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原田 隆平

Harada, Ryuhei

計算科学研究センター , 准教授

オープンアクセス版の論文は「つくばリポジトリ」で読むことができます。
  1. 1. Prediction of the Binding Mechanism of a Selective DNA Methyltransferase 3A Inhibitor by Molecular Simulation Genki Kudo; Takumi Hirao; Ryuhei Harada; Takatsugu Hirokawa (+1 著者) Ryunosuke Yoshino
      Scientific Report, Submission ID d3d50010-c2c6-42bb-9df6-9751725c931c: (2024)
  2. 2. Evaluating Solubility, Stability, and Inclusion Complexation of Oxyresveratrol with Various β-cyclodextrin Derivatives Using Advanced Computational Techniques and Experimental Validation Saba Ali; Aamir Aman; Kowit Hengphasatporn; Ryo Fujiki (+7 著者) Thanyada Rungrotmongkol
      Journal of Computational Biology and Chemistry, Manuscript Number: CBAC-D-24-00121, under review: (2024)
  3. 3. Preferential Door for Ligand Binding and Unbinding Pathways in Inhibited Human Acetylcholinesterase Nalinee Kongkaew; Kowit Hengphasatporn; Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta (+1 著者) Ryuhei Harada
      The Journal of Physical Chemistry Letters, Manuscript ID: jz-2024-00514funder revision: (2024)
  4. 4. Ribosome Tunnel Environment Drives the Formation of α-helix During Co-Translational Folding Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
      JACS Au, Manuscript ID: au-2024-00327b, under review: (2024)
  5. 5. Construction of PROTAC-Mediated Ternary Complex Structure Distribution Profiles Using Extensive Conformational Search Genki Kudo; Takumi Hirao; Ryuhei Harada; Yasuteru Shigeta (+1 著者) Ryunosuke Yoshino
      Journal of Chemical Information and Modeling, Manuscript ID: ci-2024-00646j, under review: (2024)
  6. 6. CommunicationMachine Learning-Based QSAR and LB-PaCS-MD Guided Design of SARS-CoV-2 Main Protease Inhibitors Borwornlak Toopradab; Wanting Xie; Lian Duan; Kowit Hengphasatporn (+5 著者) Thanyada Rungrotmongkol
      Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, Manuscript Number: BMCL-D-24-00140, under review: (2024)
  7. 7. Alpha and Gamma Mangostins Effectively Inhibited Wild-Type B SARS-CoV-2 and Should Integratively Target Multiple Viral and Host Proteins Siwaporn Boonyasuppayakorn; Aphinya Suroengri; Van Cao; Patcharin Wilasluck (+11 著者) Eakachai Prompetchara
      Heliyon, Manuscript Number: HELIYON-D-24-12502, under revie: (2024)
  8. 8. 脂質膜をあらわに考慮した膜タンパク質と化合物の複合体予測シミュレーション 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
      (2024)
  9. 9. Pathological mutations promote proteolysis of mitochondrial tRNA-specific 2-thiouridylase 1 (MTU1) via mitochondrial caseinolytic peptidase (CLPP) Raja Norazireen; Raja Ahmad; Long-teng Zhang; Rikuri Morita (+7 著者) Fan-Yan Wei
      52: 1341 - 1358 (2023)
  10. 10. Design of Electron-Donating Group Substituted 2-PAM Analogs as Antidotes for Organophosphate Insecticide Poisoning Nalinee Kongkaew; Kowit Hengphasatporn; Yuwanda Injongkol; Pitchayathida Mee-udorn (+6 著者) Alisa S. Vangnai
      RSC Advances 13: 32266 - 32275 (2023) Semantic Scholar
  11. 11. Structural Generation by Inverse Transformation Based on Principal Component Analysis Enhances the Conformational Sampling of Protein Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
      (2023)
  12. 12. Alpha and Gamma Mangostins Inhibited Three SARS-CoV-2 Strains with a Confirmed Target at 3-Chymotrypsin-like Protease
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      (2023)
  13. 13. Latrunculin Resistance Mechanism of Non-Conventional Actin NAP1 Uncovered by Molecular Dynamics Simulations Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
      Cytoskeleton 81: 143 - 150 (2023)
  14. 14. Designing SARS-CoV-2 Main Protease Inhibitors Using Machine Learning-based QSAR and LB-PaCS-MD Methods Borwornlak Toopradab; Wanting Xie; Lian Duan; Kowit Hengphasatporn (+4 著者) Thanyada Rungrotmongkol
      Chinese Chemical Society, Manuscript ID CCSC-2023-03535, under review: (2023)
  15. 15. レアイベントサンプリング法の開発とタンパク質機能解析への適用 原田 隆平
      45: 19 - 29 (2023)
  16. 16. Comparative Molecular Property Analysis on Ebsulfur and Ebselen analogues as SARS-CoV-2 Antivirals using Linear Regression and Artificial Neutral Network QSAR
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      (2023)
  17. 17. Dysregulation of MTU1 Proteostasis Causes the 2 Defective 2-Thiolation of Mitochondrial tRNAs in 3 Mitochondrial Disease Cell Models
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      (2023)
  18. 18. 新規分子シミュレーションに基づく膜透過性評価法の開発 原田 隆平; 満田 祐樹; 重田 育照
      (2023)
  19. 19. A Structural Refinement Technique for Protein-RNA Complexes Using Combination of AI-based Modeling and Flexible Docking: A Study of Musashi-1 Protein Nitchakan Darai; Kowit Hengphasatporn; Peter Wolschann; Michael T. Wolfinger (+2 著者) Ryuhei Harada
      Bulletin of the Chemical Society of Japan 96: 677 - 685 (2023) Semantic Scholar
  20. 20. Determination of the Association between Mesotrione Sensitivity and Conformational Change of 4-Hydroxyphenylpyruvate Dioxygenase via Free-Energy Analyses Yohei Munei; Kowit Hengphasatporn; Yuta Hori; Ryuhei HaradaYasuteru Shigeta
      71: 9528 - 9537 (2023)
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書籍等出版物情報はまだありません。

  1. 1. 中分子創薬を革新する分子シミュレーション手法の開発 原田 隆平
    第453回 CBI学会講演会 2024年2月26日 招待有り
  2. 2. 生体機能を紐解く分子シミュレーション手法の開発と応用 原田 隆平
    自然科学研究機構 計算科学研究センター スーパーコンピュータワークショップ 2023 2024年1月15日 招待有り
  3. 3. 生体分子の機能解析を実現する分子シミュレーション手法の開発 原田 隆平
    2023年度 理論化学研究会 2023年12月8日 招待有り
  4. 4. 高精度な結合エネルギー計算を活用して解明する非従来型アクチンNAP1の薬剤耐性機構 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
    第46回 日本分子生物学会年会 2023年12月7日
  5. 5. 分子動力学計算に基づくホモ二量体酵素の対称/非対称構造が誘導されるメカニズムの解明 岡本 慶乃; 保田 拓範; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
    第46回 日本分子生物学会年会 2023年12月6日
  6. 6. 新生ペプチド鎖のリボソームトンネルにおける2次構造形成に関する計算科学的研究 保田 拓範; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
    第46回 日本分子生物学会年会 2023年12月6日
  7. 7. 分子動力学計算で解明するTGF-β受容体の多量体形成機序 佐藤 紘歌; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
    第46回 日本分子生物学会年会 2023年12月6日
  8. 8. 化合物の結合と膜透過プロセスを紐解くレアイベントサンプリング法の開発 原田 隆平; 森田 陸離; Kowit Hengphasatporn; 重田 育照
    日本コンピューター化学会秋季年会 2023年11月25日
  9. 9. The Computational Study on the Secondary Structure Formation of Nascent Peptides Inside the Ribosome Tunnel Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
    The 61st Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2023年11月16日
  10. 10. Enhanced Conformational Sampling Based on Structural Generation by the Inverse Transformation Using Principal Component Analysis Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
    The 61st Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2023年11月16日
  11. 11. Integrated AI-based Modeling and Flexible Docking for Protein-RNA Complexes Refinement Kowit Hengphasatporn; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
    The 61st Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2023年11月14日
  12. 12. Investigating the Binding Pathway of 2-Pralidoxime for Reactivating Organophosphate-Inhibited Human Acetylcholinesterase Nalinee Kongkaew; Kowit Hengphasatporn; Yasuteru Shigeta; Thanyada Rungrotmongkol; Ryuhei Harada
    The 6th International Conference on Molecular Simulation 2023年10月
  13. 13. 次世代インシリコ創薬を開拓する新しい分子シミュレーション手法の開発 原田 隆平
    CBI研究機構量子構造生命科学研究所シンポジウム 2023年9月11日 招待有り
  14. 14. 生体分子の長時間ダイナミクスを抽出する計算手法の開発と適用 原田 隆平
    日本曹達 講演会 2023年8月31日 招待有り
  15. 15. 計算科学で紐解く相分離生物学 原田 隆平
    学術変革B 「動的溶液環境が制御する生体内自己凝縮過程の統合的理解」 研究会 2023年8月10日 招待有り
  16. 16. Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics for Sampling Rare Events of Proteins Ryuhei Harada
    The 26th International Annual Symposium on Computational Science and Engineering (ANSCSE 26) 2023年7月20日 招待有り
  17. 17. 計算科学で紐解く相分離生物学 原田 隆平
    公益社団法人高分子学会関東支部 主催 「相分離生物学と高分子科学の接点」 2023年2月21日 招待有り
  18. 18. 生体機能を紐解く分子シミュレーション手法開発と応用 原田 隆平
    第27回 新学術「高速分子動画」オンラインセミナー 2023年1月31日 招待有り
  19. 19. Developements of Efficient Molecular Simulation Methods for Elucidating Biological Function of Protein Ryuhei Harada
    2022 EPCC-CCS Workshop 2022年12月14日 招待有り
  20. 20. Enhanced Samplingにおける構造妥当性の評価は外部バイアスを適切に制御する 保田 拓範; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
    第36回 分子シミュレーション討論会 2022年12月5日
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