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庄司 光男
Shoji, Mitsuo
計算科学研究センター , 教授 Center for Computational Sciences , Professor

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庄司光男助教が量子生命科学会令和5年度学会賞を受賞
2023-05-19
庄司 光男

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アミノ酸のホモキラリティ獲得の分子機構を解明〜量子化学計算で生命の起源を探る〜
2023-03-28
庄司 光男

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【受賞】庄司助教が量子生命科学会第4回大会で優秀講演賞を受賞
2022-05-27
庄司 光男

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量子生命科学会第4回大会 優秀ポスター賞
2022-05-27
庄司 光男 堀 優太 重田 育照

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宙に浮く水素イオン?!―大型タンパク質の中性子結晶構造解析で見えた特異な世界―
2020-07-28
庄司 光男
オープンアクセス版の論文は「つくばリポジトリ」で読むことができます。
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101.
Theoretical studies of the damage- free S-1 structure of the CaMn4O5 cluster in oxygen-evolving complex of photosystem II
Mitsuo Shoji; Hiroshi Isobe; Shusuke Yamanaka; Michihiro Suga (+2 著者) Kizashi Yamaguchi
CHEMICAL PHYSICS LETTERS 623: 1 (2015) Semantic Scholar
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102.
Quantal Cumulant Dynamics for Real-Time Simulations of Quantum Many-Body Systems
Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada; Megumi Kayanuma; Mitsuo Shoji
INTERNATIONAL JOURNAL OF QUANTUM CHEMISTRY 115: 300 (2015) Semantic Scholar
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103.
OpenFMOにおける4中心クーロン相互作用項計算のGPGPU化の試み
梅田, 宏明; 塙, 敏博; 庄司, 光男; 朴, 泰祐重田, 育照
Journal of Chemical Software 14: 69 (2015)
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104.
GPGPUクラスタ上でのFMO計算の性能評価
梅田, 宏明; 塙, 敏博; 庄司, 光男; 朴, 泰祐重田, 育照
Journal of Chemical Software 13: 323 (2015)
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105.
Involvement of Propionate Side Chains of the Heme in Circular Dichroism of Myoglobin: Experimental and Theoretical Analyses
Masako Nagai; Chika Kobayashi; Yukifumi Nagai; Kiyohiro Imai (+5 著者) Shigenori Nagatomo
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 119: 1275 (2015) Semantic Scholar
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106.
OpenFMOプログラムのGPGPU化
梅田宏明; 塙敏博; 庄司光男; 朴泰祐重田育照
分子科学討論会講演プログラム&要旨(Web) 9th: ROMBUNNO.2P115 (WEB (2015)
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107.
OpenFMOにおける4中心クーロン相互作用項計算のGPGPU化の試み
梅田宏明; 塙敏博; 庄司光男; 朴泰祐重田育照
日本コンピュータ化学会年会講演予稿集 2015: 53 (2015)
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108.
Substrate-mediated proton relay mechanism for the religation reaction in topoisomerase II
Kyohei Hanaoka; Mitsuo Shoji; Daiki Kondo; Akimasa Sato (+2 著者) Kenji Shiraishi
Journal of Biomolecular Structure and Dynamics 32: 1759 (2014) Semantic Scholar
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109.
An efficient initial guess formation of broken-symmetry solutions by using localized natural orbitals
Mitsuo Shoji; Yasunori Yoshioka; Kizashi Yamaguchi
CHEMICAL PHYSICS LETTERS 608: 50 (2014) Semantic Scholar
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110.
A QM/MM Study of the l -Threonine Formation Reaction of Threonine Synthase: Implications into the Mechanism of the Reaction Specificity
Mitsuo Shoji; Kyohei Hanaoka; Yuzuru Ujiie; Wataru Tanaka (+8 著者) Hideyuki Hayashi
J. Am. Chem. Soc. 136: 4525 (2014) Semantic Scholar
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111.
A QM/MM study of nitric oxide reductase-catalysed N2O formation
Mitsuo Shoji; Kyohei Hanaoka; Daiki Kondo; Akimasa Sato (+2 著者) Kenji Shiraishi
MOLECULAR PHYSICS 112: 393 (2014) Semantic Scholar
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112.
GPGPU化したFock行列計算ルーチンのOpenFMOへの組み込み
梅田宏明; 塙敏博; 庄司光男; 朴泰祐
日本コンピュータ化学会年会講演予稿集 2014: 94 (2014)
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113.
GPGPUクラスタ上でのFMO計算の性能評価
梅田宏明; 塙敏博; 庄司光男; 朴泰祐重田育照
日本コンピュータ化学会年会講演予稿集 2014: 76 (2014)
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114.
GPGPU化Fock行列計算ルーチンのOpenFMOへの組み込み
梅田宏明; 塙敏博; 庄司光男; 朴泰祐重田育照
分子科学討論会講演プログラム&要旨(Web) 8th: ROMBUNNO.4P119 (WEB (2014)
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115.
1P074 ニトリルヒドラターゼ(NHase)によるアミド生成機構に関する理論的研究(01D. 蛋白質 : 機能,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))
Kayanuma Megumi; Shoji Mitsuo; Shigeta Yasuteru
Seibutsu Butsuri 54: S153 (2014) Semantic Scholar
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116.
3P076 トレオニン合成酵素の反応制御機構解明のための分子動力学計算 : 反応中間体間自由エネルギー評価(01D. 蛋白質:機能,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))
Ujiie Yuzuru; Tanaka Wataru; Shoji Mitsuo; Kayanuma Megumi (+3 著者) Hayashi Hideyuki
Seibutsu Butsuri 54: S261 (2014) Semantic Scholar
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117.
3P077 ウリジンシチジンキナーゼの基質結合相互作用についての理論的研究(01D. 蛋白質:機能,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))
Tanaka Wataru; Ujiie Yuzuru; Tomoike Fumiaki; Shoji Mitsuo (+3 著者) Shigeta Yasuteru
Seibutsu Butsuri 54: S261 (2014) Semantic Scholar
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118.
フラグメント分子軌道法に現れるFock行列計算のGPGPU化
梅田宏明; 塙敏博; 庄司光男; 朴泰祐稲富雄一
情報処理学会論文誌トランザクション コンピューティングシステム(Web) 6: 26-37 (WEB ONLY) (2013)
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119.
3. トレオニン合成酵素における生成物リン酸イオンの触媒作用のQM/MMによる解析(第433回研究協議会研究発表要旨,ビタミンB研究委員会)
林, 秀行; 村川, 武志; 庄司, 光男; 氏家, 謙
Vitamins 87: 582 (2013)
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120.
フラグメント分子軌道法に現れるFock行列計算のGPGPU化
梅田, 宏明; 塙, 敏博; 庄司, 光男; 朴, 泰祐稲富, 雄一
情報処理学会論文誌. コンピューティングシステム 6: 26 (2013)
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1.
生体の科学
庄司, 光男
医学書院 2024年6月
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2.
分子シミュレーション学会会誌アンサンブル
庄司, 光男
分子シミュレーション学会 2024年4月
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3.
フロンティア
庄司, 光男
理論化学会 2024年1月
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4.
フロンティア
庄司, 光男
理論化学会 2024年1月
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5.
フロンティア
庄司, 光男
理論化学会 2024年1月
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6.
ADVANCES IN QUANTUM CHEMISTRY, VOL 84
Yamaguchi, Kizashi; Miyagawa, Koichi; Isobe, Hiroshi; Shoji, Mitsuo; Kawakami, Takashi; Yamanaka, Shusuke
ELSEVIER ACADEMIC PRESS INC 2021年 (ISBN: 9780128238776)
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7.
環境技術
庄司,光男
(担当:分担執筆, 範囲:量子化学計算ビギナーズガイド)
2020年10月
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8.
量子化学計算ビギナーズガイド
庄司光男
環境技術, 環境技術学会 2020年10月
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9.
Gaussian16で始める量子化学超入門
庄司, 光男
Amazon Kindle direct publishing 2020年4月
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10.
フリーソフトで始める分子モデリング
庄司, 光男
Amazon Kindle direct publishing 2020年4月
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1.
Chiral symmetry breaking for amino acid homochirality by dimerization
渡辺, 七都稀; 庄司光男; 堀, 優太; 重田, 育照
Symposium on Next Generation Astrochemistry 2022 2022年11月29日
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2.
heoretical prediction into a possibility of the formation of propylene oxide homochirality
堀, 優太; 渡辺, 七都稀; 庄司光男; 重田, 育照
Symposium on Next Generation Astrochemistry 2022 2022年11月29日
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3.
有機分子触媒を用いたアミノ酸ラセミ化反応の理論的研究
渡辺, 七都稀; 庄司, 光男; 堀, 優太; 重田, 育照
日本コンピュータ化学会2022年秋季年会 2022年11月25日
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4.
分子動力学計算に基づくシロイヌナズナおよびエンバクHPPD-メソトリオン複合体の結合挙動解析
渡辺, 七都稀; 庄司, 光男; 堀, 優太; 重田, 育照
日本コンピュータ化学会2022年秋季年会 2022年11月25日
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5.
Natural selection of the Mn cluster in the photosynthetic water oxidation
Mitsuo Shoji
Satellite Meeting to 18th International Congress on Photosynthesis Research (WOX-ICPR2022) 2022年8月7日 招待有り
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6.
QM/MM study of the role of valine 185 in the oxygen-evolving center of photosystem II
M.Shoji; K.Miyagawa; H.Isobe; Y.Shigeta; K.Yamaguchi
18th International Congress on Photosynthesis Research (ICPR2022) 2022年8月4日
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7.
GLASアルゴリズムによる酵素反応機構の理論解明:新規反応経路探索手法の開発と適用
庄司光男
物性研短期研究会「理論タンパク質物性科学の最前線:理論と実験との密な協働」 2022年7月27日 招待有り
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8.
銅含有アミン酸化酵素におけるトパキノン補酵素の構造変化機構
庄司光男
第22回日本蛋白質科学会年会 2022年6月8日
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9.
光合成水分解酸素発生におけるMnの自然選択の理由
庄司光男; 宮川晃一; 三嶋謙二; 堀優太; 重田育照
量子生命科学会第4回大会 2022年5月26日
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10.
アミノ酸ホモキラリティ起源を紐解く結晶形成過程についての量子化学研究
渡辺, 七都稀; 庄司, 光男; 堀, 優太; 重田, 育照
量子生命科学会第4回大会 2022年5月26日
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11.
Theoretical insights into the molecular mechanisms of dynamical biochemical reactions
Mitsuo Shoji
Molecular Movies International Symposium 2022 2022年5月13日
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12.
QM/MM study of the large conformational change of quinone cofactor during the catalytic cycle of bacterial copper amine oxidases
Shoji, Mitsuo
2022 LBNL/CSA - Tsukuba/CCS Collaboration Meeting 2022年3月 LBNL/CSA 招待有り
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13.
自然・半導体・分子触媒で利用可能な多様な水分解反応機構の解明
Shoji, Mitsuo
I4LEC 第4回公開シンポジウム 2022年3月 新学術領域I4LEC
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14.
銅アミン酸化酵素におけるドパキノン補酵素のコンフォメーション制御機構
Shoji, Mitsuo
量子生命科学先端フォーラム2021冬の研究会 2021年12月 量子生命科学会
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15.
結晶成長によるアミノ酸キラル増幅に関する理論的研究
渡辺, 七都稀; 庄司, 光男; 堀, 優太; 重田, 育照
日本コンピュータ化学会2021年秋季年会 2021年11月2日
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16.
GLAS 法による分子構造及び化学反応経路の探索
庄司, 光男
日本コンピュータ化学会2021年秋季年会 2021年11月2日
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17.
隕石中でのアミノ酸キラル増幅機構についての理論的研究
渡辺, 七都稀; 庄司, 光男; 堀, 優太; 重田, 育照
第15回分子科学討論会 2021年9月18日
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18.
銅含有アミン酸化酵素におけるセミキノンラジカル生成機構の理論解明
Shoji, Mitsuo
I4LEC 第4回公開シンポジウム 2021年9月16日 量子生命科学会
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19.
酸化型[NiFe]ヒドロゲナーゼ活性中心の電子状態計算
堀, 優太; 石川, 航平; 庄司, 光男; 重田, 育照
量子生命科学会第3回大会 2021年9月16日
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20.
銅含有アミン酸化酵素のプロトン化状態についてのQM/MM解析
庄司, 光男
第47回生体分子科学討論会 2021年6月4日
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