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稲垣祐司

Inagaki, Yuji

計算科学研究センター , 教授
Center for Computational Sciences , Professor

http://sites.google.com/site/yujiswebsite/Home

オープンアクセス版の論文は「つくばリポジトリ」で読むことができます。

101. Eukaryotic origin of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase genes in Clostridium thermocellum and Clostridium cellulolyticum genomes and putative fates of the exogenous gene in the subsequent genome evolution Kiyotaka Takishita; Yuji Inagaki
GENE 441: 22 (2009) Semantic Scholar
102. Gene Sampling Can Bias Multi-Gene Phylogenetic Inferences: The Relationship between Red Algae and Green Plants as a Case Study Yuji Inagaki; Yoshihiro Nakajima; Mitsuhisa Sato; Miako SakaguchiTetsuo Hashimoto
MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION 26: 1171 (2009) Semantic Scholar
103. A Hypothesis for the Evolution of Nuclear-Encoded, Plastid-Targeted Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase Genes in "Chromalveolate" Members Kiyotaka Takishita; Haruyo Yamaguchi; Tadashi Maruyama; Yuji Inagaki
PLOS ONE 4: e4737 (2009) Semantic Scholar
104. Large-Scale Phylogenomic Analyses Reveal That Two Enigmatic Protist Lineages, Telonemia and Centroheliozoa, Are Related to Photosynthetic Chromalveolates Fabien Burki; Yuji Inagaki; Jon Brate; John M. Archibald (+9 著者) Kamran Shalchian-Tabrizi
GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION 1: 231 (2009) Semantic Scholar
105. Direct phylogenetic evidence for lateral transfer of elongation factor-like gene Ryoma Kamikawa; Yuji Inagaki; Yoshihiko Sako
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 105: 6965 (2008) Semantic Scholar
106. Origins of plastids and glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase genes in the green-colored dinoflagellate Lepidodinium chlorophorum Kiyotaka Takishita; Masanobu Kawachi; Mary-Helene Noel; Takuya Matsumoto (+5 著者) Yuji Inagaki
GENE 410: 26 (2008) Semantic Scholar
107. Evolving genetic code Takeshi Ohama; Yuji Inagaki; Yoshitaka Bessho; Syozo Osawa
Proceedings of the Japan Academy Series B: Physical and Biological Sciences 84: 58 (2008) Semantic Scholar
108. 複数遺伝子の結合データに基づく分子系統樹の推測 ―真核生物の大系統の解析を例として― 橋本哲男; 有末伸子; 坂口美亜子; 稲垣祐司
統計数理 56: 145-164 (2008)
109. Centrohelida is still searching for a phylogenetic home: Analyses of seven Raphidiophrys contractilis genes Miako Sakaguchi; Yuji Inagaki; Tetsuo Hashimoto
GENE 405: 47 (2007)
110. Assessing the monophyly of chlorophyll-c containing plastids by multi-gene phylogenies under the unlinked model conditions Kei Iida; Kiyotaka Takishita; Kazuhiko Ohshima; Yuji Inagaki
MOLECULAR PHYLOGENETICS AND EVOLUTION 45: 227 (2007) Semantic Scholar
111. Proposal of Pseudochattonella verruculosa gen. nov., comb. nov (Dictyochophyceae) for a formar raphidophycean alga Chattonella verruculosa, based on 18S rDNA phylogeny and ultrastructural characteristics Shoko Hosoi-Tanabe; Daiske Honda; Sachiko Fukaya; Isamu Otake (+1 著者) Yoshihiko Sako
PHYCOLOGICAL RESEARCH 55: 185 (2007) Semantic Scholar
112. Diversity of microbial eukaryotes in sediment at a deep-sea methane cold seep: surveys of ribosomal DNA libraries from raw sediment samples and two enrichment cultures Kiyotaka Takishita; Naoji Yubuki; Natsuki Kakizoe; Yuji InagakiTadashi Maruyama
EXTREMOPHILES 11: 563 (2007) Semantic Scholar
113. ロングブランチの誘惑-分子系統解析のダークサイド稲垣, 祐司
The Japanese journal of phycology 55: 111 (2007)
114. Multiple gene phylogenies support the monophyly of cryptomonad and haptophyte host lineages Nicola J. Patron; Yuji Inagaki; Patrick J. Keeling
CURRENT BIOLOGY 17: 887 (2007) Semantic Scholar
115. Fragmentation of mitochondrial large subuint rRNA in a dinoflagellate Alexandrium catenella and the evolution of rRNA structure in alveolate mitochondria. Kamikawa, R; Inagaki, Y; Sako, Y
Protist 158: 239-245 (2007)
116. Fragmentation of mitochondrial large subunit rRNA in the dinoflagellate Alexandrium catenella and the evolution of rRNA structure in alveolate mitochondria Ryoma Kamikawa; Yuji Inagaki; Yoshihiko Sako
PROTIST 158: 239 (2007) Semantic Scholar
117. Ultrastructure and ribosomal RNA phylogeny of the free-living heterotrophic flagellate Dysnectes brevis n. gen., n. sp., a new member of the fornicata Naoji Yubuki; Yuji Inagaki; Takeshi Nakayama; Isao Inouye
JOURNAL OF EUKARYOTIC MICROBIOLOGY 54: 191 (2007) Semantic Scholar
118. Plasticity of the domain structure in FlgJ, a bacterial protein involved in flagellar rod formation Takayuki Nambu; Yuji Inagaki; Kazuhiro Kutsukake
GENES & GENETIC SYSTEMS 81: 381 (2006)
119. Phylogenetic estimation under codon models can be biased by codon usage heterogeneity Yuji Inagaki; Andrew J. Roger
MOLECULAR PHYLOGENETICS AND EVOLUTION 40: 428 (2006) Semantic Scholar
120. Comprehensive multigene phylogenies of excavate protists reveal the evolutionary positions of "primitive" eukaryotes AGB Simpson; Y Inagaki; AJ Roger
MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION 23: 615 (2006) Semantic Scholar

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1. 共生微生物稲垣,祐司; 中山卓郎 (担当:分担執筆, 範囲:第17章現在も続く細胞内共生細菌のオルガネラ化．)
化学同人 2016年10月 (ISBN: 9784759817287)
2. Reference modules in Materials Science and Engineering 2016 Harada, Ryuhei; Inagaki, Yuji; Shigeta, Yasuteru (担当:分担執筆, 範囲:Protein Folding and Evolution)
2016年6月
3. ロングブランチの誘惑--分子系統解析のダークサイド稲垣祐司 (担当:監修)
藻類 2007年7月
4. アピコンプレクサ類の退化葉緑体は緑藻起源か？稲垣祐司 (担当:監修)
藻類 2004年1月

1. Recent progress in resolving the diversity and evolution of deep eukaryotic phylogeny Inagaki, Yuji
ISEP23 2023年1月20日招待有り
2. A factor that hinders the accurate phylogenetic inferences: The monophyly of Archaeplastida as a case study. Inagaki, Yuji
EPCC-CCS Workshop 2022 2022年12月14日招待有り
3. ユーグレナ類はピラミモナス緑藻由来の色素体局在DNAポリメラーゼをもつ原田亮; Eliáš, Marek; 稲垣, 祐司
第81回日本寄生虫学会東日本支部大会・日本共生生物学会第6回大会 2022年10月1日
4. 新奇ミトコンドリア局在DNAポリメラーゼが示唆するマラウィモナス類、アンキロモナス類、ディスコバ類の近縁性と真核生物のルート原田亮; Eliáš, Marek; 中野健太郎; 白鳥峻志; 矢吹彬憲; Ensoo, Kim; 石田健一郎; 稲垣, 祐司
第81回日本寄生虫学会東日本支部大会・日本共生生物学会第6回大会 2022年10月1日
5. Draft nucleomorph genomes of green-colored dinoflagellates Inagaki, Yuji; Nakayama, Takuro; Kawakubo, Takashi; Matsuo, Eriko; Takahashi, Kazuya; Iwataki, Mitsunori
21st Symposium of the International Society of Endocytobiology 2022年7月19日招待有り
6. Microheriella maris units Archaeplastida and Cryptista in phylogenomics. Euki, Yazaki; Akinori, Yabuki; Ayaka, Imaizumi; Keitaro, Kume; Tetsuo, Hashimoto; Inagaki, Yuji
Asian Congress of Protistology IV 2021年11月19日
7. Single-cell transcriptome data from diverse euglenids revised the evolution of mitochondrion-localized DNA polymerase in Euglenozoa. Harada, Ryo; Inagaki, Yuji
1st Annual International Cogress on Euglenoids 2021 2021年11月8日
8. 古細菌SMC関連タンパク質ClsNとSphは同一の新規SMCタンパクサブファミリーから派生した吉永真理; 稲垣, 祐司
日本微生物生態学会第34回大会 2021年10月30日
9. Draft nucleomorph genome of a green-colored dinoflagellate Inagaki, Yuji
ISEP seminor 2021年5月20日
10. キネトプラスチダ類及びディプロネマ類に特異的なミトコンドリア局在DNAポリメラーゼはファージ起源である. 原田亮; 稲垣, 祐司
日本共生生物学会第4回大会 2020年10月30日
11. 真核生物におけるSMCタンパク質ファミリーの多様化と二次的喪失吉永真理; 稲垣, 祐司
日本共生生物学会第4回大会 2020年10月30日
12. Time-course analysis of gene expression of the benthic protist during exposure to titanium dioxide nanoscale particles．石谷佳之; 氏家由利香; Caterina, Ciacci; Frontalini, Fabrizio; 稲垣, 祐司
日本地球惑星科学連合2020年大会 2020年7月12日
13. 新奇ミトコンドリア局在DNAポリメラーゼは新たな真核生物高次系統群を示唆するか？原田亮; 中野賢太郎; 矢吹彬憲; 白鳥峻志; Kim, Ensoo; 稲垣, 祐司
第17回原生生物・寄生虫・進化セミナー 2020年5月29日招待有り
14. 緑色渦鞭毛藻Oxytoxum sp. SG-436株の共生藻縮退核のゲノム解析．川久保卓志; 松尾恵梨子; 高橋和也; 谷藤吾郎; 岩滝光儀; Inagaki, Yuji
日本藻類学会第44回大会 2020年3月26日
15. ディスコバ生物群，マラウィモナス類，アンキロモナス類が保持する新奇ミトコンドリア局在DNAポリメラーゼ．原田亮; 中野賢太郎; 矢吹彬憲; 白鳥峻志; Kim, Ensoo; 稲垣, 祐司
日本藻類学会第44回大会 2020年3月26日
16. エンドヘレア太陽虫Microheliella marisの系統的位置とミトコンドリアゲノム．矢吹彬憲; 矢﨑裕規; 今泉彩香; 白鳥峻志; 久米慶太郎; 橋本哲男; 稲垣, 祐司
日本藻類学会第44回大会 2020年3月26日
17. 有孔虫の大規模分岐年代推定. 石谷佳之; 矢﨑裕規; 氏家由利香; 稲垣祐司
日本古生物学会2020年大会 2020年2月7日
18. Phylogenomic analyses unveiled multiple endosymbioses of pedinophycean green algae in distantly related dinoflagellates. Inagaki, Yuji
CCS-EPCC Workshop 2019年12月3日招待有り
19. フィロジェノミック解析により推測されたMicroheliella marisの系統的位置．矢﨑裕規; 今泉彩香; 久米慶太郎; 白鳥峻志; 橋本哲男; 矢吹彬憲; 石田健一郎; 稲垣, 祐司
第3回日本共生学会大会 2019年11月19日
20. 有孔虫Ammonia beccariiのミトコンドリアに局在するDNA分子群．石谷佳之; 久米慶太郎; 稲垣, 祐司
第3回日本共生生物学会 2019年11月19日