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原田 隆平

Harada, Ryuhei

計算科学研究センター , 准教授

オープンアクセス版の論文は「つくばリポジトリ」で読むことができます。
  1. 1. PaCS-Q: Enhanced Sampling Techniques in QM/MM Molecular Dynamics Simulations Lian Duan; Kowit Hengphasatporn; Ryuhei Harada; Yasuteru Shigeta
      Journal of Chemical Theory and Computation, DOI: 10.1021/acs.jctc.5c00169, in press: (2025)
  2. 2. Chemical Diversity within Chaperonins Contributes to Stabilizing Substrate Protein Configurations Takunori Yasuda; Yoshino Okamoto; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
      The Journal of Physical Chemistry Letter, Manuscript ID: jz-2025-00092c, under revison: (2025)
  3. 3. Rational Designed and Engineered Antimicrobial Peptides with High Selectivity and Efficiency Against Phytopathogenic Ralstonia Solanecearum Melvalia Cristin Manik; Kikrusenuo Kiewhuo; Thanyada Rungrotmongkol; Lian Duan (+4 著者) Alisa Vangnai
      Communications Biology, Reference Number: COMMSBIO-24-8187-T, under review: (2025)
  4. 4. Construction of PROTAC-Mediated Ternary Complex Structure Distribution Profiles Using Extensive Conformational Search Genki Kudo; Takumi Hirao; Ryuhei Harada; Yasuteru Shigeta (+1 著者) Ryunosuke Yoshino
      Journal of Chemical Information and Modeling, Manuscript ID: ci-2025-00102n, under revision: (2025)
  5. 5. In Silico Study on the Intrusion Process of an Inhibitor into AQP7 Channel Toward Efficient Drug Design Koryo Obata; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
      Chemistry Letters, DOI: 10.1093/chemle/upaf063, in press: (2025)
  6. 6. Plug-and-Play Toolkit for Ligand-Binding Path Sampling Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Simulation for AMBER and GROMACS Ryuhei Harada; Kowit Hengphasatporn; Yasuteru Shigeta
      (2025)
  7. 7. Characterization of Delta-7 Alkenone Desaturase in Haptophytes Emiliania Huxleyi Through the Heterologous Expression in Tisochrysis Lutea Kohei Yoneda; Chinatsu Kobayashi; Hiroya Araie; Rikuri Morita (+4 著者) Iwane Suzuki
      Marine Biotechnology 27: (2025)
  8. 8. Unveiling the Antiviral Inhibitory Activity of Ebselen and Ebsulfur Derivatives on SARS-CoV-2 Using Machine Learning-based QSAR, LB-PaCS-MD, and Experimental Assay Silpsiri Sinsulpsiri; Yuji Nishii; Qing-Feng Xu-Xu; Masahiro Miura (+12 著者) Thanyada Rungrotmongkol
      Scientific Report 15: 6956 (2025)
  9. 9. Phosphorylation on the N-terminal in Hmt1 Enhances Dimerization by Exposing the Binding Surface Miyabi Endo; Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Tomoaki Mizuno (+1 著者) Ryuhei Harada
      Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, Manuscript Prot-00427-2024, under review: (2025)
  10. 10. The Behavior of Water in Superheated Liquid Phase Observed in Molecular Dynamics Simulation Morita Rikuri; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
      Chemistry Letters, Manuscript ID CL-240416, under review: (2024)
  11. 11. BEMM-GEN: A Tool for Generating a Biomolecular Environment Mimicking Model for Molecular Dynamics Simulation Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
      Journal of Chemical Information and Modeling 64: 7184 (2024)
  12. 12. Structural Fluctuation in Homodimeric Aminoacyl-tRNA Synthetases Induces Half-of-the-sites Activity Yoshino Okamoto; Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Yasuteru ShigetaRyuhei Harada
      The Journal of Physical Chemistry B 128: 10823 (2024)
  13. 13. Evaluating Solubility, Stability, and Inclusion Complexation of Oxyresveratrol with Various β-cyclodextrin Derivatives Using Advanced Computational Techniques and Experimental Validation Saba Ali; Aamir Aman; Kowit Hengphasatporn; Ryo Fujiki (+7 著者) Thanyada Rungrotmongkol
      Computational Biology and Chemistry, 112: 108111 (2024)
  14. 14. CommunicationMachine Learning-Based QSAR and LB-PaCS-MD Guided Design of SARS-CoV-2 Main Protease Inhibitors Borwornlak Toopradab; Wanting Xie; Lian Duan; Kowit Hengphasatporn (+5 著者) Thanyada Rungrotmongkol
      Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters 110: 129852 (2024)
  15. 15. Ribosome Tunnel Environment Drives the Formation of α-Helix During Co-Translational Folding Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
      Journal of Chemical Information and Modeling 64: 6610 (2024) Semantic Scholar
  16. 16. Structural Generation by Inverse Transformation Using Principal Component Analysis Enhances Conformational Sampling of Protein Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
      Bulletin of the Chemical Society of Japan 97: uoae087 (2024)
  17. 17. Prediction of the Binding Mechanism of a Selective DNA Methyltransferase 3A Inhibitor by Molecular Simulation Genki Kudo; Takumi Hirao; Ryuhei Harada; Takatsugu Hirokawa (+1 著者) Ryunosuke Yoshino
      Scientific Report 14: 13508 (2024)
  18. 18. Alpha and Gamma Mangostins Inhibit Wild-type B SARS-CoV-2 More Effectively than the SARS-CoV-2 Variants and the Major Target is Unlikely a 3C-like Protease Aphinya Suroengri; Van Cao; Patcharin Wilasluck; Peerapon Deetanya (+11 著者) Siwaporn Boonyasuppayakorn
      Heliyon 10: e31987 (2024)
  19. 19. Preferential Door for Ligand Binding and Unbinding Pathways in Inhibited Human Acetylcholinesterase Nalinee Kongkaew; Kowit Hengphasatporn; Yasuteru Shigeta; Thanyada RungrotmongkolRyuhei Harada
      The Journal of Physical Chemistry Letters 15: 5696 (2024)
  20. 20. Development of Membrane Permeability Coefficient by Means of Novel Molecular Dynamics Methods Ryuhei Harada; Yuki Mitsuta; Yasuteru Shigeta
      YAKUGAKU ZASSHI 144: 545 (2024)
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  1. 1. 生体機能を紐解く新しい分子シミュレーション手法の開発 原田 隆平
    筑波ミニワークショップ 「計算・分光・情報・合成が拓く分子設計の最前線」 2024年11月14日 招待有り
  2. 2. 中分子創薬を革新する分子シミュレーション手法の開発 原田 隆平
    第453回 CBI学会講演会 2024年2月26日 招待有り
  3. 3. 生体機能を紐解く分子シミュレーション手法の開発と応用 原田 隆平
    自然科学研究機構 計算科学研究センター スーパーコンピュータワークショップ 2023 2024年1月15日 招待有り
  4. 4. 生体分子の機能解析を実現する分子シミュレーション手法の開発 原田 隆平
    2023年度 理論化学研究会 2023年12月8日 招待有り
  5. 5. 高精度な結合エネルギー計算を活用して解明する非従来型アクチンNAP1の薬剤耐性機構 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
    第46回 日本分子生物学会年会 2023年12月7日
  6. 6. 分子動力学計算に基づくホモ二量体酵素の対称/非対称構造が誘導されるメカニズムの解明 岡本 慶乃; 保田 拓範; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
    第46回 日本分子生物学会年会 2023年12月6日
  7. 7. 新生ペプチド鎖のリボソームトンネルにおける2次構造形成に関する計算科学的研究 保田 拓範; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
    第46回 日本分子生物学会年会 2023年12月6日
  8. 8. 分子動力学計算で解明するTGF-β受容体の多量体形成機序 佐藤 紘歌; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
    第46回 日本分子生物学会年会 2023年12月6日
  9. 9. 化合物の結合と膜透過プロセスを紐解くレアイベントサンプリング法の開発 原田 隆平; 森田 陸離; Kowit Hengphasatporn; 重田 育照
    日本コンピューター化学会秋季年会 2023年11月25日
  10. 10. The Computational Study on the Secondary Structure Formation of Nascent Peptides Inside the Ribosome Tunnel Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
    The 61st Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2023年11月16日
  11. 11. Enhanced Conformational Sampling Based on Structural Generation by the Inverse Transformation Using Principal Component Analysis Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
    The 61st Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2023年11月16日
  12. 12. Integrated AI-based Modeling and Flexible Docking for Protein-RNA Complexes Refinement Kowit Hengphasatporn; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
    The 61st Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2023年11月14日
  13. 13. Investigating the Binding Pathway of 2-Pralidoxime for Reactivating Organophosphate-Inhibited Human Acetylcholinesterase Nalinee Kongkaew; Kowit Hengphasatporn; Yasuteru Shigeta; Thanyada Rungrotmongkol; Ryuhei Harada
    The 6th International Conference on Molecular Simulation 2023年10月
  14. 14. 次世代インシリコ創薬を開拓する新しい分子シミュレーション手法の開発 原田 隆平
    CBI研究機構量子構造生命科学研究所シンポジウム 2023年9月11日 招待有り
  15. 15. 生体分子の長時間ダイナミクスを抽出する計算手法の開発と適用 原田 隆平
    日本曹達 講演会 2023年8月31日 招待有り
  16. 16. 計算科学で紐解く相分離生物学 原田 隆平
    学術変革B 「動的溶液環境が制御する生体内自己凝縮過程の統合的理解」 研究会 2023年8月10日 招待有り
  17. 17. Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics for Sampling Rare Events of Proteins Ryuhei Harada
    The 26th International Annual Symposium on Computational Science and Engineering (ANSCSE 26) 2023年7月20日 招待有り
  18. 18. 計算科学で紐解く相分離生物学 原田 隆平
    公益社団法人高分子学会関東支部 主催 「相分離生物学と高分子科学の接点」 2023年2月21日 招待有り
  19. 19. 生体機能を紐解く分子シミュレーション手法開発と応用 原田 隆平
    第27回 新学術「高速分子動画」オンラインセミナー 2023年1月31日 招待有り
  20. 20. Developements of Efficient Molecular Simulation Methods for Elucidating Biological Function of Protein Ryuhei Harada
    2022 EPCC-CCS Workshop 2022年12月14日 招待有り
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