ホーム > 原田 隆平/ Harada, Ryuhei
原田 隆平
Harada, Ryuhei
計算科学研究センター , 准教授
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リボソーム内の化学的性質が翻訳中のタンパク質の立体構造に影響する
2024-08-20
原田 隆平
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UBE学術振興財団第64回学術奨励賞
2024-04-01
原田 隆平
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スーパーコンピュータを活用して「効く薬の候補」を素早く見つけ出す | 重田 育照
2021-04-01
重田 育照 広川 貴次 原田 隆平
オープンアクセス版の論文は「つくばリポジトリ」で読むことができます。
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181.
Quantal Cumulant Dynamics for Real-Time Simulations of Quantum Many-Body Systems
Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada; Megumi Kayanuma; Mitsuo Shoji
International Journal of Quantum Chemistry 115: 300 (2015) Semantic Scholar
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182.
Simple, yet Powerful Methodologies for Conformational Sampling of Proteins
Ryuhei Harada; Yu Takano; Takeshi Baba; Yasuteru Shigeta
Physical Chemistry Chemical Physics 17: 6155 (2015) Semantic Scholar
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183.
Protein Folding Pathways Extracted by OFLOOD: Outlier FLOODing Method
Ryuhei Harada; Tomotake Nakamura; Yu Takano; Yasuteru Shigeta
Journal of Computational Chemistry 36: 97 (2015) Semantic Scholar
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184.
Cascade-type Massive Parallel Simulation for Protein Conformation Transition Pathway Search
Yasutaka Nishihara; Ryuhei Harada; Akio Kitao
Proceedings of the Institute of Statistical Mathematics 62: 273 (2014)
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185.
On the Induced- Fit Mechanism of Substrate- Enzyme Binding Structures of Nylon- Oligomer Hydrolase
Takeshi Baba; Ryuhei Harada; Masayoshi Nakano; Yasuteru Shigeta
Journal of Computational Chemistry 35: 1240 (2014) Semantic Scholar
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186.
Fluctuation Flooding Method (FFM) for Accelerating Conformational Transitions of Proteins
Ryuhei Harada; Yu Takano; Yasuteru Shigeta
The Journal of Chemical Physics 140: 125103 (7 pages) (2014) Semantic Scholar
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187.
Hydration and Protein Stability under Molecular Crowding Environments
Ryuhei Harada
BUSEEI KENKYU 53: 021501 (2014)
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188.
Molecular Simulation Methods to Enhance Soft Protein Motions
Ryuhei Harada; Akio Kitao
SEIBUTSU BUTSURI 54: 167 (2014) Semantic Scholar
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189.
Conformational Transition Pathway and Free Energy Analyses of Proteins by Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics (PaCS-MD)
Ryuhei Harada; Yasutaka Nishihara; Nobuhiko Wakai; Akio Kitao
International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering 2014 1618: 86 (2014) Semantic Scholar
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190.
Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics (PaCS-MD) to Generate Conformational Transition Pathway
Ryuhei Harada; Akio Kitao
The Journal of Chemical Physics 139: 035103 (10 pages) (2013) Semantic Scholar
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191.
Reduced Native State Stability in Crowded Cellular Environment due to Protein-Protein Interactions
Ryuhei Harada; Naoya Tochio; Takanori Kigawa; Yuji SugitaMichael Feig
Journal of the American Chemical Society 135: 3696 (2013) Semantic Scholar
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192.
Hydration and Protein Stability under Cellular Environments
Ryuhei Harada
SEIBUTSU BUTSURI 53: 216 (2013) Semantic Scholar
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193.
博士論文紹介「超並列マルチスケールシミュレーションMSFEL法で探る生体分子の生体分子の自由エネルギー地形」
原田隆平
アンサンブル 15: 61 (2013)
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194.
Understanding Proteins in Packed Places
Ryuhei Harada, Yuji Sugita, Michael Feig
RIKEN RESEARCH 7: 13 (2012)
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195.
Protein Crowding Affects Hydration Structure and Dynamics
Ryuhei Harada; Yuji Sugita; Michael Feig
Journal of the American Chemical Society 134: 4842 (2012) Semantic Scholar
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196.
The Fast-Folding Mechanism of Villin Headpiece Subdomain Studied by Multiscale Distributed Computing
Ryuhei Harada; Akio Kitao
Journal of Chemical Theory and Computation 8: 290 (2012) Semantic Scholar
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197.
Exploring the Folding Free Energy Landscape of a Beta-Hairpin Miniprotein, Chignolin, Using Multiscale Free Energy Landscape Calculation Method
Ryuhei Harada; Akio Kitao
The Journal of Physical Chemistry B 115: 8806 (2011) Semantic Scholar
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198.
Multi-Scale Free Energy Landscape Calculation Method by Combination of Coarse-Grained and All-Atom Models
Ryuhei Harada, Akio Kitao
Chemical Physics Letters 503: 145 (2011) Semantic Scholar
書籍等出版物情報はまだありません。
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1.
生体機能を紐解く新しい分子シミュレーション手法の開発
原田 隆平
筑波ミニワークショップ 「計算・分光・情報・合成が拓く分子設計の最前線」 2024年11月14日 招待有り
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2.
中分子創薬を革新する分子シミュレーション手法の開発
原田 隆平
第453回 CBI学会講演会 2024年2月26日 招待有り
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3.
生体機能を紐解く分子シミュレーション手法の開発と応用
原田 隆平
自然科学研究機構 計算科学研究センター スーパーコンピュータワークショップ 2023 2024年1月15日 招待有り
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4.
生体分子の機能解析を実現する分子シミュレーション手法の開発
原田 隆平
2023年度 理論化学研究会 2023年12月8日 招待有り
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5.
高精度な結合エネルギー計算を活用して解明する非従来型アクチンNAP1の薬剤耐性機構
森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
第46回 日本分子生物学会年会 2023年12月7日
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6.
分子動力学計算に基づくホモ二量体酵素の対称/非対称構造が誘導されるメカニズムの解明
岡本 慶乃; 保田 拓範; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
第46回 日本分子生物学会年会 2023年12月6日
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7.
新生ペプチド鎖のリボソームトンネルにおける2次構造形成に関する計算科学的研究
保田 拓範; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
第46回 日本分子生物学会年会 2023年12月6日
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8.
分子動力学計算で解明するTGF-β受容体の多量体形成機序
佐藤 紘歌; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
第46回 日本分子生物学会年会 2023年12月6日
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9.
化合物の結合と膜透過プロセスを紐解くレアイベントサンプリング法の開発
原田 隆平; 森田 陸離; Kowit Hengphasatporn; 重田 育照
日本コンピューター化学会秋季年会 2023年11月25日
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10.
The Computational Study on the Secondary Structure Formation of Nascent Peptides Inside the Ribosome Tunnel
Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
The 61st Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2023年11月16日
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11.
Enhanced Conformational Sampling Based on Structural Generation by the Inverse Transformation Using Principal Component Analysis
Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
The 61st Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2023年11月16日
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12.
Integrated AI-based Modeling and Flexible Docking for Protein-RNA Complexes Refinement
Kowit Hengphasatporn; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
The 61st Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2023年11月14日
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13.
Investigating the Binding Pathway of 2-Pralidoxime for Reactivating Organophosphate-Inhibited Human Acetylcholinesterase
Nalinee Kongkaew; Kowit Hengphasatporn; Yasuteru Shigeta; Thanyada Rungrotmongkol; Ryuhei Harada
The 6th International Conference on Molecular Simulation 2023年10月
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14.
次世代インシリコ創薬を開拓する新しい分子シミュレーション手法の開発
原田 隆平
CBI研究機構量子構造生命科学研究所シンポジウム 2023年9月11日 招待有り
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15.
生体分子の長時間ダイナミクスを抽出する計算手法の開発と適用
原田 隆平
日本曹達 講演会 2023年8月31日 招待有り
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16.
計算科学で紐解く相分離生物学
原田 隆平
学術変革B 「動的溶液環境が制御する生体内自己凝縮過程の統合的理解」 研究会 2023年8月10日 招待有り
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17.
Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics for Sampling Rare Events of Proteins
Ryuhei Harada
The 26th International Annual Symposium on Computational Science and Engineering (ANSCSE 26) 2023年7月20日 招待有り
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18.
計算科学で紐解く相分離生物学
原田 隆平
公益社団法人高分子学会関東支部 主催 「相分離生物学と高分子科学の接点」 2023年2月21日 招待有り
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19.
生体機能を紐解く分子シミュレーション手法開発と応用
原田 隆平
第27回 新学術「高速分子動画」オンラインセミナー 2023年1月31日 招待有り
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20.
Developements of Efficient Molecular Simulation Methods for Elucidating Biological Function of Protein
Ryuhei Harada
2022 EPCC-CCS Workshop 2022年12月14日 招待有り
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1. 特願2015-156703: 情報処理装置, 指標次元抽出方法, および指標次元抽出プログラム
中村 朋健; 原田 隆平; 重田 育照 -
2. 特願15/228,873: Information Processing Apparatus and Index Dimension Extracting Method
Nakamura Tomotake; Harada Ryuhei; Shigeta Yasuteru
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