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原田 隆平
Harada, Ryuhei
計算科学研究センター , 准教授 Center for Computational Sciences

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リボソーム内の化学的性質が翻訳中のタンパク質の立体構造に影響する
2024-08-20
原田 隆平

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UBE学術振興財団第64回学術奨励賞
2024-04-01
原田 隆平

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スーパーコンピュータを活用して「効く薬の候補」を素早く見つけ出す | 重田 育照
2021-04-01
重田 育照 広川 貴次 原田 隆平
オープンアクセス版の論文は「つくばリポジトリ」で読むことができます。
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41.
Alpha and Gamma Mangostins Inhibited Three SARS-CoV-2 Strains with a Confirmed Target at 3-Chymotrypsin-like Protease
(2023)
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42.
A Structural Refinement Technique for Protein-RNA Complexes Using Combination of AI-based Modeling and Flexible Docking: A Study of Musashi-1 Protein
Nitchakan Darai; Kowit Hengphasatporn; Peter Wolschann; Michael T. Wolfinger (+2 著者) Ryuhei Harada
Bulletin of the Chemical Society of Japan 96: 677 (2023) Semantic Scholar
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43.
A Variety of Initial Velocities in Restarting Molecular Dynamics Simulations Promotes Protein Transitions
Yohei Munei; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
Chemistry Letters, 52: 385 (2023) Semantic Scholar
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44.
中分子の膜透過性に対する計算手法の検討
高橋 輝行; Kowit Hengphasatporn; 原田 隆平; 重田 育照
Journal of Computer Chemistry, Japan 21: 118 (2023)
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45.
Determination of the Association between Mesotrione Sensitivity and Conformational Change of 4-Hydroxyphenylpyruvate Dioxygenase via Free-Energy Analyses
Yohei Munei; Kowit Hengphasatporn; Yuta Hori; Ryuhei HaradaYasuteru Shigeta
Journal of Agricultural and Food Chemistry 71: 9528 (2023)
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46.
化合物の膜透過プロセスを紐解く自由エネルギ ー計算手法の開発
原田 隆平; 森田 陸離; 重田 育照
日本薬学会 構造活性相関部会 SAR News 44: 22 (2023)
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47.
Building and Evaluating Force Field Parameters around Transition Metal-including Active Site in 4-Hydroxyphenylpyruvate Dioxygenase (HPPD)
Yohei Munei; Yuta Hori; Kowit Hengphasatporn; Ryuhei HaradaYasuteru Shigeta
21: 82 - 84 (2023)
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48.
第一原理計算と分子動力学計算による膜透過性の評価・推定
重田 育照; 高橋 輝行; 満田 祐樹; 原田 隆平
技術情報協会「ケモインフォマティクスにおけるデータ収集の最適化と解析手法」 8: 589 (2023)
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49.
Efficient Screening of Protein-Ligand Complexes in Lipid Bilayers Using LoCoMock Score
Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
Journal of Computer-Aided Molecular Design, 37: 217 (2023)
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50.
4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase (HPPD) における金属活性中心の力場パラメータの構築とその評価
宗井 陽平; 堀 優太; Kowit Hengphasatporn; 原田 隆平重田 育照
Journal of Computer Chemistry, Japan 21: 82 (2023)
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51.
Free-energy Profiles for Membrane Permeation of Compounds Calculated Using Rare-Event Sampling Methods
Ryuhei Harada; Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta
Journal Chemical Information and Modeling 63: 259 (2023) Semantic Scholar
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52.
Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics (PaCS-MD) に基づくタンパク質の遷移経路探索
保田拓範; 原田隆平
分子シミュレーション学会誌「アンサンブル」 25: 19 (2023)
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53.
分子シミュレーションで解明するホモニ量体チロシル tRNA 合成酵素(TyrRS)のハーフサイト活性
岡本慶乃; 原田隆平
Tsukuba Journal of Biology 22: 53 - 53 (2023)
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54.
Identifying Antibiotics based on Structural Differences in the Conserved Allostery from Mitochondrial Heme-copper Oxidases
Yuya Nishida; Sachiko Yanagisawa; Rikuri Morita; Hideki Shigematsu (+27 著者) Yasunori Shintani
Nature Communications 13: 7591 (2022)
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55.
Protein Structure Validation Derives a Smart Conformational Search in a Physically Relevant Configurational Subspace
Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
Journal of Chemical Information and Modeling 62: 6217 (2022)
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56.
Promising SARS-CoV-2 Main Protease Inhibitor Ligand-Binding Modes Evaluated Using LB-PaCS-MD/FMO
Kowit Hengphasatporn; Ryuhei Harada; Patcharin Wilasluck; Peerapon Deetanya (+6 著者) Yasuteru Shigeta
Scientific Reports 12: 17984 (2022) Semantic Scholar
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57.
PaCS-MDと異常検知を援用したタンパク質構造遷移経路の探索
原田隆平
スーパーコンピューティングニュース特集号 24: 17 (2022)
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58.
Autism-Associated Mutation in Hevin Induces Endoplasmic Reticulum Stress Through Structural Instability
Takumi Taketomi; Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Jaehyun Kim (+3 著者) Fuminori Tsuruta
Scientific Report 12: 11891 (2022)
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59.
The Structural Validation by G-factor Regulates Boost Potentials Employed in Conformational Sampling of Proteins
Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
Journal of Chemical Information and Modeling 62: 3442 (2022)
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60.
The Role of ATP in Solubilizing RNA-binding Protein Fused in Sarcoma
Hayato Aida; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 90: 1606 (2022)
書籍等出版物情報はまだありません。
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1.
生体分子の機能発現をひもとく分子シミュレーション手法の開発
原田 隆平
東北大学 多元物質科学研究所(ナノ・マイクロ計測化学セミナー) 2026年7月7日 招待有り
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2.
次世代インシリコ創薬を開拓する分子シミュレーション手法の開拓
原田 隆平
静岡大学大学院総合科学技術研究科 グリーン科学技術研究所・分子化学コア特別セミナー 2026年3月3日 招待有り
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3.
Simple yet Powerful Rare-Event Sampling Methods (PaCS-MD/OFLOOD) for Elucidating Membrane Permeation Processes of Drugs
Ryuhei Harada
CCS-D³ Bridge 2026: Connecting 「JP・UK」+ JP-UK Symposium on Computational Drug Discovery and Design 2026年1月21日 招待有り
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4.
Simple yet Powerful Rare-Event Sampling Methods (PaCS-MD/OFLOOD) for Elucidating Membrane Permeation Processes of Drugs
Ryuhei Harada
Pacifichem 2025 (Assigned Session: Crossing the Biological Membrane: Frontiers in the Study of Membrane Transport) 2025年12月18日 招待有り
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5.
生体機能を紐解く新しい分子シミュレーション手法の開発
原田 隆平
筑波ミニワークショップ 「計算・分光・情報・合成が拓く分子設計の最前線」 2024年11月14日 招待有り
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6.
中分子創薬を革新する分子シミュレーション手法の開発
原田 隆平
第453回 CBI学会講演会 2024年2月26日 招待有り
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7.
生体機能を紐解く分子シミュレーション手法の開発と応用
原田 隆平
自然科学研究機構 計算科学研究センター スーパーコンピュータワークショップ 2023 2024年1月15日 招待有り
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8.
生体分子の機能解析を実現する分子シミュレーション手法の開発
原田 隆平
2023年度 理論化学研究会 2023年12月8日 招待有り
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9.
高精度な結合エネルギー計算を活用して解明する非従来型アクチンNAP1の薬剤耐性機構
森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
第46回 日本分子生物学会年会 2023年12月7日
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10.
分子動力学計算に基づくホモ二量体酵素の対称/非対称構造が誘導されるメカニズムの解明
岡本 慶乃; 保田 拓範; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
第46回 日本分子生物学会年会 2023年12月6日
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11.
新生ペプチド鎖のリボソームトンネルにおける2次構造形成に関する計算科学的研究
保田 拓範; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
第46回 日本分子生物学会年会 2023年12月6日
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12.
分子動力学計算で解明するTGF-β受容体の多量体形成機序
佐藤 紘歌; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
第46回 日本分子生物学会年会 2023年12月6日
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13.
化合物の結合と膜透過プロセスを紐解くレアイベントサンプリング法の開発
原田 隆平; 森田 陸離; Kowit Hengphasatporn; 重田 育照
日本コンピューター化学会秋季年会 2023年11月25日
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14.
The Computational Study on the Secondary Structure Formation of Nascent Peptides Inside the Ribosome Tunnel
Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
The 61st Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2023年11月16日
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15.
Enhanced Conformational Sampling Based on Structural Generation by the Inverse Transformation Using Principal Component Analysis
Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
The 61st Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2023年11月16日
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16.
Integrated AI-based Modeling and Flexible Docking for Protein-RNA Complexes Refinement
Kowit Hengphasatporn; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
The 61st Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2023年11月14日
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17.
Investigating the Binding Pathway of 2-Pralidoxime for Reactivating Organophosphate-Inhibited Human Acetylcholinesterase
Nalinee Kongkaew; Kowit Hengphasatporn; Yasuteru Shigeta; Thanyada Rungrotmongkol; Ryuhei Harada
The 6th International Conference on Molecular Simulation 2023年10月
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18.
次世代インシリコ創薬を開拓する新しい分子シミュレーション手法の開発
原田 隆平
CBI研究機構量子構造生命科学研究所シンポジウム 2023年9月11日 招待有り
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19.
生体分子の長時間ダイナミクスを抽出する計算手法の開発と適用
原田 隆平
日本曹達 講演会 2023年8月31日 招待有り
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20.
計算科学で紐解く相分離生物学
原田 隆平
学術変革B 「動的溶液環境が制御する生体内自己凝縮過程の統合的理解」 研究会 2023年8月10日 招待有り
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1. 特願2015-156703: 情報処理装置, 指標次元抽出方法, および指標次元抽出プログラム
中村 朋健; 原田 隆平; 重田 育照 -
2. 特願15/228,873: Information Processing Apparatus and Index Dimension Extracting Method
Nakamura Tomotake; Harada Ryuhei; Shigeta Yasuteru
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