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庄司 光男

Shoji, Mitsuo

計算科学研究センター , 教授
Center for Computational Sciences , Professor

http://www2.ccs.tsukuba.ac.jp/people/mshoji/

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  1. 1. Neutron Crystallography of a Semiquinone Radical Intermediate of Copper Amine Oxidase Reveals a Substrate-Assisted Conformational Change of the Peptidyl Quinone Cofactor Takeshi Murakawa; Kazuo Kurihara; Mitsuo Shoji; Naomine Yano (+7 著者) Toshihide Okajima
      ACS Catalysis 12403 - 12413 (2023) Semantic Scholar
  2. 2. Enantioselective Amino Acid interactions in Solution Watanabe, Natsuki; Shoji, Mitsuo; Miyagawa, Koichi; Hori, Yuta (+2 著者) Shigeta, Yasuteru
      PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS 25: 15023 - 15029 (2023) Semantic Scholar
  3. 3. Enantiomeric Excesses of Aminonitrile Precursors Determine the Homochirality of Amino Acids Mitsuo Shoji; Yuya Kitazawa; Akimasa Sato; Natsuki Watanabe (+2 著者) Masayuki Umemura
      The Journal of Physical Chemistry Letters (2023) Semantic Scholar
  4. 4. Biological advantage of the arrangements of C-phycocyanin chromophores in phycobilisome from the electronic energy transfer viewpoint Mishima, Kenji; Shoji, Mitsuo; Umena, Yasufumi; Shigeta, Yasuteru
      BULLETIN OF THE CHEMICAL SOCIETY OF JAPAN 96: 381 - 393 (2023) Semantic Scholar
  5. 5. Organocatalytic-racemization reaction elucidation of aspartic acid by density functional theory Watanabe, Natsuki; Hori, Yuta; Shoji, Mitsuo; Boero, MauroShigeta, Yasuteru
      CHIRALITY 35: 645 - 651 (2023) Semantic Scholar
  6. 6. 有機分子触媒を用いたアミノ酸ラセミ化反応の理論的研究 渡辺, 七都稀; 堀, 優太; 庄司, 光男; 重田, 育照
      Journal of Computer Chemistry, Japan 21: 80 - 81 (2023) Semantic Scholar
  7. 7. Specific zinc binding to heliorhodopsin Masanori Hashimoto; Koichi Miyagawa; Manish Singh; Kota Katayama (+3 著者) Hideki Kandori
      Physical Chemistry Chemical Physics 25: (2023) Semantic Scholar
  8. 8. Elucidation of a multiple S3 intermediates model for water oxidation in the oxygen evolving complex of photosystem II. Calcium-assisted concerted O-O bond formation K. Yamaguchi; K. Miyagawa; M. Shoji; H. IsobeT. Kawakami
      Chem. Phys. Lett. 806: 140042-1 - 140042-12 (2022) Semantic Scholar
  9. 9. Theoretical Investigation into a Possibility of Formation of Propylene Oxide Homochirality in Space Hori, Yuta; Nakamura, Honami; Sakawa, Takahide; Natsuki, Watanabe (+3 著者) Yasuteru, Shigeta
      Astrobiology 22: 1330 - 1336 (2022) Semantic Scholar
  10. 10. Comprehensive Search of Stable Isomers of Alanine and Alanine Precursors in Prebiotic Syntheses Mitsuo, Shoji; Natsuki, Watanabe; Hori, Yuta; Kenji, Furuya (+2 著者) Yasuteru, Shigeta
      Astrobiology 22: 1129 - 1142 (2022) Semantic Scholar
  11. 11. Molecular mechanism of a large conformational change of the quinone cofactor in the semiquinone intermediate of bacterial copper amine oxidase Mitsuo Shoji; Takeshi Murakawa; Shota Nakanishi; Mauro Boero (+2 著者) Toshihide Okajima
      CHEMICAL SCIENCE 13: 10923 - 10938 (2022) Semantic Scholar
  12. 12. Roles of the Flexible Primary Coordination Sphere of the Mn4CaOx Cluster: What Are the Immediate Decay Products of the S-3 State? Isobe, Hiroshi; Shoji, Mitsuo; Suzuki, Takayoshi; Shen, Jian-RenYamaguchi, Kizashi
      JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B Epub: (2022) Semantic Scholar
  13. 13. Heme-bound tyrosine vibrations in hemoglobin M: Resonance Raman, crystallography, and DFT calculation Nagatomo, Shigenori; Shoji, Mitsuo; Terada, Takuto; Nakatani, Kiyoharu (+8 著者) Shibayama, Naoya
      Biophysical Journal 121: 2767 - 2780 (2022) Semantic Scholar
  14. 14. Relative energies among S3 intermediates in the photosystem II revealed by DLPNO coupled cluster and hybrid DFT calculations. Possible pathways of water insertion in the S2 to S3 transition K. Miyagawa; M. Shoji; H. Isobe; T. Kawakami (+1 著者) K. Yamaguchi
      Chem. Phys. Lett. 793: 139439-1 - 139439-12 (2022) Semantic Scholar
  15. 15. Relative energies among proton-shifted S2 isomers in the photosystem II revealed by DLPNO coupled cluster and hybrid DFT calculations. Proton transfer coupled spin transitions of the CaMn4Ox cluster in OEC of PSII Miyagawa, Koichi; Shoji, Mitsuo; Isobe, Hiroshi; Kawakami, Takashi (+1 著者) Yamaguchi, Kizashi
      Chemical Physics Letters 790: 139357 (2022) Semantic Scholar
  16. 16. Mechanism of Water Oxidation in Photosynthesis Elucidated by Interplay Between Experiment and Theory K. Yamaguchi; S. Yamanaka; H. Isobe; M. Shoji (+1 著者) K. Miyagawa
      Advances in Photosynthesis and Respiration 47: 39 - 80 (2021) Semantic Scholar
  17. 17. pyProGA-A PyMOL plugin for protein residue network analysis Sladek, Vladimir; Yamamoto, Yuta; Harada, Ryuhei; Shoji, Mitsuo (+1 著者) Sladek, Vladimir
      PLOS ONE 16: (2021) Semantic Scholar
  18. 18. Isolobal and isospin analogy between organic and inorganic open-shell molecules Application to oxygenation reactions by active oxygen and oxy-radicals and water oxidation in the native and artificial photosynthesis K. Yamaguchi; K. Miyagawa; H. Isobe; M. Shoji (+1 著者) S. Yamanaka
      Advances in Quantum Chemistry 84: 425 - 564 (2021) Semantic Scholar
  19. 19. A three states model for hydrogen abstraction reactions with the cytochrome P450 compound I is revisited. Isolobal and isospin analogy among Fe(IV)=O, O = O and O Miyagawa, Koichi; Isobe, Hiroshi; Shoji, Mitsuo; Kawakami, Takashi (+1 著者) Yamaguchi, Kizashi
      JOURNAL OF PHOTOCHEMISTRY AND PHOTOBIOLOGY A-CHEMISTRY 405: (2021) Semantic Scholar
  20. 20. Exploring reaction pathways for the structural rearrangements of the Mn cluster induced by water binding in the S-3 state of the oxygen evolving complex of photosystem II Isobe, Hiroshi; Shoji, Mitsuo; Suzuki, Takayoshi; Shen, Jian-RenYamaguchi, Kizashi
      JOURNAL OF PHOTOCHEMISTRY AND PHOTOBIOLOGY A-CHEMISTRY 405: (2021) Semantic Scholar
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  1. 1. ADVANCES IN QUANTUM CHEMISTRY, VOL 84 Yamaguchi, Kizashi; Miyagawa, Koichi; Isobe, Hiroshi; Shoji, Mitsuo; Kawakami, Takashi; Yamanaka, Shusuke
    ELSEVIER ACADEMIC PRESS INC 2021年 (ISBN: 9780128238776)
  2. 2. 環境技術 庄司,光男 (担当:分担執筆, 範囲:量子化学計算ビギナーズガイド)
    2020年10月
  3. 3. 量子化学計算ビギナーズガイド 庄司光男
    環境技術, 環境技術学会 2020年10月
  4. 4. Gaussian16で始める量子化学超入門 庄司, 光男
    Amazon Kindle direct publishing 2020年4月
  5. 5. フリーソフトで始める分子モデリング 庄司, 光男
    Amazon Kindle direct publishing 2020年4月
  1. 1. Chiral symmetry breaking for amino acid homochirality by dimerization 渡辺, 七都稀; 庄司光男; 堀, 優太; 重田, 育照
    Symposium on Next Generation Astrochemistry 2022 2022年11月29日
  2. 2. heoretical prediction into a possibility of the formation of propylene oxide homochirality 堀, 優太; 渡辺, 七都稀; 庄司光男; 重田, 育照
    Symposium on Next Generation Astrochemistry 2022 2022年11月29日
  3. 3. 有機分子触媒を用いたアミノ酸ラセミ化反応の理論的研究 渡辺, 七都稀; 庄司, 光男; 堀, 優太; 重田, 育照
    日本コンピュータ化学会2022年秋季年会 2022年11月25日
  4. 4. 分子動力学計算に基づくシロイヌナズナおよびエンバクHPPD-メソトリオン複合体の結合挙動解析 渡辺, 七都稀; 庄司, 光男; 堀, 優太; 重田, 育照
    日本コンピュータ化学会2022年秋季年会 2022年11月25日
  5. 5. Natural selection of the Mn cluster in the photosynthetic water oxidation Mitsuo Shoji
    Satellite Meeting to 18th International Congress on Photosynthesis Research (WOX-ICPR2022) 2022年8月7日 招待有り
  6. 6. QM/MM study of the role of valine 185 in the oxygen-evolving center of photosystem II M.Shoji; K.Miyagawa; H.Isobe; Y.Shigeta; K.Yamaguchi
    18th International Congress on Photosynthesis Research (ICPR2022) 2022年8月4日
  7. 7. GLASアルゴリズムによる酵素反応機構の理論解明：新規反応経路探索手法の開発と適用 庄司光男
    物性研短期研究会「理論タンパク質物性科学の最前線：理論と実験との密な協働」 2022年7月27日 招待有り
  8. 8. 銅含有アミン酸化酵素におけるトパキノン補酵素の構造変化機構 庄司光男
    第22回日本蛋白質科学会年会 2022年6月8日
  9. 9. 光合成水分解酸素発生におけるMnの自然選択の理由 庄司光男; 宮川晃一; 三嶋謙二; 堀優太; 重田育照
    量子生命科学会第４回大会 2022年5月26日
  10. 10. アミノ酸ホモキラリティ起源を紐解く結晶形成過程についての量子化学研究 渡辺, 七都稀; 庄司, 光男; 堀, 優太; 重田, 育照
    量子生命科学会第4回大会 2022年5月26日
  11. 11. Theoretical insights into the molecular mechanisms of dynamical biochemical reactions Mitsuo Shoji
    Molecular Movies International Symposium 2022 2022年5月13日
  12. 12. QM/MM study of the large conformational change of quinone cofactor during the catalytic cycle of bacterial copper amine oxidases Shoji, Mitsuo
    2022 LBNL/CSA - Tsukuba/CCS Collaboration Meeting 2022年3月 LBNL/CSA 招待有り
  13. 13. 自然・半導体・分子触媒で利用可能な多様な水分解反応機構の解明 Shoji, Mitsuo
    I4LEC 第4回公開シンポジウム 2022年3月 新学術領域I4LEC
  14. 14. 銅アミン酸化酵素におけるドパキノン補酵素のコンフォメーション制御機構 Shoji, Mitsuo
    量子生命科学先端フォーラム２０２１冬の研究会 2021年12月 量子生命科学会
  15. 15. 結晶成長によるアミノ酸キラル増幅に関する理論的研究 渡辺, 七都稀; 庄司, 光男; 堀, 優太; 重田, 育照
    日本コンピュータ化学会2021年秋季年会 2021年11月2日
  16. 16. GLAS 法による分子構造及び化学反応経路の探索 庄司, 光男
    日本コンピュータ化学会2021年秋季年会 2021年11月2日
  17. 17. 隕石中でのアミノ酸キラル増幅機構についての理論的研究 渡辺, 七都稀; 庄司, 光男; 堀, 優太; 重田, 育照
    第15回分子科学討論会 2021年9月18日
  18. 18. 銅含有アミン酸化酵素におけるセミキノンラジカル生成機構の理論解明 Shoji, Mitsuo
    I4LEC 第4回公開シンポジウム 2021年9月16日 量子生命科学会
  19. 19. 酸化型[NiFe]ヒドロゲナーゼ活性中心の電子状態計算 堀, 優太; 石川, 航平; 庄司, 光男; 重田, 育照
    量子生命科学会第3回大会 2021年9月16日
  20. 20. 銅含有アミン酸化酵素のプロトン化状態についてのQM/MM解析 庄司, 光男
    第47回生体分子科学討論会 2021年6月4日
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