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YING BEIWEN

YING, BEIWEN

生命環境系 , 准教授
Institute of Life and Environmental Sciences , Associate Professor

http://www.u.tsukuba.ac.jp/~ying.beiwen.gf/index.html

オープンアクセス版の論文は「つくばリポジトリ」で読むことができます。
  1. 1. Machine Learning Reveals Quantitative Amino Acid Preferences in Bifidobacterium longum Growth KANEKO, H.; KADOWAKI, K.; YOSHIMOTO, S.; ODAMAKI, T. (+1 著者) BEIWEN
      Microbial biotechnology (2026)
  2. 2. Growth Patterns of Culturable Indoor Bacteria Vary with Nutrient Availability and Surface Material WENG, Jieruiyi; YING, BEIWEN
      Biology and Life Sciences Forum 62: (2026) Semantic Scholar
  3. 3. Cleaning reshapes bacterial communities in public toilets through disturbance and random reassembly WENG, Jieruiyi; HASHIZUME, Takamasa; YING; BEIWEN
      Scientific Reports 16: (2026) Semantic Scholar
  4. 4. Experimental demonstration of bacterial fitness increase by machine learning-driven habitat reconstruction LU, Zipeng; YING, BEIWEN
      mLife (2026)
  5. 5. Equivalent fitness increase achieved by active learning-navigated habitat reconstruction and evolution-induced genome mutation LU, Zipeng; YING, BEIWEN
      bioRxiv (2026)
  6. 6. Growth dynamics of 3,909 Escherichia coli single-gene knockouts in rich and minimal media. LAO, Zehui; YING, BEIWEN
      Scientific Data (2026) Semantic Scholar
  7. 7. Time series data mining for linking the shape of bacterial growth curves to biological functions. LAO, Zehui; YING, BEIWEN
      Computational and structural biotechnology journal (2026) Semantic Scholar
  8. 8. Sequential active learning for medium optimization in mAb production. HASHIZUME, Takamasa; BABA, Koki; MATSUO, Naoya; YING, BEIWEN
      Journal of Bioscience and Bioengineering 141: 210 (2026) Semantic Scholar
  9. 9. Data-driven analysis reveals distinct genomic and environmental contributions to bacterial growth curves GONG, Jiarun; YING, BEIWEN
      Scientific Reports 16: (2025) Semantic Scholar
  10. 10. Experimental mapping of bacterial fitness landscapes reveals eco-evolutionary fingerprints ZHANG, Shuyang; YING, BEIWEN
      Scientific Reports 15: (2025) Semantic Scholar
  11. 11. Biology-aware machine learning for culture medium optimization. HASHIZUME, Takamasa; YING; BEIWEN
      New BIOTECHNOLOGY 89: 141 (2025) Semantic Scholar
  12. 12. Population Dynamics of Escherichia coli Growing under Chemically Defined Media AIDA, honoka; YING, BEIWEN
      Scientific Data 12: (2025) Semantic Scholar
  13. 13. A data-driven approach for cell culture medium optimization. OZAWA, Yuki; HASHIZUME, Takamasa; YING; BEIWEN
      Biochemical Engineering Journal 214: (2025) Semantic Scholar
  14. 14. Data-driven discovery of the interplay between genetic and environmental factors in bacterial growth AIDA, honoka; YING, BEIWEN
      COMMUNICATIONS BIOLOGY 7: (2024) Semantic Scholar
  15. 15. Experimental evolution for the recovery of growth loss due to genome reduction HITOMI, Kenya; ISHII, Yoichiro; YING, BEIWEN
      ELIFE 13: (2024)
  16. 16. Challenges in developing cell culture media using machine learning HASHIZUME, Takamasa; YING; BEIWEN
      BIOTECHNOLOGY ADVANCES 70: (2024)
  17. 17. Employing Active Learning in Medium Optimization for Selective Bacterial Growth ZHANG, Shuyang; AIDA, Honoka; YING, BEIWEN
      Applied Microbiology 3: 1355 (2023) Semantic Scholar
  18. 18. Active learning for medium optimization for selective bacterial culture ZHANG, Shuyang; AIDA, Honoka; YING, BEIWEN
      bioRxiv (2023)
  19. 19. Diversity for commonality in the evolutionary changes of the reduced genome to regain the growth fitness HITOMI, Kenya; ISHII, Yoichiro; YING, BEIWEN
      Elife (2023)
  20. 20. Efforts to Minimise the Bacterial Genome as a Free-Living Growing System AIDA, honoka; YING, BEIWEN
      BIOLOGY-BASEL 12: (2023) Semantic Scholar
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  1. 1. 機械学習でできる！細胞培養の最適化 YING, Beiwen
    2025年5月 (ISBN: 9784274233555)
  2. 2. Stress and Environmental Regulation of Gene Expression and Adaptation in Bacteria YING,BEIWEN; YOMO,Tetsuya (担当:分担執筆, 範囲:Comparative analyses of bacterial transcriptome reorganisation in response to temperature increase.)
    2016年5月 (ISBN: 9781119004882)
  3. 3. Advances in Applied Biotechnology YING,BEIWEN; YOMO,Tetsuya (担当:分担執筆, 範囲:Built-in synthetic gene circuits in Escherichia coli – methodology and applications.)
    2012年1月
  4. 4. Protein Engineering Handbook YING,BEIWEN; UEDA,Takuya (担当:分担執筆, 範囲:Protein generation using a reconstituted system.)
    2009年1月
  5. 5. Cell-Free Expression YING,BEIWEN; SHIMIZU,Yoshihiro; UEDA,Takuya (担当:分担執筆, 範囲:The PURE system: a minimal cell-free translation system.)
    2007年12月
  1. 1. 機械学習による細胞増殖の予測とその制御 YING,BEIWEN
    技術情報協会・セミナー 2022年7月29日 招待有り
  2. 2. 細胞培養のデータ駆動式培地開発 橋詰 崇雅; YING, BEIWEN
    日本動物細胞工学会 JAACT2022 2022年7月26日
  3. 3. バイオマス生産最適化に向けたデータ駆動型システム微生物 YING,BEIWEN
    MiCSワークショップ 2022年3月4日 招待有り
  4. 4. 大腸菌増殖を決定する環境因子の網羅的探索 會田 穂乃香; 橋詰 崇雅; YING, BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第16回大会 2022年3月2日
  5. 5. 大腸菌コロニー形成の空間分布の法則 人見 健矢; 翁, 杰瑞翌; YING, BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第16回大会 2022年3月2日
  6. 6. 機械学習による微⽣物増殖の予測 橋詰 崇雅; 會田 穂乃香; YING, BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第16回大会 2022年3月2日
  7. 7. 大腸菌コロニー形成の空間分布の解析 人見 健矢; YING, BEIWEN
    日本微生物生態学会第34回大会 2021年10月30日
  8. 8. 微生物集団増殖に優位的に影響する環境因子の探索 會田 穂乃香; 橋詰 崇雅; YING, BEIWEN
    日本微生物生態学会第34回大会 2021年10月30日
  9. 9. 大腸菌遺伝子発現のゲノム周期性と増殖速度の相関 永井 元基; 黒川 真臣; YING, BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第15回大会 2021年3月4日
  10. 10. 大腸菌ゲノム縮小に伴う変異率と増殖速度の協調的変化 黒川 真臣; 西村 一成; YING, BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第15回大会 2021年3月4日
  11. 11. 微生物培養のデータ駆動型最適化 YING, BEIWEN; 會田 穂乃香; 内田 圭祐; 芦野 一葉; 天笠 俊之
    日本ゲノム微生物学会第14回大会 2020年3月6日
  12. 12. 大腸菌ゲノム縮小株ライブラリーの網羅的実験進化 黒川 真臣; 永井 元基; 瀬尾 茂人; 小椋 義俊; 林 哲也; YING, BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第14回大会 2020年3月6日
  13. 13. 遺伝子発現のゲノム周期性に関する検証 永井 元基; 黒川 真臣; YING, BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第14回大会 2020年3月6日
  14. 14. 大腸菌コロニー形成パターンの解析 XUE, Heng; YING; BEIWEN
    日本微生物生態学会第33回大会 2019年9月10日
  15. 15. 大腸菌増殖における培地成分の寄与度の学習分析 YING, BEIWEN; 芦野一葉; 菅野健太; 天笠俊之
    日本農芸化学会2019年東京大会 2019年3月24日
  16. 16. 機械学習を用いた集団増殖における環境因子の貢献度分析 YING; BEIWEN
    Future Trend in Polymer Science 2018 (FTiPS2018) 2019年3月20日
  17. 17. 微生物の物質生産に適した化学環境条件の網羅的探索 内田圭裕; 桝尾俊介; 高谷直樹; YING, BEIWEN
    超異分野学会2019 2019年3月8日
  18. 18. 大腸菌の増殖を決定する環境要因の判定と予測 芦野一葉; 菅野健太; 天笠 俊之; YING, BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第13回大会 2019年3月7日
  19. 19. 変異による適応度貢献のゲノム縮小に伴う増加 黒川真臣; YING, BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第13回大会 2019年3月6日
  20. 20. 機械学習を用いた集団増殖における環境因子の貢献度分析 YING, BEIWEN; 芦野一葉; 菅野健太; 天笠俊之
    日本分子生物学会第41回大会 2018年11月28日
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