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庄司 光男
Shoji, Mitsuo
計算科学研究センター , 教授 Center for Computational Sciences , Professor

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庄司光男助教が量子生命科学会令和5年度学会賞を受賞
2023-05-19
庄司 光男

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アミノ酸のホモキラリティ獲得の分子機構を解明〜量子化学計算で生命の起源を探る〜
2023-03-28
庄司 光男

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【受賞】庄司助教が量子生命科学会第4回大会で優秀講演賞を受賞
2022-05-27
庄司 光男

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量子生命科学会第4回大会 優秀ポスター賞
2022-05-27
庄司 光男 堀 優太 重田 育照

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宙に浮く水素イオン?!―大型タンパク質の中性子結晶構造解析で見えた特異な世界―
2020-07-28
庄司 光男
オープンアクセス版の論文は「つくばリポジトリ」で読むことができます。
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61.
Theoretical study of the photodissociation reaction of methanol
Kayanuma, Megumi; Shoji, Mitsuo; Furuya, Kenji; Aikawa, Yuri (+1 著者) Shigeta, Yasuteru
CHEMICAL PHYSICS LETTERS 714: 137 (2019) Semantic Scholar
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62.
Structural Changes in the Trinuclear Copper Center upon the Reduction of Bilirubin Oxidase (BOD)
T. Tokiwa; M. Shoji; V. Sladek; N. Shibata (+3 著者) F Misaizu
Molecules 24: (2019) Semantic Scholar
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63.
Structural Changes of the Trinuclear Copper Center in Bilirubin Oxidase upon Reduction.
Takaki Tokiwa; Mitsuo Shoji; Vladimir Sladek; Naoki Shibata (+4 著者) Fuminori Misaizu
Molecules (Basel, Switzerland) 24: (2018) Semantic Scholar
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64.
Redox Potential-Dependent Formation of an Unusual His-Trp Bond in Bilirubin Oxidase.
Mahfuza Akter; Takaki Tokiwa; Mitsuo Shoji; Koji Nishikawa (+4 著者) Naoki Shibata
Chemistry (Weinheim an der Bergstrasse, Germany) 24: 18052 (2018) Semantic Scholar
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65.
Theory of chemical bonds in metalloenzymes XXII: a concerted bond-switching mechanism for the oxygen–oxygen bond formation coupled with one electron transfer for water oxidation in the oxygen-evolving complex of photosystem II
Yamaguchi, Kizashi; Shoji, Mitsuo; Isobe, Hiroshi; Yamanaka, Shusuke (+3 著者) Nakajima, Takahito
MOLECULAR PHYSICS (2018) Semantic Scholar
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66.
特集光化学系II酸素発生中心にあたって
庄司, 光男
Ensemble 20: 222 (2018)
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67.
光化学系II酸素発生中心の反応機構
庄司, 光男
Ensemble 20: 238 (2018)
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68.
UNO DMRG CAS CI calculations of binuclear manganese complex Mn(IV)(2)O-2(NHCHCO2)(4): Scope and applicability of Heisenberg model
Kawakami, Takashi; Miyagawa, Koichi; Sharma, Sandeep; Saito, Toru (+5 著者) Yamaguchi, Kizashi
Journal of computational chemistry 40: 333 (2018) Semantic Scholar
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69.
A Theoretical Study on Redox Potential and pK(a) of [2Fe-25] Cluster Model from Iron-Sulfur Proteins
Kurniawan, Isman; Kawaguehi, Kazutomo; Shoji, Mitsuo; Matsui, Toru (+1 著者) Nagao, Hidemi
Bulletin of the Chemical Society of Japan 91: 1451 (2018) Semantic Scholar
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70.
Redox potential-dependent formation of an unusual His-Trp bond in bilirubin oxidase
Akter, Mahfuza; Tokiwa, Takaki; Shoji, Mitsuo; Nishikawa, Koji (+4 著者) Shibata, Naoki
Chemistry (Weinheim an der Bergstrasse, Germany) 24: 18052 (2018) Semantic Scholar
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71.
A Practical Approach for Searching Stable Molecular Structures by Introducing Repulsive Interactions among Walkers
Shoji, Mitsuo; Kayanuma, Megumi; Shigeta, Yasuteru
Bulletin of the Chemical Society of Japan 91: 1465 (2018) Semantic Scholar
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72.
Concerted Mechanism of Water Insertion and O Release during the S to S Transition of the Oxygen-Evolving Complex in Photosystem II
Shoji, Mitsuo; Isobe, Hiroshi; Shigeta, Yasuteru; Nakajima, TakahitoYamaguchi, Kizashi
Journal of Physical Chemistry B 122: 6491 (2018) Semantic Scholar
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73.
Molecular association model of PPARα and its new specific and efficient ligand, pemafibrate: Structural basis for SPPARMα
Yamamoto, Yuta; Takei, Kenta; Arulmozhiraja, Sundaram; Sladek, Vladimir (+9 著者) Shimano, Hitoshi
Biochemical and Biophysical Research Communications 499: 239 (2018) Semantic Scholar
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74.
光合成における酸素発生の反応機構
庄司, 光男; 磯部, 寛; 重田, 育照; 中嶋, 隆人山口, 兆
Seibutsu Butsuri 58: 127 (2018) Semantic Scholar
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75.
Relative stability between the manganese hydroxide- and oxo-models for water oxidation by CCSD, DMRG CASCI, CASSCF, CASPT2 and CASDFT methods; Importance of static and dynamical electron correlation effects for OEC of PSII
T. Kawakami; K. Miyagawa; H. Isobe; M. Shoji (+5 著者) K. Yamaguchi
Chemical Physics Letters 705: 85 (2018) Semantic Scholar
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76.
Nonadiabatic one-electron transfer mechanism for the O–O bond formation in the oxygen-evolving complex of photosystem II
Mitsuo Shoji; Hiroshi Isobe; Yasuteru Shigeta; Takahito NakajimaKizashi Yamaguchi
Chemical Physics Letters 698: 138 (2018) Semantic Scholar
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77.
Theory of chemical bonds in metalloenzymes XXI. Possible mechanisms of water oxidation in oxygen evolving complex of photosystem II
Kizashi Yamaguchi; Mitsuo Shoji; Hiroshi Isobe; Shusuke Yamanaka (+3 著者) Takahito Nakajima
Molecular Physics 116: 717 (2018) Semantic Scholar
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78.
First-principles study of the formation of glycine-producing radicals from common interstellar species
Akimasa Sato; Yuya Kitazawa; Toshiro Ochi; Mitsuo Shoji (+4 著者) Yasuteru Shigeta
Molecular Astrophysics 10: 11 (2018) Semantic Scholar
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79.
First-principles study of the formation of glycine-producing radicals from common interstellar species
Akimasa Sato; Yuya Kitazawa; Toshiro Ochi; Mitsuo Shoji (+4 著者) Yasuteru Shigeta
Molecular Astrophysics 10: 11 - 19 (2018) Semantic Scholar
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80.
Understanding Two Different Structures in the Dark Stable State of the Oxygen‐Evolving Complex of Photosystem II: Applicability of the Jahn–Teller Deformation Formula
Shoji,Mitsuo
ChemPhotoChem 2: 257 (2017) Semantic Scholar
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1.
生体の科学
庄司, 光男
医学書院 2024年6月
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2.
分子シミュレーション学会会誌アンサンブル
庄司, 光男
分子シミュレーション学会 2024年4月
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3.
フロンティア
庄司, 光男
理論化学会 2024年1月
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4.
フロンティア
庄司, 光男
理論化学会 2024年1月
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5.
フロンティア
庄司, 光男
理論化学会 2024年1月
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6.
ADVANCES IN QUANTUM CHEMISTRY, VOL 84
Yamaguchi, Kizashi; Miyagawa, Koichi; Isobe, Hiroshi; Shoji, Mitsuo; Kawakami, Takashi; Yamanaka, Shusuke
ELSEVIER ACADEMIC PRESS INC 2021年 (ISBN: 9780128238776)
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7.
環境技術
庄司,光男
(担当:分担執筆, 範囲:量子化学計算ビギナーズガイド)
2020年10月
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8.
量子化学計算ビギナーズガイド
庄司光男
環境技術, 環境技術学会 2020年10月
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9.
Gaussian16で始める量子化学超入門
庄司, 光男
Amazon Kindle direct publishing 2020年4月
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10.
フリーソフトで始める分子モデリング
庄司, 光男
Amazon Kindle direct publishing 2020年4月
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1.
Chiral symmetry breaking for amino acid homochirality by dimerization
渡辺, 七都稀; 庄司光男; 堀, 優太; 重田, 育照
Symposium on Next Generation Astrochemistry 2022 2022年11月29日
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2.
heoretical prediction into a possibility of the formation of propylene oxide homochirality
堀, 優太; 渡辺, 七都稀; 庄司光男; 重田, 育照
Symposium on Next Generation Astrochemistry 2022 2022年11月29日
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3.
有機分子触媒を用いたアミノ酸ラセミ化反応の理論的研究
渡辺, 七都稀; 庄司, 光男; 堀, 優太; 重田, 育照
日本コンピュータ化学会2022年秋季年会 2022年11月25日
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4.
分子動力学計算に基づくシロイヌナズナおよびエンバクHPPD-メソトリオン複合体の結合挙動解析
渡辺, 七都稀; 庄司, 光男; 堀, 優太; 重田, 育照
日本コンピュータ化学会2022年秋季年会 2022年11月25日
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5.
Natural selection of the Mn cluster in the photosynthetic water oxidation
Mitsuo Shoji
Satellite Meeting to 18th International Congress on Photosynthesis Research (WOX-ICPR2022) 2022年8月7日 招待有り
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6.
QM/MM study of the role of valine 185 in the oxygen-evolving center of photosystem II
M.Shoji; K.Miyagawa; H.Isobe; Y.Shigeta; K.Yamaguchi
18th International Congress on Photosynthesis Research (ICPR2022) 2022年8月4日
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7.
GLASアルゴリズムによる酵素反応機構の理論解明:新規反応経路探索手法の開発と適用
庄司光男
物性研短期研究会「理論タンパク質物性科学の最前線:理論と実験との密な協働」 2022年7月27日 招待有り
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8.
銅含有アミン酸化酵素におけるトパキノン補酵素の構造変化機構
庄司光男
第22回日本蛋白質科学会年会 2022年6月8日
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9.
光合成水分解酸素発生におけるMnの自然選択の理由
庄司光男; 宮川晃一; 三嶋謙二; 堀優太; 重田育照
量子生命科学会第4回大会 2022年5月26日
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10.
アミノ酸ホモキラリティ起源を紐解く結晶形成過程についての量子化学研究
渡辺, 七都稀; 庄司, 光男; 堀, 優太; 重田, 育照
量子生命科学会第4回大会 2022年5月26日
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11.
Theoretical insights into the molecular mechanisms of dynamical biochemical reactions
Mitsuo Shoji
Molecular Movies International Symposium 2022 2022年5月13日
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12.
QM/MM study of the large conformational change of quinone cofactor during the catalytic cycle of bacterial copper amine oxidases
Shoji, Mitsuo
2022 LBNL/CSA - Tsukuba/CCS Collaboration Meeting 2022年3月 LBNL/CSA 招待有り
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13.
自然・半導体・分子触媒で利用可能な多様な水分解反応機構の解明
Shoji, Mitsuo
I4LEC 第4回公開シンポジウム 2022年3月 新学術領域I4LEC
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14.
銅アミン酸化酵素におけるドパキノン補酵素のコンフォメーション制御機構
Shoji, Mitsuo
量子生命科学先端フォーラム2021冬の研究会 2021年12月 量子生命科学会
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15.
結晶成長によるアミノ酸キラル増幅に関する理論的研究
渡辺, 七都稀; 庄司, 光男; 堀, 優太; 重田, 育照
日本コンピュータ化学会2021年秋季年会 2021年11月2日
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16.
GLAS 法による分子構造及び化学反応経路の探索
庄司, 光男
日本コンピュータ化学会2021年秋季年会 2021年11月2日
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17.
隕石中でのアミノ酸キラル増幅機構についての理論的研究
渡辺, 七都稀; 庄司, 光男; 堀, 優太; 重田, 育照
第15回分子科学討論会 2021年9月18日
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18.
銅含有アミン酸化酵素におけるセミキノンラジカル生成機構の理論解明
Shoji, Mitsuo
I4LEC 第4回公開シンポジウム 2021年9月16日 量子生命科学会
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19.
酸化型[NiFe]ヒドロゲナーゼ活性中心の電子状態計算
堀, 優太; 石川, 航平; 庄司, 光男; 重田, 育照
量子生命科学会第3回大会 2021年9月16日
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20.
銅含有アミン酸化酵素のプロトン化状態についてのQM/MM解析
庄司, 光男
第47回生体分子科学討論会 2021年6月4日
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