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稲垣祐司

Inagaki, Yuji

計算科学研究センター , 教授
Center for Computational Sciences , Professor

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オープンアクセス版の論文は「つくばリポジトリ」で読むことができます。

61. Genome evolution triggered by acquisition of an endosymbiotic partner Yuji Inagaki
GENES & GENETIC SYSTEMS 89: 280 (2014)
62. Non-Homogeneous置換モデルに基づく進化系統樹推測のMPI/OpenMP HYBRID並列化: 大規模計算システム向けプログラムの開発と性能評価石川,奏太; 中尾,昌広; 稲垣,祐司; 橋本,哲男佐藤,三久
情報処理学会論文誌. コンピューティングシステム 7: 13 (2014)
63. Complete genome of a nonphotosynthetic cyanobacterium in a diatom reveals recent adaptations to an intracellular lifestyle Takuro Nakayama; Ryoma Kamikawa; Goro Tanifuji; Yuichiro Kashiyama (+2 著者) Yuji Inagaki
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 111: 11407 (2014) Semantic Scholar
64. Secondary loss of a cis-spliced intron after the diversification of Giardia intestinalis assemblages. Ryoma Kamikawa; Yuji Inagaki; Tetsuo Hashimoto
BMC Research Notes 7: 413 (2014)
65. Secondary loss of a cis-spliced intron during the divergence of Giardia intestinalis assemblages Ryoma Kamikawa; Yuji Inagaki; Tetsuo Hashimoto
BMC Research Notes 7: (2014) Semantic Scholar
66. An intronic open reading frame was released from one of group II introns in the mitochondrial genome of the haptophyte Chrysochromulina sp. NIES-1333. Yuki Nishimura; Ryoma Kamikawa; Tetsuo Hashimoto; Yuji Inagaki
Mobile Genetic Elements 4: e29384 (2014)
67. Gene Content Evolution in Discobid Mitochondria Deduced from the Phylogenetic Position and Complete Mitochondrial Genome of Tsukubamonas globosa Ryoma Kamikawa; Martin Kolisko; Yuki Nishimura; Akinori Yabuki (+5 著者) Yuji Inagaki
GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION 6: 306 (2014) Semantic Scholar
68. An intronic open reading frame was released from one of group II introns in the mitochondrial genome of the haptophyte Chrysochromulina sp. NIES-1333. Yuki Nishimura; Ryoma Kamikawa; Tetsuo Hashimoto; Yuji Inagaki
Mobile genetic elements 4: e29384 (2014)
69. Parallel re-modeling of EF-1α function in eukaryotic evolution: Divergent, low-expressed EF-1α genes co-occur with EFL genes in diverse distantly related eukaryotes. Ryoma,Kamikawa; Matthew,W Brown; Yuki,Nishimura; Yoshihiko,Sako (+6 著者) Yuji,Inagaki
BMC EVOLUTIONARY BIOLOGY 13: 131 (2013) Semantic Scholar
70. Identificatio of a bacteria-like ferrochelatase gene in Strongyloides venezuelensis, an animal parasitic nematode. Nagayasu, E; Ishikawa, S; Taketani, S; Ooka, T (+4 著者) Maruyama, H
PLoS One 8: e58458 (2013) Semantic Scholar
71. Prasinoxanthin is absent in the green-colored dinoflagellate Lepidodinium chlorophorum strain NIES-1868: pigment composition and 18S rRNA phylogeny Takuya Matsumoto; Masanobu Kawachi; Hideaki Miyashita; Yuji Inagaki
JOURNAL OF PLANT RESEARCH 125: 705 (2012) Semantic Scholar
72. Evolution of Elongation Factor-Like (EFL) Protein in Rhizaria is Revised by Radiolarian EFL Gene Sequences Yoshiyuki Ishitani; Ryoma Kamikawa; Akinori Yabuki; Masashi Tsuchiya (+1 著者) Kiyotaka Takishita
JOURNAL OF EUKARYOTIC MICROBIOLOGY 59: 367 (2012) Semantic Scholar
73. Separate Origins of Group I Introns in Two Mitochondrial Genes of the Katablepharid Leucocryptos marina Yuki Nishimura; Ryoma Kamikawa; Tetsuo Hashimoto; Yuji Inagaki
PLOS ONE 7: e37307 (2012) Semantic Scholar
74. Multigene Phylogenies of Diverse Carpediemonas-like Organisms Identify the Closest Relatives of 'Amitochondriate' Diplomonads and Retortamonads Kiyotaka Takishita; Martin Kolisko; Hiroshi Komatsuzaki; Akinori Yabuki (+6 著者) Alastair G.B. Simpson
Protist 163: 344 (2012) Semantic Scholar
75. An Asynchronous Parallel Genetic Algorithm for the Maximum Likelihood Phylogenetic Tree Search Miwako Tsuji; Mitsuhisa Sato; Akifumi S. Tanabe; Yuji InagakiTetsuo Hashimoto
2012 IEEE CONGRESS ON EVOLUTIONARY COMPUTATION (CEC) 2012: 1 (2012)
76. RY-Coding and Non-Homogeneous Models Can Ameliorate the Maximum-Likelihood Inferences From Nucleotide Sequence Data with Parallel Compositional Heterogeneity Sohta A. Ishikawa; Yuji Inagaki; Tetsuo Hashimoto
EVOLUTIONARY BIOINFORMATICS 8: 357 (2012) Semantic Scholar
77. Multigene phylogenetic analyses including diverse radiolarian species support the "Retaria" hypothesis - The sister relationship of Radiolaria and Foraminifera Yoshiyuki Ishitani; Sohta A. Ishikawa; Yuji Inagaki; Masashi Tsuchiya (+1 著者) Kiyotaka Takishita
MARINE MICROPALEONTOLOGY 81: 32 (2011) Semantic Scholar
78. A deviant genetic code in the green alga-derived plastid in the dinoflagellate Lepidodinium chlorophorum Takuya Matsumoto; Sohta A. Ishikawa; Tetsuo Hashimoto; Yuji Inagaki
MOLECULAR PHYLOGENETICS AND EVOLUTION 60: 68 (2011) Semantic Scholar
79. Tsukubamonas globosa n. gen., n. sp., a Novel Excavate Flagellate Possibly Holding a Key for the Early Evolution in "Discoba" Akinori Yabuki; Takeshi Nakayama; Naoji Yubuki; Tetsuo Hashimoto (+1 著者) Yuji Inagaki
JOURNAL OF EUKARYOTIC MICROBIOLOGY 58: 319 (2011) Semantic Scholar
80. Green-colored Plastids in the Dinoflagellate Genus Lepidodinium are of Core Chlorophyte Origin Takuya Matsumoto; Fumihiko Shinozaki; Tomoko Chikuni; Akinori Yabuki (+5 著者) Yuji Inagaki
PROTIST 162: 268 (2011) Semantic Scholar

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1. 共生微生物稲垣,祐司; 中山卓郎 (担当:分担執筆, 範囲:第17章現在も続く細胞内共生細菌のオルガネラ化．)
化学同人 2016年10月 (ISBN: 9784759817287)
2. Reference modules in Materials Science and Engineering 2016 Harada, Ryuhei; Inagaki, Yuji; Shigeta, Yasuteru (担当:分担執筆, 範囲:Protein Folding and Evolution)
2016年6月
3. ロングブランチの誘惑--分子系統解析のダークサイド稲垣祐司 (担当:監修)
藻類 2007年7月
4. アピコンプレクサ類の退化葉緑体は緑藻起源か？稲垣祐司 (担当:監修)
藻類 2004年1月

1. Recent progress in resolving the diversity and evolution of deep eukaryotic phylogeny Inagaki, Yuji
ISEP23 2023年1月20日招待有り
2. A factor that hinders the accurate phylogenetic inferences: The monophyly of Archaeplastida as a case study. Inagaki, Yuji
EPCC-CCS Workshop 2022 2022年12月14日招待有り
3. ユーグレナ類はピラミモナス緑藻由来の色素体局在DNAポリメラーゼをもつ原田亮; Eliáš, Marek; 稲垣, 祐司
第81回日本寄生虫学会東日本支部大会・日本共生生物学会第6回大会 2022年10月1日
4. 新奇ミトコンドリア局在DNAポリメラーゼが示唆するマラウィモナス類、アンキロモナス類、ディスコバ類の近縁性と真核生物のルート原田亮; Eliáš, Marek; 中野健太郎; 白鳥峻志; 矢吹彬憲; Ensoo, Kim; 石田健一郎; 稲垣, 祐司
第81回日本寄生虫学会東日本支部大会・日本共生生物学会第6回大会 2022年10月1日
5. Draft nucleomorph genomes of green-colored dinoflagellates Inagaki, Yuji; Nakayama, Takuro; Kawakubo, Takashi; Matsuo, Eriko; Takahashi, Kazuya; Iwataki, Mitsunori
21st Symposium of the International Society of Endocytobiology 2022年7月19日招待有り
6. Microheriella maris units Archaeplastida and Cryptista in phylogenomics. Euki, Yazaki; Akinori, Yabuki; Ayaka, Imaizumi; Keitaro, Kume; Tetsuo, Hashimoto; Inagaki, Yuji
Asian Congress of Protistology IV 2021年11月19日
7. Single-cell transcriptome data from diverse euglenids revised the evolution of mitochondrion-localized DNA polymerase in Euglenozoa. Harada, Ryo; Inagaki, Yuji
1st Annual International Cogress on Euglenoids 2021 2021年11月8日
8. 古細菌SMC関連タンパク質ClsNとSphは同一の新規SMCタンパクサブファミリーから派生した吉永真理; 稲垣, 祐司
日本微生物生態学会第34回大会 2021年10月30日
9. Draft nucleomorph genome of a green-colored dinoflagellate Inagaki, Yuji
ISEP seminor 2021年5月20日
10. キネトプラスチダ類及びディプロネマ類に特異的なミトコンドリア局在DNAポリメラーゼはファージ起源である. 原田亮; 稲垣, 祐司
日本共生生物学会第4回大会 2020年10月30日
11. 真核生物におけるSMCタンパク質ファミリーの多様化と二次的喪失吉永真理; 稲垣, 祐司
日本共生生物学会第4回大会 2020年10月30日
12. Time-course analysis of gene expression of the benthic protist during exposure to titanium dioxide nanoscale particles．石谷佳之; 氏家由利香; Caterina, Ciacci; Frontalini, Fabrizio; 稲垣, 祐司
日本地球惑星科学連合2020年大会 2020年7月12日
13. 新奇ミトコンドリア局在DNAポリメラーゼは新たな真核生物高次系統群を示唆するか？原田亮; 中野賢太郎; 矢吹彬憲; 白鳥峻志; Kim, Ensoo; 稲垣, 祐司
第17回原生生物・寄生虫・進化セミナー 2020年5月29日招待有り
14. 緑色渦鞭毛藻Oxytoxum sp. SG-436株の共生藻縮退核のゲノム解析．川久保卓志; 松尾恵梨子; 高橋和也; 谷藤吾郎; 岩滝光儀; Inagaki, Yuji
日本藻類学会第44回大会 2020年3月26日
15. ディスコバ生物群，マラウィモナス類，アンキロモナス類が保持する新奇ミトコンドリア局在DNAポリメラーゼ．原田亮; 中野賢太郎; 矢吹彬憲; 白鳥峻志; Kim, Ensoo; 稲垣, 祐司
日本藻類学会第44回大会 2020年3月26日
16. エンドヘレア太陽虫Microheliella marisの系統的位置とミトコンドリアゲノム．矢吹彬憲; 矢﨑裕規; 今泉彩香; 白鳥峻志; 久米慶太郎; 橋本哲男; 稲垣, 祐司
日本藻類学会第44回大会 2020年3月26日
17. 有孔虫の大規模分岐年代推定. 石谷佳之; 矢﨑裕規; 氏家由利香; 稲垣祐司
日本古生物学会2020年大会 2020年2月7日
18. Phylogenomic analyses unveiled multiple endosymbioses of pedinophycean green algae in distantly related dinoflagellates. Inagaki, Yuji
CCS-EPCC Workshop 2019年12月3日招待有り
19. フィロジェノミック解析により推測されたMicroheliella marisの系統的位置．矢﨑裕規; 今泉彩香; 久米慶太郎; 白鳥峻志; 橋本哲男; 矢吹彬憲; 石田健一郎; 稲垣, 祐司
第3回日本共生学会大会 2019年11月19日
20. 有孔虫Ammonia beccariiのミトコンドリアに局在するDNA分子群．石谷佳之; 久米慶太郎; 稲垣, 祐司
第3回日本共生生物学会 2019年11月19日