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稲垣祐司

Inagaki, Yuji

計算科学研究センター , 教授
Center for Computational Sciences , Professor

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オープンアクセス版の論文は「つくばリポジトリ」で読むことができます。

81. Splintrons in Giardia intestinalis: Spliceosomal introns in a split form Kamikawa, R; Inagaki, Y; Roger, AJ; Hashimoto, T
Communicative and Integrative Biology 4: 454-456 (2011)
82. Split Introns in the Genome of Giardia intestinalis Are Excised by Spliceosome-Mediated trans-Splicing Ryoma Kamikawa; Yuji Inagaki; Masaharu Tokoro; Andrew J. RogerTetsuo Hashimoto
CURRENT BIOLOGY 21: 311 (2011) Semantic Scholar
83. Mitochondrial genomes from two red tide forming raphidophycean algae Heterosigma akashiwo and Chattonella marina var. marina Isao Masuda; Ryoma Kamikawa; Manabu Ueda; Kenichi Oyama (+2 著者) Yoshihiko Sako
HARMFUL ALGAE 10: 130 (2011) Semantic Scholar
84. Spheroid bodies in rhopalodiacean diatoms were derived from a single endosymbiotic cyanobacterium Takuro Nakayama; Yuko Ikegami; Takeshi Nakayama; Ken-ichiro Ishida (+1 著者) Isao Inouye
JOURNAL OF PLANT RESEARCH 124: 93 (2011) Semantic Scholar
85. Cercozoa comprises both EF-1 alpha-containing and EFL-containing members Ryoma Kamikawa; Akinori Yabuki; Takuro Nakayama; Ken-ichiro Ishida (+1 著者) Yuji Inagaki
EUROPEAN JOURNAL OF PROTISTOLOGY 47: 24 (2011) Semantic Scholar
86. A novel spliceosome-mediated trans-splicing can change our view on genome complexity of the divergent eukaryote Giardia intestinalis Ryoma Kamikawa; Yuji Inagaki; Tetsuo Hashimoto
Biophysical Reviews 3: 193 (2011) Semantic Scholar
87. Tsukubamonas globosa gen. et sp. nov.; a novel excavate flagellate possibly hold a key for the early evolution in “Discoba”. Yabuki, A; Nakayama, T; Yubuki, N; Hashimoto, T (+1 著者) Inagaki, Y
J. Euk. Microbiol. 58: 94-102 (2011)
88. Comprehensive SSU rRNA phylogeny of Eukaryota. Ishida, K; Inagaki, Y; Sakaguchi, M; Oiwa, A (+10 著者) Hashimoto, T
Journal of Endocytobiosis and Cell Research 20: 81-88 (2010)
89. Cryptic Diversity of Free-Living Parabasalids, Pseudotrichomonas keilini and Lacusteria cypriaca n. g., n. sp., as Inferred from Small Subunit rDNA Sequences Naoji Yubuki; Vit Ceza; Ivan Cepicka; Akinori Yabuki (+3 著者) Brian S. Leander
JOURNAL OF EUKARYOTIC MICROBIOLOGY 57: 554 (2010) Semantic Scholar
90. A wide diversity of previously undetected free-living relatives of diplomonads isolated from marine/saline habitats Martin Kolisko; Jeffrey D. Silberman; Ivan Cepicka; Naoji Yubuki (+6 著者) Alastair G. B. Simpson
ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY 12: 2700 (2010) Semantic Scholar
91. Palpitomonas bilix gen. et sp nov.: A Novel Deep-branching Heterotroph Possibly Related to Archaeplastida or Hacrobia Akinori Yabuki; Yuji Inagaki; Ken-ichiro Ishida
PROTIST 161: 523 (2010) Semantic Scholar
92. Rooting for the root of elongation factor-like protein phylogeny Ryoma Kamikawa; Miako Sakaguchi; Takuya Matsumoto; Tetsuo HashimotoYuji Inagaki
MOLECULAR PHYLOGENETICS AND EVOLUTION 56: 1082 (2010) Semantic Scholar
93. A phylogenetic mosaic plastid proteome and unusual plastid-targeting signals in the green-colored dinoflagellate Lepidodinium chlorophorum Marianne A. Minge; Kamran Shalchian-Tabrizi; Ole K. Torresen; Kiyotaka Takishita (+3 著者) Kjetill S. Jakobsen
BMC EVOLUTIONARY BIOLOGY 10: (2010) Semantic Scholar
94. Phylogeny of Asian primate malaria parasites inferred from apicoplast genome-encoded genes with special emphasis on the positions of Plasmodium vivax and P. fragile Hideya Mitsui; Nobuko Arisue; Naoko Sakihama; Yuji Inagaki (+3 著者) Tetsuo Hashimoto
GENE 450: 32 (2010) Semantic Scholar
95. Expanded phylogenies of canonical and non-canonical types of methionine adenosyltransferase reveal a complex history of these gene families in eukaryotes Ryoma Kamikawa; Gabino F. Sanchez-Perez; Yoshihiko Sako; Andrew J. RogerYuji Inagaki
MOLECULAR PHYLOGENETICS AND EVOLUTION 53: 565 (2009) Semantic Scholar
96. Tracing back EFL gene evolution in the cryptomonads-haptophytes assemblage: Separate origins of EFL genes in haptophytes, photosynthetic cryptomonads, and goniomonads Miako Sakaguchi; Kiyotaka Takishita; Takuya Matsumoto; Tetsuo HashimotoYuji Inagaki
GENE 441: 126 (2009) Semantic Scholar
97. Eukaryotic origin of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase genes in Clostridium thermocellum and Clostridium cellulolyticum genomes and putative fates of the exogenous gene in the subsequent genome evolution Kiyotaka Takishita; Yuji Inagaki
GENE 441: 22 (2009) Semantic Scholar
98. Gene Sampling Can Bias Multi-Gene Phylogenetic Inferences: The Relationship between Red Algae and Green Plants as a Case Study Yuji Inagaki; Yoshihiro Nakajima; Mitsuhisa Sato; Miako SakaguchiTetsuo Hashimoto
MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION 26: 1171 (2009) Semantic Scholar
99. A Hypothesis for the Evolution of Nuclear-Encoded, Plastid-Targeted Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase Genes in "Chromalveolate" Members Kiyotaka Takishita; Haruyo Yamaguchi; Tadashi Maruyama; Yuji Inagaki
PLOS ONE 4: e4737 (2009) Semantic Scholar
100. Large-Scale Phylogenomic Analyses Reveal That Two Enigmatic Protist Lineages, Telonemia and Centroheliozoa, Are Related to Photosynthetic Chromalveolates Fabien Burki; Yuji Inagaki; Jon Brate; John M. Archibald (+9 著者) Kamran Shalchian-Tabrizi
GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION 1: 231 (2009) Semantic Scholar

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1. 共生微生物稲垣,祐司; 中山卓郎 (担当:分担執筆, 範囲:第17章現在も続く細胞内共生細菌のオルガネラ化．)
化学同人 2016年10月 (ISBN: 9784759817287)
2. Reference modules in Materials Science and Engineering 2016 Harada, Ryuhei; Inagaki, Yuji; Shigeta, Yasuteru (担当:分担執筆, 範囲:Protein Folding and Evolution)
2016年6月
3. ロングブランチの誘惑--分子系統解析のダークサイド稲垣祐司 (担当:監修)
藻類 2007年7月
4. アピコンプレクサ類の退化葉緑体は緑藻起源か？稲垣祐司 (担当:監修)
藻類 2004年1月

1. Recent progress in resolving the diversity and evolution of deep eukaryotic phylogeny Inagaki, Yuji
ISEP23 2023年1月20日招待有り
2. A factor that hinders the accurate phylogenetic inferences: The monophyly of Archaeplastida as a case study. Inagaki, Yuji
EPCC-CCS Workshop 2022 2022年12月14日招待有り
3. ユーグレナ類はピラミモナス緑藻由来の色素体局在DNAポリメラーゼをもつ原田亮; Eliáš, Marek; 稲垣, 祐司
第81回日本寄生虫学会東日本支部大会・日本共生生物学会第6回大会 2022年10月1日
4. 新奇ミトコンドリア局在DNAポリメラーゼが示唆するマラウィモナス類、アンキロモナス類、ディスコバ類の近縁性と真核生物のルート原田亮; Eliáš, Marek; 中野健太郎; 白鳥峻志; 矢吹彬憲; Ensoo, Kim; 石田健一郎; 稲垣, 祐司
第81回日本寄生虫学会東日本支部大会・日本共生生物学会第6回大会 2022年10月1日
5. Draft nucleomorph genomes of green-colored dinoflagellates Inagaki, Yuji; Nakayama, Takuro; Kawakubo, Takashi; Matsuo, Eriko; Takahashi, Kazuya; Iwataki, Mitsunori
21st Symposium of the International Society of Endocytobiology 2022年7月19日招待有り
6. Microheriella maris units Archaeplastida and Cryptista in phylogenomics. Euki, Yazaki; Akinori, Yabuki; Ayaka, Imaizumi; Keitaro, Kume; Tetsuo, Hashimoto; Inagaki, Yuji
Asian Congress of Protistology IV 2021年11月19日
7. Single-cell transcriptome data from diverse euglenids revised the evolution of mitochondrion-localized DNA polymerase in Euglenozoa. Harada, Ryo; Inagaki, Yuji
1st Annual International Cogress on Euglenoids 2021 2021年11月8日
8. 古細菌SMC関連タンパク質ClsNとSphは同一の新規SMCタンパクサブファミリーから派生した吉永真理; 稲垣, 祐司
日本微生物生態学会第34回大会 2021年10月30日
9. Draft nucleomorph genome of a green-colored dinoflagellate Inagaki, Yuji
ISEP seminor 2021年5月20日
10. キネトプラスチダ類及びディプロネマ類に特異的なミトコンドリア局在DNAポリメラーゼはファージ起源である. 原田亮; 稲垣, 祐司
日本共生生物学会第4回大会 2020年10月30日
11. 真核生物におけるSMCタンパク質ファミリーの多様化と二次的喪失吉永真理; 稲垣, 祐司
日本共生生物学会第4回大会 2020年10月30日
12. Time-course analysis of gene expression of the benthic protist during exposure to titanium dioxide nanoscale particles．石谷佳之; 氏家由利香; Caterina, Ciacci; Frontalini, Fabrizio; 稲垣, 祐司
日本地球惑星科学連合2020年大会 2020年7月12日
13. 新奇ミトコンドリア局在DNAポリメラーゼは新たな真核生物高次系統群を示唆するか？原田亮; 中野賢太郎; 矢吹彬憲; 白鳥峻志; Kim, Ensoo; 稲垣, 祐司
第17回原生生物・寄生虫・進化セミナー 2020年5月29日招待有り
14. 緑色渦鞭毛藻Oxytoxum sp. SG-436株の共生藻縮退核のゲノム解析．川久保卓志; 松尾恵梨子; 高橋和也; 谷藤吾郎; 岩滝光儀; Inagaki, Yuji
日本藻類学会第44回大会 2020年3月26日
15. ディスコバ生物群，マラウィモナス類，アンキロモナス類が保持する新奇ミトコンドリア局在DNAポリメラーゼ．原田亮; 中野賢太郎; 矢吹彬憲; 白鳥峻志; Kim, Ensoo; 稲垣, 祐司
日本藻類学会第44回大会 2020年3月26日
16. エンドヘレア太陽虫Microheliella marisの系統的位置とミトコンドリアゲノム．矢吹彬憲; 矢﨑裕規; 今泉彩香; 白鳥峻志; 久米慶太郎; 橋本哲男; 稲垣, 祐司
日本藻類学会第44回大会 2020年3月26日
17. 有孔虫の大規模分岐年代推定. 石谷佳之; 矢﨑裕規; 氏家由利香; 稲垣祐司
日本古生物学会2020年大会 2020年2月7日
18. Phylogenomic analyses unveiled multiple endosymbioses of pedinophycean green algae in distantly related dinoflagellates. Inagaki, Yuji
CCS-EPCC Workshop 2019年12月3日招待有り
19. フィロジェノミック解析により推測されたMicroheliella marisの系統的位置．矢﨑裕規; 今泉彩香; 久米慶太郎; 白鳥峻志; 橋本哲男; 矢吹彬憲; 石田健一郎; 稲垣, 祐司
第3回日本共生学会大会 2019年11月19日
20. 有孔虫Ammonia beccariiのミトコンドリアに局在するDNA分子群．石谷佳之; 久米慶太郎; 稲垣, 祐司
第3回日本共生生物学会 2019年11月19日