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土屋 貴穂

Tsuchiya, Takaho

医学医療系 , 助教
Institute of Medicine , Assistant Professor

https://sites.google.com/view/ozakilab-jp

オープンアクセス版の論文は「つくばリポジトリ」で読むことができます。
  1. 1. The RNA-binding protein Msi2 regulates autophagy during myogenic differentiation Ruochong Wang; Futaba Kato; Rio Yasui Watson; Aaron M Beedle (+6 著者) Takahiro Ito
      Life Science Alliance 7: e202302016 (2024) Semantic Scholar
  2. 2. DNA hypomethylation characterizes genes encoding tissue-dominant functional proteins in liver and skeletal muscle Hideki Maehara; Toshiya Kokaji; Atsushi Hatano; Yutaka Suzuki (+16 著者) Shinya Kuroda
      Scientific Reports 13: (2023) Semantic Scholar
  3. 3. Transcription factor-binding k-mer analysis clarifies the cell type dependency of binding specificities and cis-regulatory SNPs in humans. Saeko Tahara; Takaho Tsuchiya; Hirotaka Matsumoto; Haruka Ozaki
      BMC genomics 24: 597 (2023) Semantic Scholar
  4. 4. CCPLS reveals cell-type-specific spatial dependence of transcriptomes in single cells Takaho Tsuchiya; Hiroki Hori; Haruka Ozaki
      Bioinformatics 38: 4868 (2022) Semantic Scholar
  5. 5. In vivo transomic analyses of glucose-responsive metabolism in skeletal muscle reveal core differences between the healthy and obese states Toshiya Kokaji; Miki Eto; Atsushi Hatano; Katsuyuki Yugi (+19 著者) Shinya Kuroda
      Scientific Reports 12: (2022) Semantic Scholar
  6. 6. Identifying potential regulators of JAGGED1 expression in portal mesenchymal cells. Teppei Nishino; Masaharu Yoshihara; Takahiro Nakayama; Takaho Tsuchiya (+2 著者) Satoru Takahashi
      BMC research notes 15: 172 (2022) Semantic Scholar
  7. 7. Trans-Omic Analysis Reveals Obesity-Associated Dysregulation of Inter-Organ Metabolic Cycles between the Liver and Skeletal Muscle Egami, Riku; Kokaji, Toshiya; Hatano, Atsushi; Yugi, Katsuyuki (+19 著者) Kuroda, Shinya
      iScience 24: 102217 (2021) Semantic Scholar
  8. 8. Transomics analysis reveals allosteric and gene regulation axes for altered hepatic glucose-responsive metabolism in obesity Kokaji, T; Hatano, A; Ito, Y; Yugi, K (+19 著者) Kuroda, S
      Science Signaling 13: (2020) Semantic Scholar
  9. 9. Stability of RNA Sequences Derived from the Coronavirus Genome in Human Cells Wakida, H; Kawata, K; Yamaji, Y; Hattori, E (+3 著者) Akimitsu, N
      Biochemical and Biophysical Research Communications (2020)
  10. 10. System identification of signaling dependent gene expression with different time-scale data Tsuchiya, T; Fujii, M; Matsuda, N; Kunida, K (+3 著者) Kuroda, S
      PLoS Computational Biology 13: e1005913 (2017) Semantic Scholar
  11. 11. Laguerre Filter Analysis with Partial Least Square Regression Reveals a Priming Effect of ERK and CREB on c-FOS Induction Kudo, T; Uda, S; Tsuchiya, T; Wada, T (+3 著者) Kuroda, S
      PLoS ONE 11: e0160548 (2016) Semantic Scholar
  12. 12. Robustness of MEK-ERK Dynamics and Origins of Cell-to-Cell Variability in MAPK Signaling Filippi, S; Barnes, C. P; Kirk; P. D. W (+7 著者) M. P. H
      Cell Reports 15: 2524 (2016) Semantic Scholar
  13. 13. Iterative Nuclear Norm Minimization for System Identification using Nonuniform Sampling Data Konishi, K; Tsuchiya, T; Kunida, K; Fujii, M (+1 著者) Kuroda, S
      Proceedings of the SICE Annual Conference (2016)
  14. 14. Multiple Low Rank Matrices Approach to Piecewise Affine System Identification for Nonuniform Sampling Data Konishi, K; Tsuchiya, T; Kunida, K; Fujii, M (+1 著者) Kuroda, S
      The 47th ISCIE International Symposium on Stochastic Systems Theory and Its Applications (Proceedings) (2015)
  15. 15. Robustness and Compensation of Information Transmission of Signaling Pathways Uda, S; Saito; T., H; Kudo, T (+5 著者) Kuroda, S
      Science 341: 558 (2013) Semantic Scholar
  16. 16. Temporal Decoding of MAP Kinase and CREB Phosphorylation by Selective Immediate Early Gene Expression Saito, T. H; Uda, S; Tsuchiya, T; Ozaki, YKuroda, S
      PLoS ONE 8: e57037 (2013) Semantic Scholar

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  1. 1. CCPLS reveals cell-type specific spatial dependence of transcriptome in single cells 土屋貴穂; 尾崎遼
    CREST BioDX Symposium 2021 2021年11月21日
  2. 2. k-mer profile analysis clarifies cell-type specific TF binding landscape in human Saeko, Tahara; Takaho, Tsuchiya; Haruka, Ozaki
    2021年日本バイオインフォマティクス学会年会・第10回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2021） 2021年9月29日
  3. 3. k-mer profile analysis clarifies cell-type specific TF binding landscape in human 田原沙絵子; 土屋貴穂; 尾崎遼
    日本バイオインフォマティクス学会 2021年年会 第10回生命医薬情報学連合大会（IBMP2021） 2021年9月27日
  4. 4. ChIP-Atlas の二次解析による多彩な転写因子認識配列の解明および更なるデータベース化 田原, 沙絵子; 土屋, 貴穂; 尾崎, 遼
    トーゴーの日 シンポジウム 2020 2020年10月6日
  5. 5. ChIP-Atlasの二次解析による多彩な転写因子認識配列の解明および更なるデータベース化 田原沙絵子; 土屋貴穂; 尾崎遼
    トーゴーの日 シンポジウム 2020 2020年10月6日
  6. 6. 機械学習を用いたRNA安定性予測モデルの開発 服部恵美; 土屋貴穂; 脇田寛泰; 川田健太郎; 山地雄大; 和田洋一郎; 秋光信佳; 尾崎遼
    日本バイオインフォマティクス学会 2020年年会 第9回生命医薬情報学連合大会（IBMP2020） 2020年9月1日
  7. 7. ChIP-seqデータベースの大規模解析で解明する細胞型ごとに多彩な転写因子認識配列 田原沙絵子; 土屋貴穂; 尾崎 遼
    日本バイオインフォマティクス学会 2020年年会 第9回生命医薬情報学連合大会（IBMP2020） 2020年9月1日
  8. 8. CellCellTopic： cell-cell interaction analysis by Dirichlet multinomial regression topic modeling 土屋貴穂; 尾崎遼
    日本バイオインフォマティクス学会 2020年年会 第9回生命医薬情報学連合大会（IBMP2020） 2020年9月1日
  9. 9. ChIP-seqデータベースの大規模解析で解明する細胞型ごとに多彩な転写因子認識配列 田原沙絵子; 土屋貴穂; 尾崎遼
    生命情報科学若手の会 第12回 研究会 2020年8月27日
  10. 10. System Identification of Signaling Dependent Gene Expression with Different Time-Scale Data 土屋貴穂
    Institute for Frontier Life and Medical Sciences, Kyoto University, Seminar Series of Cell Fate Dynamics & Therapeutics 2020年3月23日 招待有り
  11. 11. シングルセル空間トランスクリプトームデータを用いた遺伝子制御ネットワークの空間分布解析 土屋貴穂; 尾崎遼
    第8回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2019） 2019年9月9日
  12. 12. 医薬学で応用問題を解くためのバイオインフォマティクス 土屋貴穂
    筑波大学 医学医療系 生命医科学域平成30年度公開講演会 2019年2月18日 招待有り
  13. 13. 創薬研究におけるデータサイエンス 土屋貴穂; 和田卓也
    特定非営利活動法人 医学統計研究会 特定主題シンポジウム 2018 ｢製薬企業におけるデータ・サイエンティストの役割｣ 2018年2月3日 招待有り
  14. 14. MOCCSプロファイルで明らかにする、転写因子認識配列の細胞型特異性とヒト一塩基多型が転写因子結合へ与える影響 Saeko, Tahara; Takaho, Tsuchiya; Hirotaka, Matsumoto; Haruka, Ozaki
    2022年日本バイオインフォマティクス学会年会・第11回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2022）
  15. 15. MOCCS-DB: ヒト転写因子認識配列の多様性データベース 田原, 沙絵子; 土屋, 貴穂; 松澤, 亮輔; 尾崎, 遼
    トーゴーの日シンポジウム2022
  16. 16. MOCCSプロファイルで明らかにする、転写因子認識配列の細胞型特異性とヒト一塩基多型が 転写因子結合へ与える影響 田原沙絵子; 土屋, 貴穂; 松本拡高; 尾崎遼
    2022年日本バイオインフォマティクス学会年会・第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022)
  17. 17. Predicting SNPs' effects on transcriptional factor binding and cell-type specificity using a crowd of ChIP-seq data 田原, 沙絵子; 土屋, 貴穂; 松本, 拡高; 尾崎, 遼
    日本人類遺伝学会第67回大会
  18. 18. MOCCS-DB: ヒト転写因子認識配列の多様性データベース 田原沙絵子; 土屋, 貴穂; 松澤, 亮輔; 尾崎遼
    トーゴーの日シンポジウム
  19. 19. Fully Automated Technique for Cellular Signaling Analysis with High Temporal Resolution Tsuchiya, Takaho; Kudo, Takamasa; Komori, Yasunori; Kuroda, Shinya
    6th AYRCOB
  20. 20. Fully Automated Technique for Cellular Signaling Analysis with High Temporal Resolution Tsuchiya, Takaho; Takamasa, Kudo; Yasunori, Komori; Kuroda, Shinya
    International Workshop on Quantitative Biology
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