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永久保 利紀

Nagakubo, Toshiki

生命環境系 , 助教
Department of Life and Environmental Sciences , Assistant Professor

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  1. 1. A phage-derived reconfigurable effector associated with an actinobacterial contractile nanomachine tailors bacterial responses to competition Toshiki Nagakubo; Tatsuya Nishiyama; Shumpei Asamizu; Hiroyasu Onaka (+1 著者) Masanori Toyofuku
      Journal of Bacteriology 0:e00532-25 (2026) Semantic Scholar
  2. 2. Restoration of Nitrate Respiration in Pseudomonas aeruginosa under Growth Limitations. Ayaka Uehara; Chunqi Jiang; Susumu Yoshizawa; Kazuhiro Kogure (+2 著者) Masanori Toyofuku
      Microbes and environments 41: (2026) Semantic Scholar
  3. 3. A phage-derived reconfigurable effector associated with an actinobacterial contractile nanomachine tailors bacterial responses to competition Toshiki Nagakubo; Tatsuya Nishiyama; Shumpei Asamizu; Hiroyasu Onaka (+1 著者) Masanori Toyofuku
      bioRxiv (2025) Semantic Scholar
  4. 4. Contractile injections systems facilitate sporogenic differentiation of Streptomyces davawensis through the action of a phage tapemeasure protein-related effector Nagakubo, T.; Nishiyama, T.; Yamamoto, T.; Nomura, N.Toyofuku, M.
      Nature Communications 15: 4442 (2024)
  5. 5. Predicted protein structures Toshiki Nagakubo
      (2024)
  6. 6. Contractile injection systems facilitate sporogenic differentiation of bacteria through the action of a phage tapemeasure protein-related effector. Toshiki Nagakubo; Tatsuya Nishiyama; Tatsuya Yamamoto; Nobuhiko NomuraMasanori Toyofuku
      (2023)
  7. 7. Iron Delivery through Membrane Vesicles in Corynebacterium glutamicum. Kayuki Kawashima (equal contribution); Toshiki Nagakubo (equal contribution); Nobuhiko Nomura; Masanori Toyofuku
      Microbiology spectrum e0122223 (2023) Semantic Scholar
  8. 8. Intracellular Phage Tail-Like Nanostructures Affect Susceptibility of Streptomyces lividans to Osmotic Stress. Toshiki Nagakubo; Shumpei Asamizu; Tatsuya Yamamoto; Manami Kato (+3 著者) Hiroyasu Onaka
      mSphere e0011423 (2023) Semantic Scholar
  9. 9. Intracellular phage tail-like nanostructures affect susceptibility of Streptomyces lividans to osmotic stress Toshiki Nagakubo; Shumpei Asamizu; Tatsuya Yamamoto; Manami Kato (+4 著者) Hiroyasu Onaka
      in press: (2023) Semantic Scholar
  10. 10. Supplemental Material Toshiki Nagakubo
      (2023)
  11. 11. Iron delivery through membrane vesicles in Corynebacterium glutamicum Kayuki Kawashima (equal contribution); Toshiki Nagakubo (equal contribution); Nobuhiko Nomura; Masanori Toyofuku
      in press: (2023)
  12. 12. Biological Functions and Applications of Virus-Related Bacterial Nanoparticles: A Review Toshiki Nagakubo
      International Journal of Molecular Sciences 23: 2595 (2022) Semantic Scholar
  13. 13. Phage Genes Induce Quorum Sensing Signal Release through Membrane Vesicle Formation Marina Yasuda; Tatsuya Yamamoto; Toshiki Nagakubo; Kana Morinaga (+2 著者) Masanori Toyofuku
      Microbes and Environments 37: (2022) Semantic Scholar
  14. 14. Phage tail‐like nanostructures affect microbial interactions between Streptomyces and fungi Toshiki Nagakubo; Tatsuya Yamamoto; Shumpei Asamizu; Masanori Toyofuku (+1 著者) Hiroyasu Onaka
      Scientific reports 11: 20116 (2021) Semantic Scholar
  15. 15. Mycolic acid-containing bacteria trigger distinct types of membrane vesicles through different routes. Toshiki Nagakubo; Yuhei O Tahara; Makoto Miyata; Nobuhiko NomuraMasanori Toyofuku
      iScience 24: 102015 (2021) Semantic Scholar
  16. 16. Synergy between Sophorolipid Biosurfactant and SDS Increases the Efficiency of P. aeruginosa Biofilm Disruption. Bac V G Nguyen; Toshiki Nagakubo; Masanori Toyofuku; Nobuhiko NomuraAndrew S Utada
      Langmuir : the ACS journal of surfaces and colloids 36: 6411 (2020) Semantic Scholar
  17. 17. Involvement of membrane vesicles in long-chain-AHL delivery in Paracoccus species. Kana Morinaga (equal contribution); Toshiki Nagakubo (equal contribution); Nobuhiko Nomura; Masanori Toyofuku
      Environmental microbiology reports 12: 355 (2020) Semantic Scholar
  18. 18. Cracking Open Bacterial Membrane Vesicles. Toshiki Nagakubo; Nobuhiko Nomura; Masanori Toyofuku
      Frontiers in microbiology 10: 3026 (2020) Semantic Scholar
  19. 19. Copper amine oxidases catalyze the oxidative deamination and hydrolysis of cyclic imines Nagakubo, T.; Kumano, T.; Ohta, T.; Hashimoto, Y.Kobayashi, M.
      Nature Communications 10: 413 (2019) Semantic Scholar
  20. 20. Point Mutations Lead to Increased Levels of c-di-GMP and Phenotypic Changes to the Colony Biofilm Morphology in Alcanivorax borkumensis SK2 Manoj Prasad; Nozomu Obana; Kaori Sakai; Toshiki Nagakubo (+4 著者) Andrew S. Utada
      Microbes and Environments 34: 104 (2019) Semantic Scholar
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  1. 1. 細菌のDNAを細胞外に放出させる内在性ウイルス様粒子 永久保利紀; 野村暢彦; 豊福雅典
    バイオインダストリー協会 2025年
  2. 2. 細菌の多細胞集団構造を制御するファージ様粒子の発見 永久保利紀
    日本バイオフィルム学会ニュースレターNo.11 2024年10月
  3. 3. ウイルス様粒子と共存する土壌微生物たち 永久保 利紀
    アグリバイオ 2023年10月
  4. 4. 奪われた！？ウイルスの能力 永久保 利紀
    日本生物工学会 2021年10月
  5. 5. コリネ型細菌が作り分ける多様な膜小胞 永久保 利紀; 豊福 雅典
    バイオインダストリー協会 2021年7月
  6. 6. 異なる反応を同一の活性部位が触媒する環状イミン分解酵素 永久保 利紀
    バイオインダストリー協会 2019年7月
  7. 7. ヘモグロビンの新しい機能 フラボノイド変換活性の発見 永久保; 利紀; 熊野; 匠人; 小林 達彦
    バイオインダストリー協会 2018年7月
  1. 1. Functions of viral remnants in actinomycetes Toshiki Nagakubo
    New directions in Streptomyces developmental biology 2026年9月8日 招待有り
  2. 2. 微生物に取り込まれたファージのタンパク質転移システムとしての多能性 永久保利紀
    日本生物工学会2025年度大会 2025年9月12日 招待有り
  3. 3. ウイルス様ナノマシンがつなぐ放線菌と異種微生物の相互作用 永久保利紀
    日本生物工学会2025年度大会 2025年9月12日 招待有り
  4. 4. 目に見えない、小さな生きものの世界を旅する－微生物がつなぐ生命の輪 永久保利紀
    慶應義塾大学 自然科学研究教育センター講演会 第54回 2025年7月10日 招待有り
  5. 5. 適切な細胞集団構造の形成を通じて放線菌の形態分化を促進するウイルス様粒子の発見 永久保 利紀; 西山 辰也; 山本 達也; 野村 暢彦; 豊福 雅典
    第38回日本放線菌学会 2024年9月10日
  6. 6. 宿主細胞のストレス応答に関連づけられたファージ尾部様粒子の発見とその生態学的意義の示唆 永久保利紀; 西山辰也; 浅水俊平; 山本達也; 加藤愛美; 野村暢彦; 豊福雅典; 尾仲宏康
    第36回日本微生物生態学会 2023年11月28日
  7. 7. 放線菌に保存されたファージ尾部様粒子の機能および局在解析 永久保 利紀; 浅水 俊平; 山本 達也; 加藤 愛美; 豊福 雅典; 野村 暢彦; 尾仲 宏康
    日本農芸化学会2023年度大会 2023年3月15日
  8. 8. 土壌微生物と共存する新規ウイルス様粒子の生物学的意義 永久保 利紀
    日本農芸化学会関東支部2022年度例会 2022年11月 招待有り
  9. 9. 高度に保存されたウイルス関連遺伝子群に着目した放線菌-異種微生物間相互作用の解析 永久保利紀
    第36回 日本放線菌学会大会 2022年9月16日
  10. 10. ウイルス様ナノマシンが介する細菌-異種生物間の相互作用 〜排除する？それとも共存する？〜 永久保 利紀
    第41回 原生生物・寄生虫・進化セミナー 2022年9月9日 招待有り
  11. 11. 土壌微生物と共存する新規ウイルス様粒子の生物学的意義 永久保 利紀
    2022年度日本農芸化学会大会 2022年3月
  12. 12. 土壌放線菌が生産するファージ尾部様粒子の局在解析 永久保利紀
    日本微生物生態学会 第34回大会 2021年11月1日
  13. 13. 環状イミン構造を有するβ-カルボリンアルカロイド分解酵素の発見 永久保 利紀
    日本農芸化学会関東支部例会 2019年12月7日 招待有り
  14. 14. Corynebacterium glutamicumにおけるmembrane vesicles産生メカニズムの解析 永久保 利紀
    日本農芸化学会2019年度大会 2019年3月27日
  15. 15. 環状イミン構造を有するβ-カルボリンアルカロイド分解酵素の発見 永久保 利紀
    日本農芸化学会2019年度大会 2019年3月26日
  16. 16. 放線菌由来βカルボリンアルカロイド代謝酵素の発見と機能解析 永久保 利紀
    2018年度 日本放線菌学会大会 2018年9月11日
  17. 17. ヘモグロビンの新規フラボノイド変換活性の発見 永久保 利紀
    日本農芸化学会関東支部例会 2018年9月8日 招待有り
  18. 18. Corynebacterium glutamicumにおけるmembrane vesicles産生メカニズムの解析 永久保 利紀
    グラム陽性菌ゲノム機能会議 2018年8月31日
  19. 19. ヘモグロビンの新規フラボノイド触媒活性の発見 永久保 利紀
    日本農芸化学会2018年度大会 2018年3月
  20. 20. 微生物によるN-ヘテロ三環式化合物の代謝 永久保 利紀
    第32回日本放線菌学会 2017年9月
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