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原田 隆平

Harada, Ryuhei

計算科学研究センター , 准教授
Center for Computational Sciences

オープンアクセス版の論文は「つくばリポジトリ」で読むことができます。
  1. 1. Molecular Mechanism of Amino Acids for Stabilizing Protein Dispersions Takahiro Fujii; Ryuhei Harada
      Langmuir, to be submitted (2026)
  2. 2. Aromatic Fluorination Enhances Hydrophobicity and Antimicrobial Activity of Magainin 2 Suzuri Miyoshi; Koryo Obata; Hiroto Murata; Shinsuke Shigeto (+1 著者) Kohei Sato
      ACS Applied Materials & Interfaces, under revision (2026)
  3. 3. LB-PaCS-MD Guided Simulations Reveal Catch Bond Mechanism in TCR–pMHC Dissociation Kun Karnchanapandh; Phichayut Songpipa; Chonnikan Hanpaibool; Ryuhei Harada (+2 著者) Thanyada Rungrotmongkol
      Journal of Chemical Information Modeling, in press (2026)
  4. 4. Diffusion Mechanism of Human Perforin-1 on Lipid Membrane Surfaces Yuri Kasubuchi; Ryuhei Harada
      The Journal of Physical Chemistry B, under review (2026)
  5. 5. Precursor Dimer of 3D Domain Swapping During the Folding Process of Cytochrome c Cheng Xie; Takahiro Sakai; Hongxu Yang; Ryuhei Harada (+6 著者) Shun Hirota
      Journal of the American Chemical Society, under review (2026)
  6. 6. Striatal Type I Interferon Responses Drive Disease Progression in the Amyotrophic Lateral Sclerosis Shogo Tanabe; Akiko Uyeda; Keisuke Sekine; Koryo Obata (+12 著者) Rieko Muramatsu
      Nature Neuroscience, under review (2026)
  7. 7. Computational Insights into the pH-Dependent Behavior of Ipilimumab-CTLA-4: A Switchable Antibody Wanda Destiarani; Kowit Hengphasatporn; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
      Physical Chemistry Chemical Physics 28: 12828 (2026)
  8. 8. Desorption Dynamics of Interstellar Molecule on Amorphous Solid Water Investigated by Machine Learning Potential-based PaCS-MD Simulation Natsuki Watanabe; Johannes Kӓstner; Yuta Hori; Yasuteru Shigeta (+1 著者) Ryuhei Harada
      The Journal of Chemical Physics 164: 144310 (2026) Semantic Scholar
  9. 9. Free Energy Calculation Method Based on Enhanced Sampling of Diverse Protein Conformations Predicted by Artificial Intelligence Toma Aoki; Ryuhei Harada
      The Journal of Physical Chemistry Letters 17: 3706 (2026) Semantic Scholar
  10. 10. Amide-to-Chloroalkene Substitution for Peptide Backbone Modification to Enhance Membrane Permeability Sayuri Takeo; Mio Takeda; Chihiro Iio; Ai Sakakibara (+9 著者) Tetsuo Narumi
      Journal of Medicinal Chemistry 69: 6440 (2026) Semantic Scholar
  11. 11. DFDD: A Cloud-Ready Tool for Distance-Guided Fully Dynamic Host–Guest Complexation Kowit Hengphasatporn; Lian Duan; Ryuhei Harada; Yasuteru Shigeta
      Journal of Chemical Information and Modeling 66: 1955 (2026) Semantic Scholar
  12. 12. Phosphorylation on the N-terminal in Hmt1 Enhances Dimerization by Exposing the Binding Surface Miyabi Endo; Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Tomoaki Mizuno (+1 著者) Ryuhei Harada
      The Journal of Physical Chemistry B 130: 723 (2026)
  13. 13. Construction of PROTAC-Mediated Ternary Complex Structure Distribution Profiles Using Extensive Conformational Search Genki Kudo; Takumi Hirao; Ryuhei Harada; Yasuteru Shigeta (+1 著者) Ryunosuke Yoshino
      Journal of Chemical Information and Modeling 65: 6939 (2025)
  14. 14. Chemical Diversity within Chaperonins Contributes to Stabilizing Substrate Protein Configurations Takunori Yasuda; Yoshino Okamoto; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
      The Journal of Physical Chemistry Letter, 16: 6321 (2025)
  15. 15. Rational Designed and Engineered Antimicrobial Peptides with High Selectivity and Efficiency Against Phytopathogenic Ralstonia Solanecearum Melvalia Cristin Manik; Kikrusenuo Kiewhuo; Thanyada Rungrotmongkol; Lian Duan (+4 著者) Alisa Vangnai
      Science of the Total Environment 976: 179354 (2025)
  16. 16. In Silico Study on the Intrusion Process of an Inhibitor into AQP7 Channel Toward Efficient Drug Design Koryo Obata; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
      Chemistry Letters 54: upaf063 (2025)
  17. 17. PaCS-Q: Enhanced Sampling Techniques in QM/MM Molecular Dynamics Simulations Lian Duan; Kowit Hengphasatporn; Ryuhei Harada; Yasuteru Shigeta
      Journal of Chemical Theory and Computation, 21: 4309 (2025)
  18. 18. Plug-and-Play Toolkit for Ligand-Binding Path Sampling Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Simulation for AMBER and GROMACS Ryuhei Harada; Kowit Hengphasatporn; Yasuteru Shigeta
      (2025)
  19. 19. Characterization of Delta-7 Alkenone Desaturase in Haptophytes Emiliania Huxleyi Through the Heterologous Expression in Tisochrysis Lutea Kohei Yoneda; Chinatsu Kobayashi; Hiroya Araie; Rikuri Morita (+4 著者) Iwane Suzuki
      Marine Biotechnology 27: 1 (2025)
  20. 20. Unveiling the Antiviral Inhibitory Activity of Ebselen and Ebsulfur Derivatives on SARS-CoV-2 Using Machine Learning-based QSAR, LB-PaCS-MD, and Experimental Assay Silpsiri Sinsulpsiri; Yuji Nishii; Qing-Feng Xu-Xu; Masahiro Miura (+12 著者) Thanyada Rungrotmongkol
      Scientific Report 15: 6956 (2025)
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  1. 1. 生体分子の機能発現をひもとく分子シミュレーション手法の開発 原田 隆平
    東北大学 多元物質科学研究所（ナノ・マイクロ計測化学セミナー） 2026年7月7日 招待有り
  2. 2. 次世代インシリコ創薬を開拓する分子シミュレーション手法の開拓 原田 隆平
    静岡大学大学院総合科学技術研究科 グリーン科学技術研究所・分子化学コア特別セミナー 2026年3月3日 招待有り
  3. 3. Simple yet Powerful Rare-Event Sampling Methods (PaCS-MD/OFLOOD) for Elucidating Membrane Permeation Processes of Drugs Ryuhei Harada
    CCS-D³ Bridge 2026: Connecting 「JP・UK」+ JP-UK Symposium on Computational Drug Discovery and Design 2026年1月21日 招待有り
  4. 4. Simple yet Powerful Rare-Event Sampling Methods (PaCS-MD/OFLOOD) for Elucidating Membrane Permeation Processes of Drugs Ryuhei Harada
    Pacifichem 2025 (Assigned Session: Crossing the Biological Membrane: Frontiers in the Study of Membrane Transport) 2025年12月18日 招待有り
  5. 5. 生体機能を紐解く新しい分子シミュレーション手法の開発 原田 隆平
    筑波ミニワークショップ 「計算・分光・情報・合成が拓く分子設計の最前線」 2024年11月14日 招待有り
  6. 6. 中分子創薬を革新する分子シミュレーション手法の開発 原田 隆平
    第453回 CBI学会講演会 2024年2月26日 招待有り
  7. 7. 生体機能を紐解く分子シミュレーション手法の開発と応用 原田 隆平
    自然科学研究機構 計算科学研究センター スーパーコンピュータワークショップ 2023 2024年1月15日 招待有り
  8. 8. 生体分子の機能解析を実現する分子シミュレーション手法の開発 原田 隆平
    2023年度 理論化学研究会 2023年12月8日 招待有り
  9. 9. 高精度な結合エネルギー計算を活用して解明する非従来型アクチンNAP1の薬剤耐性機構 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
    第46回 日本分子生物学会年会 2023年12月7日
  10. 10. 分子動力学計算に基づくホモ二量体酵素の対称/非対称構造が誘導されるメカニズムの解明 岡本 慶乃; 保田 拓範; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
    第46回 日本分子生物学会年会 2023年12月6日
  11. 11. 新生ペプチド鎖のリボソームトンネルにおける2次構造形成に関する計算科学的研究 保田 拓範; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
    第46回 日本分子生物学会年会 2023年12月6日
  12. 12. 分子動力学計算で解明するTGF-β受容体の多量体形成機序 佐藤 紘歌; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
    第46回 日本分子生物学会年会 2023年12月6日
  13. 13. 化合物の結合と膜透過プロセスを紐解くレアイベントサンプリング法の開発 原田 隆平; 森田 陸離; Kowit Hengphasatporn; 重田 育照
    日本コンピューター化学会秋季年会 2023年11月25日
  14. 14. The Computational Study on the Secondary Structure Formation of Nascent Peptides Inside the Ribosome Tunnel Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
    The 61st Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2023年11月16日
  15. 15. Enhanced Conformational Sampling Based on Structural Generation by the Inverse Transformation Using Principal Component Analysis Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
    The 61st Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2023年11月16日
  16. 16. Integrated AI-based Modeling and Flexible Docking for Protein-RNA Complexes Refinement Kowit Hengphasatporn; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
    The 61st Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2023年11月14日
  17. 17. Investigating the Binding Pathway of 2-Pralidoxime for Reactivating Organophosphate-Inhibited Human Acetylcholinesterase Nalinee Kongkaew; Kowit Hengphasatporn; Yasuteru Shigeta; Thanyada Rungrotmongkol; Ryuhei Harada
    The 6th International Conference on Molecular Simulation 2023年10月
  18. 18. 次世代インシリコ創薬を開拓する新しい分子シミュレーション手法の開発 原田 隆平
    CBI研究機構量子構造生命科学研究所シンポジウム 2023年9月11日 招待有り
  19. 19. 生体分子の長時間ダイナミクスを抽出する計算手法の開発と適用 原田 隆平
    日本曹達 講演会 2023年8月31日 招待有り
  20. 20. 計算科学で紐解く相分離生物学 原田 隆平
    学術変革B 「動的溶液環境が制御する生体内自己凝縮過程の統合的理解」 研究会 2023年8月10日 招待有り
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