxide nanoscale particles． 石谷佳之; 氏家由利香; Caterina, Ciacci; Frontalini, Fabrizio; 稲垣, 祐司
    日本地球惑星科学連合2020年大会 2020年7月12日
  13. 13. 新奇ミトコンドリア局在DNAポリメラーゼは新たな真核生物高次系統群を示唆するか？ 原田亮; 中野賢太郎; 矢吹彬憲; 白鳥峻志; Kim, Ensoo; 稲垣, 祐司
    第17回原生生物・寄生虫・進化セミナー 2020年5月29日 招待有り
  14. 14. 緑色渦鞭毛藻Oxytoxum sp. SG-436株 の共生藻縮退核のゲノム解析． 川久保卓志; 松尾恵梨子; 高橋和也; 谷藤吾郎; 岩滝光儀; Inagaki, Yuji
    日本藻類学会第44回大会 2020年3月26日
  15. 15. ディスコバ生物群，マラウィモナス類，アンキロモナス類が保持する新奇ミトコンドリア局在DNAポリメラーゼ． 原田亮; 中野賢太郎; 矢吹彬憲; 白鳥峻志; Kim, Ensoo; 稲垣, 祐司
    日本藻類学会第44回大会 2020年3月26日
  16. 16. エンドヘレア太陽虫Microheliella marisの系統的位置とミトコンドリアゲノム． 矢吹彬憲; 矢﨑裕規; 今泉彩香; 白鳥峻志; 久米慶太郎; 橋本哲男; 稲垣, 祐司
    日本藻類学会第44回大会 2020年3月26日
  17. 17. 有孔虫の大規模分岐年代推定. 石谷佳之; 矢﨑裕規; 氏家由利香; 稲垣祐司
    日本古生物学会2020年大会 2020年2月7日
  18. 18. Phylogenomic analyses unveiled multiple endosymbioses of pedinophycean green algae in distantly related dinoflagellates. Inagaki, Yuji
    CCS-EPCC Workshop 2019年12月3日 招待有り
  19. 19. フィロジェノミック解析により推測されたMicroheliella marisの系統的位置． 矢﨑裕規; 今泉彩香; 久米慶太郎; 白鳥峻志; 橋本哲男; 矢吹彬憲; 石田健一郎; 稲垣, 祐司
    第3回日本共生学会大会 2019年11月19日
  20. 20. 有孔虫Ammonia beccariiのミトコンドリアに局在するDNA分子群． 石谷佳之; 久米慶太郎; 稲垣, 祐司
    第3回日本共生生物学会 2019年11月19日
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