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稲垣祐司

Inagaki, Yuji

計算科学研究センター , 教授
Center for Computational Sciences , Professor

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オープンアクセス版の論文は「つくばリポジトリ」で読むことができます。

21. Fascinating strategies of marine organisms to cope with coming pollutant: Titanium dioxide nanoparticles. Ishitani, Yoshiyuki; Ciacci, Caterina; Ujiié, Yurika; Tame, Akihiro (+3 著者) Frontalini, Fabrizio
ENVIRONMENTAL POLLUTION 330: 121538 (2023) Semantic Scholar
22. Draft genome sequence of Aduncisulcus paluster, a free-living microaerophilic eukaryote belonging to Fornicata. Ikuko, Yuyama; Kume, Keitaro; Tamura, Takumi; Inagaki, YujiHashimoto, Tetsuo
Microbiology Resource Announcements 12: e0053922 (2023) Semantic Scholar
23. Microheliella maris possesses the most gene-rich mitochondrial genomes in Diaphoretickes. Yazaki, Euki; Yabuki, Akinori; Nishimura, Yuki; Shiratori, TakashiInagaki, Yuji
Frontiers in Ecology and Evolution 10: 1030570 (2022) Semantic Scholar
24. A novel structural maintenance of chromosomes (SMC)-related protein family specific to Archaea Yoshinaga, Mari; Nakayama, Takuro; Inagaki, Yuji
Frontiers in Microbiology 13: 913088 (2022) Semantic Scholar
25. Comparative Plastid Genomics of Green-Colored Dinoflagellates Unveils Parallel Genome Compaction and RNA Editing Eriko, Matsuo; Kounosuke, Morita; Takuro, Nakayama; Yazaki, Euki (+3 著者) Inagaki, Yuji
FRONTIERS IN PLANT SCIENCE 13: 918543 (2022) Semantic Scholar
26. The closest relative of Archaeplastida is revealed by phylogenomic analyses that include Microheliella maris. Yazaki, Euki; Yabuki, Akinori; Imaizumi, Ayaka; Kume, Keitaro (+1 著者) Inagaki, Yuji
OPEN BIOLOGY 12: 210376 (2022) Semantic Scholar
27. Ubiquity and origins of structural maintenance of chromosomes (SMC) proteins in eukaryotes Yoshinaga, Mari; Inagaki, Yuji
Genome Biology and Evolution 13: (2021) Semantic Scholar
28. Phylogenomics invokes the clade housing Cryptista, Archaeplastida, and Microheliella maris. Yazaki, Euki; Yabuki, Akinori; Imaizumi, Ayaka; Kume, Keitaro (+1 著者) Inagaki, Yuji
bioRχiv (2021) Semantic Scholar
29. Signs of the plastid: Enzymes involved in plastid-localized metabolic pathways in a eugregarine species Yazaki, Euki; Miyata, Ryosuke; Chikami, Yasuhiko; Harada, Ryo (+5 著者) Inagaki, Yuji
Parasitology International 83: 102364 (2021) Semantic Scholar
30. Phage origin of mitochondrion-localized family A DNA polymerases in kinetoplastids and diplonemids. Ryo, Harada; Inagaki, Yuji
Genome Biology and Evolution (2021)
31. Experimental analysis of diurnal variations in humic-like fluorescent dissolved organic matters in surface seawater. Omori, Yuko; Saeki, AKira; Wada, Shigeki; Inagaki, YujiHama, Takeo
Frontiers in Marine Science 7: 589064 (2020) Semantic Scholar
32. Barthelonids represent a deep-branching matamonad clade with mitochondrion-related organelles predicted to generate no ATP. Euki, Yazaki; Kume, Keitaro; Takashi, Shiratori; Yana, Eglit (+5 著者) Inagaki, Yuji
Proceedings of the Royal Society B 287: 20201538 (2020) Semantic Scholar
33. Putative genome features of relic green alga-derived nuclei in dinoflagellates and future perspectives as model organisms Takuro Nakayama; Kazuya Takahashi; Ryoma Kamikawa; Mitsunori Iwataki (+1 著者) Goro Tanifuji
Communicative & Integrative Biology 13: 84 (2020) Semantic Scholar
34. Mitochondrial genomes of Hemiarma marina and Leucocryptos marina revised the evolution of cytochrome c maturation in Cryptista. Yuki Nishimura; Keitaro Kume; Keito Sonehara; Goro Tanifuji (+4 著者) Moriya Ohkuma
Frontiers in Ecology and Evolution (2020)
35. Inventory and evolution of mitochondrion-localized family A DNA polymerases in Euglenozoa. Ryo Harada; Yoshihisa Hirakawa; Akinori Yabuki; Yuichiro Kashiyama (+6 著者) Yuji Inagaki
Pathogens (2020)
36. Dinoflagellates with relic endosymbiont nuclei as models for elucidating organellogenesis. Chihiro Sarai; Goro Tanifuji; Takuro Nakayama; Ryoma Kamikawa (+6 著者) Yuji Inagaki
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 117: 5364 (2020) Semantic Scholar
37. Comparative plastid genomics of Cryptomonas species reveals fine-scale genomic responses to loss of photosynthesis. Tanifuji, Goro; Kamikawa, Ryoma; Moore, Christa E; Mills, Tyler (+5 著者) Hashimoto, Tetsuo
Genome Biology and Evolution 12: 3926 (2020) Semantic Scholar
38. Large DNA virus promoted the endosymbiotic evolution to make a photosynthetic eukaryote Matsuo, Mitsuhiro; Katahata, Atsushi; Tchikawa, Makoto; Minakuchi, Yohei (+11 著者) Obokata, Junichi
bioRχiv (2019) Semantic Scholar
39. Single-cell genomics unveiled a cryptic cyanobacterial lineage with a worldwide distribution hidden by a dinoflagellate host Takuro, Nakayama; Mami, Nomura; Yoshihito, Takano; Tanifuji, Goro (+3 著者) Masakado, Kawata
Proceedings of the National Academy of Science of the United States of America 116: 15973 (2019) Semantic Scholar
40. In silico strcutral modelling and analysis of elongation factor 1alpha and elongation factor-like proteins. Kotaro, Sakamoto; Megumi, Kayanuma; Inagaki, Yuji; Tetsuo, HashimotoYasuteru, Shigeta
ACS Omega 4: 7308 (2019) Semantic Scholar

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1. 共生微生物稲垣,祐司; 中山卓郎 (担当:分担執筆, 範囲:第17章現在も続く細胞内共生細菌のオルガネラ化．)
化学同人 2016年10月 (ISBN: 9784759817287)
2. Reference modules in Materials Science and Engineering 2016 Harada, Ryuhei; Inagaki, Yuji; Shigeta, Yasuteru (担当:分担執筆, 範囲:Protein Folding and Evolution)
2016年6月
3. ロングブランチの誘惑--分子系統解析のダークサイド稲垣祐司 (担当:監修)
藻類 2007年7月
4. アピコンプレクサ類の退化葉緑体は緑藻起源か？稲垣祐司 (担当:監修)
藻類 2004年1月

1. Recent progress in resolving the diversity and evolution of deep eukaryotic phylogeny Inagaki, Yuji
ISEP23 2023年1月20日招待有り
2. A factor that hinders the accurate phylogenetic inferences: The monophyly of Archaeplastida as a case study. Inagaki, Yuji
EPCC-CCS Workshop 2022 2022年12月14日招待有り
3. ユーグレナ類はピラミモナス緑藻由来の色素体局在DNAポリメラーゼをもつ原田亮; Eliáš, Marek; 稲垣, 祐司
第81回日本寄生虫学会東日本支部大会・日本共生生物学会第6回大会 2022年10月1日
4. 新奇ミトコンドリア局在DNAポリメラーゼが示唆するマラウィモナス類、アンキロモナス類、ディスコバ類の近縁性と真核生物のルート原田亮; Eliáš, Marek; 中野健太郎; 白鳥峻志; 矢吹彬憲; Ensoo, Kim; 石田健一郎; 稲垣, 祐司
第81回日本寄生虫学会東日本支部大会・日本共生生物学会第6回大会 2022年10月1日
5. Draft nucleomorph genomes of green-colored dinoflagellates Inagaki, Yuji; Nakayama, Takuro; Kawakubo, Takashi; Matsuo, Eriko; Takahashi, Kazuya; Iwataki, Mitsunori
21st Symposium of the International Society of Endocytobiology 2022年7月19日招待有り
6. Microheriella maris units Archaeplastida and Cryptista in phylogenomics. Euki, Yazaki; Akinori, Yabuki; Ayaka, Imaizumi; Keitaro, Kume; Tetsuo, Hashimoto; Inagaki, Yuji
Asian Congress of Protistology IV 2021年11月19日
7. Single-cell transcriptome data from diverse euglenids revised the evolution of mitochondrion-localized DNA polymerase in Euglenozoa. Harada, Ryo; Inagaki, Yuji
1st Annual International Cogress on Euglenoids 2021 2021年11月8日
8. 古細菌SMC関連タンパク質ClsNとSphは同一の新規SMCタンパクサブファミリーから派生した吉永真理; 稲垣, 祐司
日本微生物生態学会第34回大会 2021年10月30日
9. Draft nucleomorph genome of a green-colored dinoflagellate Inagaki, Yuji
ISEP seminor 2021年5月20日
10. キネトプラスチダ類及びディプロネマ類に特異的なミトコンドリア局在DNAポリメラーゼはファージ起源である. 原田亮; 稲垣, 祐司
日本共生生物学会第4回大会 2020年10月30日
11. 真核生物におけるSMCタンパク質ファミリーの多様化と二次的喪失吉永真理; 稲垣, 祐司
日本共生生物学会第4回大会 2020年10月30日
12. Time-course analysis of gene expression of the benthic protist during exposure to titanium dioxide nanoscale particles．石谷佳之; 氏家由利香; Caterina, Ciacci; Frontalini, Fabrizio; 稲垣, 祐司
日本地球惑星科学連合2020年大会 2020年7月12日
13. 新奇ミトコンドリア局在DNAポリメラーゼは新たな真核生物高次系統群を示唆するか？原田亮; 中野賢太郎; 矢吹彬憲; 白鳥峻志; Kim, Ensoo; 稲垣, 祐司
第17回原生生物・寄生虫・進化セミナー 2020年5月29日招待有り
14. 緑色渦鞭毛藻Oxytoxum sp. SG-436株の共生藻縮退核のゲノム解析．川久保卓志; 松尾恵梨子; 高橋和也; 谷藤吾郎; 岩滝光儀; Inagaki, Yuji
日本藻類学会第44回大会 2020年3月26日
15. ディスコバ生物群，マラウィモナス類，アンキロモナス類が保持する新奇ミトコンドリア局在DNAポリメラーゼ．原田亮; 中野賢太郎; 矢吹彬憲; 白鳥峻志; Kim, Ensoo; 稲垣, 祐司
日本藻類学会第44回大会 2020年3月26日
16. エンドヘレア太陽虫Microheliella marisの系統的位置とミトコンドリアゲノム．矢吹彬憲; 矢﨑裕規; 今泉彩香; 白鳥峻志; 久米慶太郎; 橋本哲男; 稲垣, 祐司
日本藻類学会第44回大会 2020年3月26日
17. 有孔虫の大規模分岐年代推定. 石谷佳之; 矢﨑裕規; 氏家由利香; 稲垣祐司
日本古生物学会2020年大会 2020年2月7日
18. Phylogenomic analyses unveiled multiple endosymbioses of pedinophycean green algae in distantly related dinoflagellates. Inagaki, Yuji
CCS-EPCC Workshop 2019年12月3日招待有り
19. フィロジェノミック解析により推測されたMicroheliella marisの系統的位置．矢﨑裕規; 今泉彩香; 久米慶太郎; 白鳥峻志; 橋本哲男; 矢吹彬憲; 石田健一郎; 稲垣, 祐司
第3回日本共生学会大会 2019年11月19日
20. 有孔虫Ammonia beccariiのミトコンドリアに局在するDNA分子群．石谷佳之; 久米慶太郎; 稲垣, 祐司
第3回日本共生生物学会 2019年11月19日