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原田 隆平
Harada, Ryuhei
計算科学研究センター , 准教授 Center for Computational Sciences

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リボソーム内の化学的性質が翻訳中のタンパク質の立体構造に影響する
2024-08-20
原田 隆平

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UBE学術振興財団第64回学術奨励賞
2024-04-01
原田 隆平

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スーパーコンピュータを活用して「効く薬の候補」を素早く見つけ出す | 重田 育照
2021-04-01
重田 育照 広川 貴次 原田 隆平
オープンアクセス版の論文は「つくばリポジトリ」で読むことができます。
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21.
The Behavior of Water in Superheated Liquid Phase Observed in Molecular Dynamics Simulation
Morita Rikuri; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
Chemistry Letters, Manuscript ID CL-240416, under review: (2024)
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22.
Structural Fluctuation in Homodimeric Aminoacyl-tRNA Synthetases Induces Half-of-the-sites Activity
Yoshino Okamoto; Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Yasuteru ShigetaRyuhei Harada
The Journal of Physical Chemistry B 128: 10823 (2024)
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23.
BEMM-GEN: A Tool for Generating a Biomolecular Environment Mimicking Model for Molecular Dynamics Simulation
Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
Journal of Chemical Information and Modeling 64: 7184 (2024)
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24.
Evaluating Solubility, Stability, and Inclusion Complexation of Oxyresveratrol with Various β-cyclodextrin Derivatives Using Advanced Computational Techniques and Experimental Validation
Saba Ali; Aamir Aman; Kowit Hengphasatporn; Ryo Fujiki (+7 著者) Thanyada Rungrotmongkol
Computational Biology and Chemistry, 112: 108111 (2024)
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25.
CommunicationMachine Learning-Based QSAR and LB-PaCS-MD Guided Design of SARS-CoV-2 Main Protease Inhibitors
Borwornlak Toopradab; Wanting Xie; Lian Duan; Kowit Hengphasatporn (+5 著者) Thanyada Rungrotmongkol
Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters 110: 129852 (2024)
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26.
Ribosome Tunnel Environment Drives the Formation of α-Helix During Co-Translational Folding
Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
Journal of Chemical Information and Modeling 64: 6610 (2024) Semantic Scholar
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27.
Structural Generation by Inverse Transformation Using Principal Component Analysis Enhances Conformational Sampling of Protein
Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
Bulletin of the Chemical Society of Japan 97: uoae087 (2024)
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28.
Alpha and Gamma Mangostins Inhibit Wild-type B SARS-CoV-2 More Effectively than the SARS-CoV-2 Variants and the Major Target is Unlikely a 3C-like Protease
Aphinya Suroengri; Van Cao; Patcharin Wilasluck; Peerapon Deetanya (+11 著者) Siwaporn Boonyasuppayakorn
Heliyon 10: e31987 (2024)
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29.
Prediction of the Binding Mechanism of a Selective DNA Methyltransferase 3A Inhibitor by Molecular Simulation
Genki Kudo; Takumi Hirao; Ryuhei Harada; Takatsugu Hirokawa (+1 著者) Ryunosuke Yoshino
Scientific Report 14: 13508 (2024)
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30.
Development of Membrane Permeability Coefficient by Means of Novel Molecular Dynamics Methods
Ryuhei Harada; Yuki Mitsuta; Yasuteru Shigeta
YAKUGAKU ZASSHI 144: 545 (2024)
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31.
Preferential Door for Ligand Binding and Unbinding Pathways in Inhibited Human Acetylcholinesterase
Nalinee Kongkaew; Kowit Hengphasatporn; Yasuteru Shigeta; Thanyada RungrotmongkolRyuhei Harada
The Journal of Physical Chemistry Letters 15: 5696 (2024)
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32.
Drug-discovery Simulation for Membrane Proteins
Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
SEIBUTSU BUTURI 64: 21 (2024)
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33.
Pathological mutations promote proteolysis of mitochondrial tRNA-specific 2-thiouridylase 1 (MTU1) via mitochondrial caseinolytic peptidase (CLPP)
Raja Norazireen; Raja Ahmad; Long-teng Zhang; Rikuri Morita (+7 著者) Fan-Yan Wei
Nucleic Acids Research 52: 1341 (2023)
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34.
Design of Electron-Donating Group Substituted 2-PAM Analogs as Antidotes for Organophosphate Insecticide Poisoning
Nalinee Kongkaew; Kowit Hengphasatporn; Yuwanda Injongkol; Pitchayathida Mee-udorn (+6 著者) Alisa S. Vangnai
RSC Advances 13: 32266 (2023) Semantic Scholar
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35.
レアイベントサンプリング法の開発とタンパク質機能解析への適用
原田 隆平
日本薬学会 構造活性相関部会 SAR News Cutting Edge 45: 19 (2023)
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36.
Comparative Molecular Property Analysis on Ebsulfur and Ebselen analogues as SARS-CoV-2 Antivirals using Linear Regression and Artificial Neutral Network QSAR
(2023)
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37.
Dysregulation of MTU1 Proteostasis Causes the 2 Defective 2-Thiolation of Mitochondrial tRNAs in 3 Mitochondrial Disease Cell Models
(2023)
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38.
Alpha and Gamma Mangostins Inhibited Three SARS-CoV-2 Strains with a Confirmed Target at 3-Chymotrypsin-like Protease
(2023)
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39.
Designing SARS-CoV-2 Main Protease Inhibitors Using Machine Learning-based QSAR and LB-PaCS-MD Methods
Borwornlak Toopradab; Wanting Xie; Lian Duan; Kowit Hengphasatporn (+4 著者) Thanyada Rungrotmongkol
Chinese Chemical Society, Manuscript ID CCSC-2023-03535, under review: (2023)
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40.
Latrunculin Resistance Mechanism of Non-Conventional Actin NAP1 Uncovered by Molecular Dynamics Simulations
Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
Cytoskeleton 81: 143 (2023)
書籍等出版物情報はまだありません。
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1.
生体分子の機能発現をひもとく分子シミュレーション手法の開発
原田 隆平
東北大学 多元物質科学研究所(ナノ・マイクロ計測化学セミナー) 2026年7月7日 招待有り
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2.
次世代インシリコ創薬を開拓する分子シミュレーション手法の開拓
原田 隆平
静岡大学大学院総合科学技術研究科 グリーン科学技術研究所・分子化学コア特別セミナー 2026年3月3日 招待有り
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3.
Simple yet Powerful Rare-Event Sampling Methods (PaCS-MD/OFLOOD) for Elucidating Membrane Permeation Processes of Drugs
Ryuhei Harada
CCS-D³ Bridge 2026: Connecting 「JP・UK」+ JP-UK Symposium on Computational Drug Discovery and Design 2026年1月21日 招待有り
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4.
Simple yet Powerful Rare-Event Sampling Methods (PaCS-MD/OFLOOD) for Elucidating Membrane Permeation Processes of Drugs
Ryuhei Harada
Pacifichem 2025 (Assigned Session: Crossing the Biological Membrane: Frontiers in the Study of Membrane Transport) 2025年12月18日 招待有り
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5.
生体機能を紐解く新しい分子シミュレーション手法の開発
原田 隆平
筑波ミニワークショップ 「計算・分光・情報・合成が拓く分子設計の最前線」 2024年11月14日 招待有り
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6.
中分子創薬を革新する分子シミュレーション手法の開発
原田 隆平
第453回 CBI学会講演会 2024年2月26日 招待有り
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7.
生体機能を紐解く分子シミュレーション手法の開発と応用
原田 隆平
自然科学研究機構 計算科学研究センター スーパーコンピュータワークショップ 2023 2024年1月15日 招待有り
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8.
生体分子の機能解析を実現する分子シミュレーション手法の開発
原田 隆平
2023年度 理論化学研究会 2023年12月8日 招待有り
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9.
高精度な結合エネルギー計算を活用して解明する非従来型アクチンNAP1の薬剤耐性機構
森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
第46回 日本分子生物学会年会 2023年12月7日
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10.
分子動力学計算に基づくホモ二量体酵素の対称/非対称構造が誘導されるメカニズムの解明
岡本 慶乃; 保田 拓範; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
第46回 日本分子生物学会年会 2023年12月6日
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11.
新生ペプチド鎖のリボソームトンネルにおける2次構造形成に関する計算科学的研究
保田 拓範; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
第46回 日本分子生物学会年会 2023年12月6日
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12.
分子動力学計算で解明するTGF-β受容体の多量体形成機序
佐藤 紘歌; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
第46回 日本分子生物学会年会 2023年12月6日
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13.
化合物の結合と膜透過プロセスを紐解くレアイベントサンプリング法の開発
原田 隆平; 森田 陸離; Kowit Hengphasatporn; 重田 育照
日本コンピューター化学会秋季年会 2023年11月25日
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14.
The Computational Study on the Secondary Structure Formation of Nascent Peptides Inside the Ribosome Tunnel
Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
The 61st Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2023年11月16日
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15.
Enhanced Conformational Sampling Based on Structural Generation by the Inverse Transformation Using Principal Component Analysis
Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
The 61st Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2023年11月16日
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16.
Integrated AI-based Modeling and Flexible Docking for Protein-RNA Complexes Refinement
Kowit Hengphasatporn; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
The 61st Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2023年11月14日
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17.
Investigating the Binding Pathway of 2-Pralidoxime for Reactivating Organophosphate-Inhibited Human Acetylcholinesterase
Nalinee Kongkaew; Kowit Hengphasatporn; Yasuteru Shigeta; Thanyada Rungrotmongkol; Ryuhei Harada
The 6th International Conference on Molecular Simulation 2023年10月
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18.
次世代インシリコ創薬を開拓する新しい分子シミュレーション手法の開発
原田 隆平
CBI研究機構量子構造生命科学研究所シンポジウム 2023年9月11日 招待有り
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19.
生体分子の長時間ダイナミクスを抽出する計算手法の開発と適用
原田 隆平
日本曹達 講演会 2023年8月31日 招待有り
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20.
計算科学で紐解く相分離生物学
原田 隆平
学術変革B 「動的溶液環境が制御する生体内自己凝縮過程の統合的理解」 研究会 2023年8月10日 招待有り
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1. 特願2015-156703: 情報処理装置, 指標次元抽出方法, および指標次元抽出プログラム
中村 朋健; 原田 隆平; 重田 育照 -
2. 特願15/228,873: Information Processing Apparatus and Index Dimension Extracting Method
Nakamura Tomotake; Harada Ryuhei; Shigeta Yasuteru
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