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原田隆平

Harada, Ryuhei

計算科学研究センター , 准教授

オープンアクセス版の論文は「つくばリポジトリ」で読むことができます。

41. Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics (PaCS-MD) に基づくタンパク質の遷移経路探索保田拓範; 原田隆平
分子シミュレーション学会誌「アンサンブル」 25: 19 (2023)
42. 分子シミュレーションで解明するホモニ量体チロシル tRNA 合成酵素（TyrRS）のハーフサイト活性岡本慶乃; 原田隆平
Tsukuba Journal of Biology 22: 53 - 53 (2023)
43. Identifying Antibiotics based on Structural Differences in the Conserved Allostery from Mitochondrial Heme-copper Oxidases Yuya Nishida; Sachiko Yanagisawa; Rikuri Morita; Hideki Shigematsu (+27 著者) Yasunori Shintani
Nature Communications 13: 7591 (2022)
44. Protein Structure Validation Derives a Smart Conformational Search in a Physically Relevant Configurational Subspace Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
Journal of Chemical Information and Modeling 62: 6217 (2022)
45. Promising SARS-CoV-2 Main Protease Inhibitor Ligand-Binding Modes Evaluated Using LB-PaCS-MD/FMO Kowit Hengphasatporn; Ryuhei Harada; Patcharin Wilasluck; Peerapon Deetanya (+6 著者) Yasuteru Shigeta
Scientific Reports 12: 17984 (2022) Semantic Scholar
46. PaCS-MDと異常検知を援用したタンパク質構造遷移経路の探索原田隆平
スーパーコンピューティングニュース特集号 24: 17 (2022)
47. Autism-Associated Mutation in Hevin Induces Endoplasmic Reticulum Stress Through Structural Instability Takumi Taketomi; Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Jaehyun Kim (+3 著者) Fuminori Tsuruta
Scientific Report 12: 11891 (2022)
48. The Structural Validation by G-factor Regulates Boost Potentials Employed in Conformational Sampling of Proteins Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
Journal of Chemical Information and Modeling 62: 3442 (2022)
49. The Role of ATP in Solubilizing RNA-binding Protein Fused in Sarcoma Hayato Aida; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 90: 1606 (2022)
50. Prediction of the Binding Mechanism of a Selective DNA Methyltransferase 3A Inhibitor Using Molecular Simulation Approaches Genki Kudo; Ryuhei Harada; Takatsugu Hirokawa; Yasuteru ShigetaRyunosuke Yoshino
Chemical and Pharmaceutical Bulletin, under revision, Manuscript ID: MS22-00073: (2022)
51. Ligand Binding Path Sampling Based on Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics: LB-PaCS-MD Hayato Aida; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
Materials 15: 1490 (2022) Semantic Scholar
52. Phosphorylation on the Accessory Domain of Yeast Histone Chaperone yNap1 Exposes the Nuclear Export Sequence Syo Ashida; Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 90: 317 (2022) Semantic Scholar
53. Histone H3 Inhibits Ubiquitin-Ubiquitin Intermolecular Interactions to Enhance Binding to DNA Methyl Transferase 1 Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
Journal of Molecular Biology 434: 167371 (2022) Semantic Scholar
54. Integrate In Silico Studies on the Role of Nicotinamide Adenine Dinucleotide (NADH) Binding in Activating C-terminal Binding Protein 2 (CtBP2) Tsukasa Aoyagi; Ryunosuke Yoshino; Yuki Mitsuta; Rikuri Morita (+1 著者) Yasuteru Shigeta
Chemistry Letters 51: 1 (2022)
55. Solubility and Membrane Permeability of Cyclic Dipeptides Approximately Estimated by Quantum Chemistry and Molecular Dynamics Calculations Koki Yanagki; Yuki Mitsuta; Kenta Takaoka; Teruyuki Takahashi (+2 著者) Yasuteru Shigeta
Chemistry Letters 50: 1964 (2021) Semantic Scholar
56. Residue Folding Degree - Relationship to Secondary Structure Categories and use as Collective Variable Vladimir Sladek; Ryuhei Harada; Yasuteru Shigeta
International Journal of Molecular Sciences 22: 13042 (2021) Semantic Scholar
57. Structural Variations of Metallothionein with or without Zinc Ions Elucidated Using Molecular Dynamics Simulations Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
The Journal of Physical Chemistry B 125: 12712 (2021) Semantic Scholar
58. A Post-Process to Estimate an Approximated Minimal Free Energy Path Based on Local Centroids Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
Chemical Physics Letters 782: 139003 (5 pages) (2021) Semantic Scholar
59. Independent Non-targeted Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics (Ino-PaCS-MD) to Enhance the Conformational Sampling of Proteins Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
Journal of Chemical Theory and Computation 17: 5933 (2021)
60. PaCS-MDに基づく効率的リガンド結合経路探索法の開発原田隆平
スーパーコンピューティングニュース特集号 23: 70 (2021)

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