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稲垣祐司

Inagaki, Yuji

計算科学研究センター , 教授
Center for Computational Sciences , Professor

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オープンアクセス版の論文は「つくばリポジトリ」で読むことができます。

121. A class of eukaryotic GTPase with a punctuate distribution suggesting multiple functional replacements of translation elongation factor 1α. Keeling, PJ; Inagaki, Y
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 101: 15380 (2004) Semantic Scholar
122. On inconsistency of the Neighbor-Joining, least squares, and minimum evolution estimation when substitution processes are incorrectly modeled E Susko; Y Inagaki; AJ Roger
MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION 21: 1629 (2004) Semantic Scholar
123. Phylogenetic artifacts can be caused by leucine, serine, and arginine codon usage heterogeneity: Dinoflagellate plastid origins as a case study Y Inagaki; AGB Simpson; JB Dacks; AJ Roger
SYSTEMATIC BIOLOGY 53: 582 (2004) Semantic Scholar
124. Covarion shifts cause a long-branch attraction artifact that unites microsporidia and archaebacteria in EF-1α phylogenies. Inagaki, Y; Susko, E; Fast, NM; Roger, AJ
MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION 21: 1340 (2004) Semantic Scholar
125. Assessing functional divergence in EF-1α and its paralogs in eukaryotes and archaebacteria. Inagaki, Y; Blouin, C; Susko, E; Roger, AJ
NUCLEIC ACIDS RESEARCH 31: 4227 (2003) Semantic Scholar
126. Testing for differences in rates-across-sites distributions in phylogenetic subtrees E Susko; Y Inagaki; C Field; ME HolderAJ Roger
MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION 19: 1514 (2002)
127. Lateral transfer of an EF-1α gene: origin and evolution of the large subunit of ATP sulfurylase in Eubacteria. Inagaki, Y; Doolittle, WF; Baldauf, SL; Roger, AJ
CURRENT BIOLOGY 12: 772 (2002)
128. Convergence and constraint in eukaryotic release factor 1 (eRF1) domain 1: the evolution of stop codon specificity Y Inagaki; C Blouin; WF Doolittle; AJ Roger
NUCLEIC ACIDS RESEARCH 30: 532 (2002)
129. Class I release factors in ciliates with variant genetic codes Y Inagaki; WF Doolittle
NUCLEIC ACIDS RESEARCH 29: 921 (2001)
130. Evolutionary relationship between dinoflagellates bearing obligate diatom endosymbionts: insight into tertiary endosymbiosis Y Inagaki; JB Dacks; WF Doolittle; KI WatanabeT Ohama
INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY 50: 2075 (2000)
131. Evolution of the eukaryotic translation termination system: Origins of release factors Y Inagaki; WF Doolittle
MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION 17: 882 (2000)
132. Phylogenetic analysis of diatom coxI genes and implications of a fluctuating GC content on mitochondrial genetic code evolution M Ehara; Y Inagaki; KI Watanabe; T Ohama
CURRENT GENETICS 37: 29 (2000)
133. Comprehensive molecular phylogenetic analysis of a heterokont alga (NIES 548) using genes from all three cellular compartments Megumi Ehara; Taiju Kitayama; Kazuo I. Watanabe; Yuji Inagaki (+1 著者) Takeshi Ohama
Phycological Research 47: 225 (1999) Semantic Scholar
134. Distribution of the mitochondrial deviant genetic code AUA for methionine in heterokont algae M Ehara; KI Watanabe; H Kawai; Y Inagaki (+1 著者) T Ohama
JOURNAL OF PHYCOLOGY 34: 1005 (1998)
135. Directionally evolving genetic code: The UGA codon from stop to tryptophan in mitochondria Y Inagaki; M Ehara; KI Watanabe; Y Hasashi-IshimaruT Ohama
JOURNAL OF MOLECULAR EVOLUTION 47: 378 (1998)
136. Distinctive origins of group I introns found in the COXI genes of three green algae KI Watanabe; M Ehara; Y Inagaki; T Ohama
GENE 213: 1 (1998)
137. A deviant mitochondrial genetic code in prymnesiophytes (yellow-algae): UGA codon for tryptophan Y HayashiIshimaru; M Ehara; Y Inagaki; T Ohama
CURRENT GENETICS 32: 296 (1997)
138. Algae or protozoa: Phylogenetic position of euglenophytes and dinoflagellates as inferred from mitochondrial sequences Y Inagaki; Y HayashiIshimaru; R Ehara; Igarashi, IT Ohama
JOURNAL OF MOLECULAR EVOLUTION 45: 295 (1997)
139. Use of a deviant mitochondrial genetic code in yellow-green algae as a landmark for segregating members within the phylum M Ehara; Y HayashiIshimaru; Y Inagaki; T Ohama
JOURNAL OF MOLECULAR EVOLUTION 45: 119 (1997)
140. Cloning of the Mycoplasma capricolum gene encoding peptide-chain release factor Y Inagaki; Y Bessho; H Hori; S Osawa
GENE 169: 101 (1996)

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1. 共生微生物稲垣,祐司; 中山卓郎 (担当:分担執筆, 範囲:第17章現在も続く細胞内共生細菌のオルガネラ化．)
化学同人 2016年10月 (ISBN: 9784759817287)
2. Reference modules in Materials Science and Engineering 2016 Harada, Ryuhei; Inagaki, Yuji; Shigeta, Yasuteru (担当:分担執筆, 範囲:Protein Folding and Evolution)
2016年6月
3. ロングブランチの誘惑--分子系統解析のダークサイド稲垣祐司 (担当:監修)
藻類 2007年7月
4. アピコンプレクサ類の退化葉緑体は緑藻起源か？稲垣祐司 (担当:監修)
藻類 2004年1月

1. Recent progress in resolving the diversity and evolution of deep eukaryotic phylogeny Inagaki, Yuji
ISEP23 2023年1月20日招待有り
2. A factor that hinders the accurate phylogenetic inferences: The monophyly of Archaeplastida as a case study. Inagaki, Yuji
EPCC-CCS Workshop 2022 2022年12月14日招待有り
3. ユーグレナ類はピラミモナス緑藻由来の色素体局在DNAポリメラーゼをもつ原田亮; Eliáš, Marek; 稲垣, 祐司
第81回日本寄生虫学会東日本支部大会・日本共生生物学会第6回大会 2022年10月1日
4. 新奇ミトコンドリア局在DNAポリメラーゼが示唆するマラウィモナス類、アンキロモナス類、ディスコバ類の近縁性と真核生物のルート原田亮; Eliáš, Marek; 中野健太郎; 白鳥峻志; 矢吹彬憲; Ensoo, Kim; 石田健一郎; 稲垣, 祐司
第81回日本寄生虫学会東日本支部大会・日本共生生物学会第6回大会 2022年10月1日
5. Draft nucleomorph genomes of green-colored dinoflagellates Inagaki, Yuji; Nakayama, Takuro; Kawakubo, Takashi; Matsuo, Eriko; Takahashi, Kazuya; Iwataki, Mitsunori
21st Symposium of the International Society of Endocytobiology 2022年7月19日招待有り
6. Microheriella maris units Archaeplastida and Cryptista in phylogenomics. Euki, Yazaki; Akinori, Yabuki; Ayaka, Imaizumi; Keitaro, Kume; Tetsuo, Hashimoto; Inagaki, Yuji
Asian Congress of Protistology IV 2021年11月19日
7. Single-cell transcriptome data from diverse euglenids revised the evolution of mitochondrion-localized DNA polymerase in Euglenozoa. Harada, Ryo; Inagaki, Yuji
1st Annual International Cogress on Euglenoids 2021 2021年11月8日
8. 古細菌SMC関連タンパク質ClsNとSphは同一の新規SMCタンパクサブファミリーから派生した吉永真理; 稲垣, 祐司
日本微生物生態学会第34回大会 2021年10月30日
9. Draft nucleomorph genome of a green-colored dinoflagellate Inagaki, Yuji
ISEP seminor 2021年5月20日
10. キネトプラスチダ類及びディプロネマ類に特異的なミトコンドリア局在DNAポリメラーゼはファージ起源である. 原田亮; 稲垣, 祐司
日本共生生物学会第4回大会 2020年10月30日
11. 真核生物におけるSMCタンパク質ファミリーの多様化と二次的喪失吉永真理; 稲垣, 祐司
日本共生生物学会第4回大会 2020年10月30日
12. Time-course analysis of gene expression of the benthic protist during exposure to titanium dioxide nanoscale particles．石谷佳之; 氏家由利香; Caterina, Ciacci; Frontalini, Fabrizio; 稲垣, 祐司
日本地球惑星科学連合2020年大会 2020年7月12日
13. 新奇ミトコンドリア局在DNAポリメラーゼは新たな真核生物高次系統群を示唆するか？原田亮; 中野賢太郎; 矢吹彬憲; 白鳥峻志; Kim, Ensoo; 稲垣, 祐司
第17回原生生物・寄生虫・進化セミナー 2020年5月29日招待有り
14. 緑色渦鞭毛藻Oxytoxum sp. SG-436株の共生藻縮退核のゲノム解析．川久保卓志; 松尾恵梨子; 高橋和也; 谷藤吾郎; 岩滝光儀; Inagaki, Yuji
日本藻類学会第44回大会 2020年3月26日
15. ディスコバ生物群，マラウィモナス類，アンキロモナス類が保持する新奇ミトコンドリア局在DNAポリメラーゼ．原田亮; 中野賢太郎; 矢吹彬憲; 白鳥峻志; Kim, Ensoo; 稲垣, 祐司
日本藻類学会第44回大会 2020年3月26日
16. エンドヘレア太陽虫Microheliella marisの系統的位置とミトコンドリアゲノム．矢吹彬憲; 矢﨑裕規; 今泉彩香; 白鳥峻志; 久米慶太郎; 橋本哲男; 稲垣, 祐司
日本藻類学会第44回大会 2020年3月26日
17. 有孔虫の大規模分岐年代推定. 石谷佳之; 矢﨑裕規; 氏家由利香; 稲垣祐司
日本古生物学会2020年大会 2020年2月7日
18. Phylogenomic analyses unveiled multiple endosymbioses of pedinophycean green algae in distantly related dinoflagellates. Inagaki, Yuji
CCS-EPCC Workshop 2019年12月3日招待有り
19. フィロジェノミック解析により推測されたMicroheliella marisの系統的位置．矢﨑裕規; 今泉彩香; 久米慶太郎; 白鳥峻志; 橋本哲男; 矢吹彬憲; 石田健一郎; 稲垣, 祐司
第3回日本共生学会大会 2019年11月19日
20. 有孔虫Ammonia beccariiのミトコンドリアに局在するDNA分子群．石谷佳之; 久米慶太郎; 稲垣, 祐司
第3回日本共生生物学会 2019年11月19日