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庄司 光男
Shoji, Mitsuo
計算科学研究センター , 教授 Center for Computational Sciences , Professor
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庄司光男助教が量子生命科学会令和5年度学会賞を受賞
2023-05-19
庄司 光男
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アミノ酸のホモキラリティ獲得の分子機構を解明〜量子化学計算で生命の起源を探る〜
2023-03-28
庄司 光男
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【受賞】庄司助教が量子生命科学会第4回大会で優秀講演賞を受賞
2022-05-27
庄司 光男
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量子生命科学会第4回大会 優秀ポスター賞
2022-05-27
庄司 光男 堀 優太 重田 育照
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宙に浮く水素イオン?!―大型タンパク質の中性子結晶構造解析で見えた特異な世界―
2020-07-28
庄司 光男
オープンアクセス版の論文は「つくばリポジトリ」で読むことができます。
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41.
Reaction Mechanism of Monomeric Sarcosine Oxidase with N-Cyclopropylglycine
Shoji, Mitsuo; Abe, Y; Boero, M; Shigeta, YY., Nishida
Physical Chemistry Chemical Physics 22: 16552 (2020) Semantic Scholar
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42.
Reaction of threonine synthase with the substrate analogue 2-amino-5-phosphonopentanoate: implications into the proton transfer at the active site.
Yasuhiro Machida; Takeshi Murakawa; Akiko Sakai; Mitsuo Shoji (+1 著者) Hideyuki Hayashi
Journal of biochemistry 167: 357 (2020) Semantic Scholar
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43.
Theory of chemical bonds in metalloenzymes XXIII Fundamental principles for the photo-induced water oxidation in oxygen evolving complex of photosystem II
K. Yamaguchi; S. Yamanaka; H. Isobe; M. Shoji (+1 著者) T. Kawakami
Mol. Phys. -: e1725168-1 (2020) Semantic Scholar
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44.
Reaction of threonine synthase with the substrate analogue 2-amino-5-phosphonopentanoate: Implications into the proton transfer at the active site
Machida, Yasuhiro; Murakawa, Takeshi; Sakai, Akiko; Shoji, Mitsuo (+1 著者) Hayashi, Hideyuki
Journal of biochemistry 167: 357 (2019) Semantic Scholar
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45.
Domain-based local pair natural orbital CCSD(T) calculations of fourteen different S
2 intermediates for water oxidation in the Kok cycle of OEC of PSII. Re-visit to one LS-two HS model for the S2 state K. Miyagawa; H. Isobe; T. Kawakami; M. Shoji (+3 著者) K. YamaguchiChemical Physics Letters 734: 136731 (2019) Semantic Scholar -
46.
Domain-based local pair natural orbital CCSD (T) calculations of six different S1 structures of oxygen evolving complex of photosystem II. Proposal of multi-intermediate models for the S1 state
Shoji, Mitsuo
Chemical Physics Letters 732: 136660 (2019) Semantic Scholar
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47.
Elucidation of the entire Kok cycle for photosynthetic water oxidation by the large-scale quantum mechanics/molecular mechanics calculations: Comparison with the experimental results by the recent serial femtosecond crystallography
Shoji, Mitsuo; Isobe, Hiroshi; Shen, Jian-Ren; Suga, Michihiro (+3 著者) Yamaguchi, Kizashi
CHEMICAL PHYSICS LETTERS 730: 416 (2019) Semantic Scholar
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48.
Domain-based local pair natural orbital CCSD (T) calculations of strongly correlated electron systems: Examination of dynamic equilibrium models based on multiple intermediates in S1 state of photosystem II
庄司,光男
Molecular Physics (2019) Semantic Scholar
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49.
First-Principles Study of the Reaction Mechanism of CHO plus H on Graphene Surface
Kayanuma Megumi; Shoji Mitsuo; Furuya Kenji; Kamiya Katsumasa (+2 著者) Shigeta Yasuteru
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A 123: 5633 (2019) Semantic Scholar
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50.
First-Principles Study of the Reaction Mechanism of CHO + H on Graphene Surface
Kayanuma, Megumi; Shoji, Mitsuo; Furuya, Kenji; Kamiya, Katsumasa (+2 著者) Shigeta, Yasuteru
The Journal of Physical Chemistry A 123: 5633 (2019) Semantic Scholar
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51.
Reaction mechanism of non-enzymatic stereoselective formation of wine lactone
Kyan, Akane; Kayanuma, Megumi; Shoji, Mitsuo; Shigeta, Yasuteru
CHEMICAL PHYSICS LETTERS 725: 114 (2019) Semantic Scholar
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52.
Photosubstitution Reaction of cis-[Ru(bpy)(2)(CH3CN)(2)](2+) and cis-[Ru(bpy)(2)(NH3)(2)](2+) in Aqueous Solution via Monoaqua Intermediate
Kayanuma Megumi; Shoji Mitsuo; Shigeta Yasuteru
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A 123: 2497 (2019) Semantic Scholar
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53.
Spin, Valence, and Structural Isomerism in the S State of the Oxygen-Evolving Complex of Photosystem II as a Manifestation of Multimetallic Cooperativity
Isobe, Hiroshi; Shoji, Mitsuo; Suzuki, Takayoshi; Shen, Jian-RenYamaguchi, Kizashi
Journal of chemical theory and computation 15: 2375 (2019) Semantic Scholar
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54.
分子動力学シミュレーションによる不凍タンパク質RiAFPの氷の結晶成長に及ぼす影響の解析
木間塚政人; 佐藤竜馬; 原田隆平; 庄司, 光男重田, 育照
Journal of Computer Chemistry, Japan 17: 222 (2019) Semantic Scholar
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55.
Effects of Antifreezing Protein from Rhagium inquisitor Binding on Ice Growth: A Molecular Dynamics Study
Kimatsuka, Masato; Sato, Ryuma; Harada, Ryuhei; Shoji, MitsuoShigeta, Yasuteru
Chemistry Letters 48: 223 (2019) Semantic Scholar
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56.
Theoretical and computational investigations of geometrical, electronic and spin structures of the CaMn O (X=5, 6) cluster in the Kok cycle S (i=0-3) of oxygen evolving complex of photosystem II
Yamaguchi, Kizashi; Yamanaka, Shusuke; Isobe, Hiroshi; Shoji, Mitsuo (+3 著者) Okumura, Mitsutaka
Physiologia plantarum 166: 44 (2019) Semantic Scholar
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57.
Photosubstitution Reaction of cis-[Ru(bpy)(2)(CH3CN)(2)](2+) and cis-[Ru(bpy)(2)(NH3)(2)](2+) in Aqueous Solution via Monoaqua Intermediate
Kayanuma, Megumi; Shoji, Mitsuo; Shigeta, Yasuteru
The journal of physical chemistry. A 123: 2497 (2019) Semantic Scholar
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58.
Possibility of the right-opened Mn-oxo intermediate (R-oxo(4444)) among all nine intermediates in the S-3 state of the oxygen-evolving complex of photosystem II revealed by large-scale QM/MM calculations
Shoji, Mitsuo; Isobe, Hiroshi; Miyagawa, Koichi; Yamaguchi, Kizashi
CHEMICAL PHYSICS 518: 81 (2019) Semantic Scholar
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59.
UNO DMRG CAS CI calculations of binuclear manganese complex Mn(IV)(2)O-2(NHCHCO2)(4): Scope and applicability of Heisenberg model
Kawakami Takashi; Miyagawa Koichi; Sharma Sandeep; Saito Toru (+5 著者) Yamaguchi Kizashi
JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY 40: 333 (2019) Semantic Scholar
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60.
Concerted bond switching mechanism coupled with one-electron transfer for the oxygen-oxygen bond formation in the oxygen-evolving complex of photosystem II
Shoji, Mitsuo; Isobe, Hiroshi; Yamaguchi, Kizashi
CHEMICAL PHYSICS LETTERS 714: 219 (2019) Semantic Scholar
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1.
生体の科学
庄司, 光男
医学書院 2024年6月
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2.
分子シミュレーション学会会誌アンサンブル
庄司, 光男
分子シミュレーション学会 2024年4月
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3.
フロンティア
庄司, 光男
理論化学会 2024年1月
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4.
フロンティア
庄司, 光男
理論化学会 2024年1月
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5.
フロンティア
庄司, 光男
理論化学会 2024年1月
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6.
ADVANCES IN QUANTUM CHEMISTRY, VOL 84
Yamaguchi, Kizashi; Miyagawa, Koichi; Isobe, Hiroshi; Shoji, Mitsuo; Kawakami, Takashi; Yamanaka, Shusuke
ELSEVIER ACADEMIC PRESS INC 2021年 (ISBN: 9780128238776)
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7.
環境技術
庄司,光男
(担当:分担執筆, 範囲:量子化学計算ビギナーズガイド)
2020年10月
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8.
量子化学計算ビギナーズガイド
庄司光男
環境技術, 環境技術学会 2020年10月
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9.
Gaussian16で始める量子化学超入門
庄司, 光男
Amazon Kindle direct publishing 2020年4月
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10.
フリーソフトで始める分子モデリング
庄司, 光男
Amazon Kindle direct publishing 2020年4月
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1.
Chiral symmetry breaking for amino acid homochirality by dimerization
渡辺, 七都稀; 庄司光男; 堀, 優太; 重田, 育照
Symposium on Next Generation Astrochemistry 2022 2022年11月29日
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2.
heoretical prediction into a possibility of the formation of propylene oxide homochirality
堀, 優太; 渡辺, 七都稀; 庄司光男; 重田, 育照
Symposium on Next Generation Astrochemistry 2022 2022年11月29日
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3.
有機分子触媒を用いたアミノ酸ラセミ化反応の理論的研究
渡辺, 七都稀; 庄司, 光男; 堀, 優太; 重田, 育照
日本コンピュータ化学会2022年秋季年会 2022年11月25日
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4.
分子動力学計算に基づくシロイヌナズナおよびエンバクHPPD-メソトリオン複合体の結合挙動解析
渡辺, 七都稀; 庄司, 光男; 堀, 優太; 重田, 育照
日本コンピュータ化学会2022年秋季年会 2022年11月25日
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5.
Natural selection of the Mn cluster in the photosynthetic water oxidation
Mitsuo Shoji
Satellite Meeting to 18th International Congress on Photosynthesis Research (WOX-ICPR2022) 2022年8月7日 招待有り
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6.
QM/MM study of the role of valine 185 in the oxygen-evolving center of photosystem II
M.Shoji; K.Miyagawa; H.Isobe; Y.Shigeta; K.Yamaguchi
18th International Congress on Photosynthesis Research (ICPR2022) 2022年8月4日
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7.
GLASアルゴリズムによる酵素反応機構の理論解明:新規反応経路探索手法の開発と適用
庄司光男
物性研短期研究会「理論タンパク質物性科学の最前線:理論と実験との密な協働」 2022年7月27日 招待有り
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8.
銅含有アミン酸化酵素におけるトパキノン補酵素の構造変化機構
庄司光男
第22回日本蛋白質科学会年会 2022年6月8日
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9.
光合成水分解酸素発生におけるMnの自然選択の理由
庄司光男; 宮川晃一; 三嶋謙二; 堀優太; 重田育照
量子生命科学会第4回大会 2022年5月26日
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10.
アミノ酸ホモキラリティ起源を紐解く結晶形成過程についての量子化学研究
渡辺, 七都稀; 庄司, 光男; 堀, 優太; 重田, 育照
量子生命科学会第4回大会 2022年5月26日
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11.
Theoretical insights into the molecular mechanisms of dynamical biochemical reactions
Mitsuo Shoji
Molecular Movies International Symposium 2022 2022年5月13日
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12.
QM/MM study of the large conformational change of quinone cofactor during the catalytic cycle of bacterial copper amine oxidases
Shoji, Mitsuo
2022 LBNL/CSA - Tsukuba/CCS Collaboration Meeting 2022年3月 LBNL/CSA 招待有り
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13.
自然・半導体・分子触媒で利用可能な多様な水分解反応機構の解明
Shoji, Mitsuo
I4LEC 第4回公開シンポジウム 2022年3月 新学術領域I4LEC
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14.
銅アミン酸化酵素におけるドパキノン補酵素のコンフォメーション制御機構
Shoji, Mitsuo
量子生命科学先端フォーラム2021冬の研究会 2021年12月 量子生命科学会
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15.
結晶成長によるアミノ酸キラル増幅に関する理論的研究
渡辺, 七都稀; 庄司, 光男; 堀, 優太; 重田, 育照
日本コンピュータ化学会2021年秋季年会 2021年11月2日
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16.
GLAS 法による分子構造及び化学反応経路の探索
庄司, 光男
日本コンピュータ化学会2021年秋季年会 2021年11月2日
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17.
隕石中でのアミノ酸キラル増幅機構についての理論的研究
渡辺, 七都稀; 庄司, 光男; 堀, 優太; 重田, 育照
第15回分子科学討論会 2021年9月18日
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18.
銅含有アミン酸化酵素におけるセミキノンラジカル生成機構の理論解明
Shoji, Mitsuo
I4LEC 第4回公開シンポジウム 2021年9月16日 量子生命科学会
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19.
酸化型[NiFe]ヒドロゲナーゼ活性中心の電子状態計算
堀, 優太; 石川, 航平; 庄司, 光男; 重田, 育照
量子生命科学会第3回大会 2021年9月16日
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20.
銅含有アミン酸化酵素のプロトン化状態についてのQM/MM解析
庄司, 光男
第47回生体分子科学討論会 2021年6月4日
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