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稲垣祐司

Inagaki, Yuji

計算科学研究センター , 教授
Center for Computational Sciences , Professor

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オープンアクセス版の論文は「つくばリポジトリ」で読むことができます。

41. Genomic divergence within non-photosynthetic cyanobacterial endosymbionts in rhopalodiacean diatoms Takuro Nakayama; Yuji Inagaki
SCIENTIFIC REPORTS 7: 13075 (2017) Semantic Scholar
42. Genome sequencing reveals metabolic and cellular interdependence in an amoeba-kinetoplastid symbiosis Goro Tanifuji; Ugo Cenci; Daniel Moog; Samuel Dean (+15 著者) John M. Archibald
SCIENTIFIC REPORTS 7: 111688 (2017) Semantic Scholar
43. A Non-photosynthetic Diatom Reveals Early Steps of Reductive Evolution in Plastids Ryoma Kamikawa; Daniel Moog; Stefan Zauner; Goro Tanifuji (+6 著者) Yuji Inagaki
MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION 34: 2355 (2017) Semantic Scholar
44. Organelles that illuminate the origins of Trichomonas hydrogenosomes and Giardia mitosomes Michelle M. Leger; Martin Kolisko; Ryoma Kamikawa; Courtney W. Stairs (+12 著者) Andrew J. Roger
NATURE ECOLOGY & EVOLUTION 1: 0092 (2017) Semantic Scholar
45. Global Kinetoplastea phylogeny inferred from a large-scale multigene alignment including parasitic species for better understanding transitions from a free-living to a parasitic lifestyle Euki Yazaki; Sohta A. Ishikawa; Keitaro Kume; Akira Kumagai (+3 著者) Yuji Inagaki
GENES & GENETIC SYSTEMS 92: 35 (2017) Semantic Scholar
46. Global kinetoplastea phylogeny inferred from a large-scale multigene alignment including parasitic species for better understanding transitions from a free-living to a parasitic lifestyle Euki Yazaki; Sohta A. Ishikawa; Keitaro Kume; Akira Kumagai (+3 著者) Yuji Inagaki
Genes and Genetic Systems 92: 35 (2017) Semantic Scholar
47. Mitochondrial Genome of Palpitomonas bilix: Derived Genome Structure and Ancestral System for Cytochrome c Maturation Yuki Nishimura; Goro Tanifuji; Ryoma Kamikawa; Akinori Yabuki (+1 著者) Yuji Inagaki
GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION 8: 3090 (2016) Semantic Scholar
48. Protein folding and evolution Harada,Ryuhei; Inagaki,Yuji; Yasuteru,Shigeta
Reference Module in Materials Science and Materials Engineering (2016) Semantic Scholar
49. 共生体由来オルガネラにまつわるエトセトラ．稲垣,祐司
生物の科学遺伝 70: 156 (2016)
50. シアノバクテリアと真核藻類の細胞統合―「窒素固定オルガネラ」へ続く道？中山卓郎; 稲垣, 祐司
生物の科学遺伝 70: 176 (2016)
51. Ungulate malaria parasites Thomas J. Templeton; Masahito Asada; Montakan Jiratanh; Sohta A. Ishikawa (+12 著者) Osamu Kaneko
SCIENTIFIC REPORTS 6: 23230 (2016) Semantic Scholar
52. Proposal of a Twin Aarginine Translocator System-Mediated Constraint against Loss of ATP Synthase Genes from Nonphotosynthetic Plastid Genomes (vol 32, pg 2598, 2015) Ryoma Kamikawa; Goro Tanifuji; Sohta A. Ishikawa; Ken-Ichiro Ishii (+6 著者) Yuji Inagaki
MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION 33: 303 (2016) Semantic Scholar
53. A system for phylogenetic analyses over alignments of next generation sequence data Yuki Nishimura; Toshiyuki Amagasa; Yuji Inagaki; Tetsuo HashimotoHiroyuki Kitagawa
PROCEEDINGS OF 2016 10TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON COMPLEX, INTELLIGENT, AND SOFTWARE INTENSIVE SYSTEMS (CISIS) 230 (2016) Semantic Scholar
54. Metabolic Capacity of Mitochondrion-related Organelles in the Free-living Anaerobic Stramenopile Cantina marsupialis Fumiya Noguchi; Shigeru Shimamura; Takuro Nakayama; Euki Yazaki (+4 著者) Kiyotaka Takishita
PROTIST 166: 534 (2015) Semantic Scholar
55. Proposal of a Twin Aarginine Translocator System-Mediated Constraint against Loss of ATP Synthase Genes from Nonphotosynthetic Plastid Genomes Ryoma Kamikawa; Goro Tanifuji; Sohta A. Ishikawa; Ken-Ichiro Ishii (+6 著者) Yuji Inagaki
MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION 32: 2598 (2015) Semantic Scholar
56. Multiple conversion between the genes encoding bacterial class-I release factors Sohta A. Ishikawa; Ryoma Kamikawa; Yuji Inagaki
SCIENTIFIC REPORTS 5: 12406 (2015) Semantic Scholar
57. The Mitochondrial Genomes of a Myxozoan Genus Kudoa Are Extremely Divergent in Metazoa Fumihiko Takeuchi; Tsuyoshi Sekizuka; Yumiko Ogasawara; Hiroshi Yokoyama (+5 著者) Makoto Kuroda
PLOS ONE 10: e0132030 (2015) Semantic Scholar
58. Morphological Identities of Two Different Marine Stramenopile Environmental Sequence Clades: Bicosoeca kenaiensis (Hilliard, 1971) and Cantina marsupialis (Larsen and Patterson, 1990) gen. nov., comb. nov. Naoji Yubuki; Tomas Panek; Akinori Yabuki; Ivan Cepicka (+2 著者) Brian S. Leander
JOURNAL OF EUKARYOTIC MICROBIOLOGY 62: 532 (2015) Semantic Scholar
59. Plastid Genome-Based Phylogeny Pinpointed the Origin of the Green-Colored Plastid in the Dinoflagellate Lepidodinium chlorophorum Ryoma Kamikawa; Goro Tanifuji; Masanobu Kawachi; Hideaki Miyashita (+1 著者) Yuji Inagaki
GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION 7: 1133 (2015) Semantic Scholar
60. Multiple losses of photosynthesis in Nitzschia (Bacillariophyceae) Ryoma Kamikawa; Naoji Yubuki; Masaki Yoshida; Misaka Taira (+6 著者) Yuji Inagaki
PHYCOLOGICAL RESEARCH 63: 19 (2015) Semantic Scholar

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1. 共生微生物稲垣,祐司; 中山卓郎 (担当:分担執筆, 範囲:第17章現在も続く細胞内共生細菌のオルガネラ化．)
化学同人 2016年10月 (ISBN: 9784759817287)
2. Reference modules in Materials Science and Engineering 2016 Harada, Ryuhei; Inagaki, Yuji; Shigeta, Yasuteru (担当:分担執筆, 範囲:Protein Folding and Evolution)
2016年6月
3. ロングブランチの誘惑--分子系統解析のダークサイド稲垣祐司 (担当:監修)
藻類 2007年7月
4. アピコンプレクサ類の退化葉緑体は緑藻起源か？稲垣祐司 (担当:監修)
藻類 2004年1月

1. Recent progress in resolving the diversity and evolution of deep eukaryotic phylogeny Inagaki, Yuji
ISEP23 2023年1月20日招待有り
2. A factor that hinders the accurate phylogenetic inferences: The monophyly of Archaeplastida as a case study. Inagaki, Yuji
EPCC-CCS Workshop 2022 2022年12月14日招待有り
3. ユーグレナ類はピラミモナス緑藻由来の色素体局在DNAポリメラーゼをもつ原田亮; Eliáš, Marek; 稲垣, 祐司
第81回日本寄生虫学会東日本支部大会・日本共生生物学会第6回大会 2022年10月1日
4. 新奇ミトコンドリア局在DNAポリメラーゼが示唆するマラウィモナス類、アンキロモナス類、ディスコバ類の近縁性と真核生物のルート原田亮; Eliáš, Marek; 中野健太郎; 白鳥峻志; 矢吹彬憲; Ensoo, Kim; 石田健一郎; 稲垣, 祐司
第81回日本寄生虫学会東日本支部大会・日本共生生物学会第6回大会 2022年10月1日
5. Draft nucleomorph genomes of green-colored dinoflagellates Inagaki, Yuji; Nakayama, Takuro; Kawakubo, Takashi; Matsuo, Eriko; Takahashi, Kazuya; Iwataki, Mitsunori
21st Symposium of the International Society of Endocytobiology 2022年7月19日招待有り
6. Microheriella maris units Archaeplastida and Cryptista in phylogenomics. Euki, Yazaki; Akinori, Yabuki; Ayaka, Imaizumi; Keitaro, Kume; Tetsuo, Hashimoto; Inagaki, Yuji
Asian Congress of Protistology IV 2021年11月19日
7. Single-cell transcriptome data from diverse euglenids revised the evolution of mitochondrion-localized DNA polymerase in Euglenozoa. Harada, Ryo; Inagaki, Yuji
1st Annual International Cogress on Euglenoids 2021 2021年11月8日
8. 古細菌SMC関連タンパク質ClsNとSphは同一の新規SMCタンパクサブファミリーから派生した吉永真理; 稲垣, 祐司
日本微生物生態学会第34回大会 2021年10月30日
9. Draft nucleomorph genome of a green-colored dinoflagellate Inagaki, Yuji
ISEP seminor 2021年5月20日
10. キネトプラスチダ類及びディプロネマ類に特異的なミトコンドリア局在DNAポリメラーゼはファージ起源である. 原田亮; 稲垣, 祐司
日本共生生物学会第4回大会 2020年10月30日
11. 真核生物におけるSMCタンパク質ファミリーの多様化と二次的喪失吉永真理; 稲垣, 祐司
日本共生生物学会第4回大会 2020年10月30日
12. Time-course analysis of gene expression of the benthic protist during exposure to titanium dioxide nanoscale particles．石谷佳之; 氏家由利香; Caterina, Ciacci; Frontalini, Fabrizio; 稲垣, 祐司
日本地球惑星科学連合2020年大会 2020年7月12日
13. 新奇ミトコンドリア局在DNAポリメラーゼは新たな真核生物高次系統群を示唆するか？原田亮; 中野賢太郎; 矢吹彬憲; 白鳥峻志; Kim, Ensoo; 稲垣, 祐司
第17回原生生物・寄生虫・進化セミナー 2020年5月29日招待有り
14. 緑色渦鞭毛藻Oxytoxum sp. SG-436株の共生藻縮退核のゲノム解析．川久保卓志; 松尾恵梨子; 高橋和也; 谷藤吾郎; 岩滝光儀; Inagaki, Yuji
日本藻類学会第44回大会 2020年3月26日
15. ディスコバ生物群，マラウィモナス類，アンキロモナス類が保持する新奇ミトコンドリア局在DNAポリメラーゼ．原田亮; 中野賢太郎; 矢吹彬憲; 白鳥峻志; Kim, Ensoo; 稲垣, 祐司
日本藻類学会第44回大会 2020年3月26日
16. エンドヘレア太陽虫Microheliella marisの系統的位置とミトコンドリアゲノム．矢吹彬憲; 矢﨑裕規; 今泉彩香; 白鳥峻志; 久米慶太郎; 橋本哲男; 稲垣, 祐司
日本藻類学会第44回大会 2020年3月26日
17. 有孔虫の大規模分岐年代推定. 石谷佳之; 矢﨑裕規; 氏家由利香; 稲垣祐司
日本古生物学会2020年大会 2020年2月7日
18. Phylogenomic analyses unveiled multiple endosymbioses of pedinophycean green algae in distantly related dinoflagellates. Inagaki, Yuji
CCS-EPCC Workshop 2019年12月3日招待有り
19. フィロジェノミック解析により推測されたMicroheliella marisの系統的位置．矢﨑裕規; 今泉彩香; 久米慶太郎; 白鳥峻志; 橋本哲男; 矢吹彬憲; 石田健一郎; 稲垣, 祐司
第3回日本共生学会大会 2019年11月19日
20. 有孔虫Ammonia beccariiのミトコンドリアに局在するDNA分子群．石谷佳之; 久米慶太郎; 稲垣, 祐司
第3回日本共生生物学会 2019年11月19日