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原田 隆平
Harada, Ryuhei
計算科学研究センター , 准教授
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リボソーム内の化学的性質が翻訳中のタンパク質の立体構造に影響する
2024-08-20
原田 隆平
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UBE学術振興財団第64回学術奨励賞
2024-04-01
原田 隆平
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スーパーコンピュータを活用して「効く薬の候補」を素早く見つけ出す | 重田 育照
2021-04-01
重田 育照 広川 貴次 原田 隆平
オープンアクセス版の論文は「つくばリポジトリ」で読むことができます。
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61.
A Post-Process to Estimate an Approximated Minimal Free Energy Path Based on Local Centroids
Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
Chemical Physics Letters 782: 139003 (5 pages) (2021) Semantic Scholar
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62.
Split Conformation of Chaetomium Thermophilum Hsp104 Disaggregase
Yosuke Inoue; Yuya Hanazono; Kentaro Noi; Akihiro Kawamoto (+12 著者) Masafumi Yohda
Structure 29: 1 (2021) Semantic Scholar
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63.
pyProGA - A PyMOL Plugin for Protein Residue Network Analysis
Vladimir Sladek; Yuta Yamamoto; Ryuhei Harada; Mitsuo ShojiYasuteru Shigeta
PLoS ONE 16: e0255167 (2021) Semantic Scholar
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64.
Comprehensive Predictions of Secondary Structures for Comparative Analysis in Different Species
Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
Journal of Structural Biology 213: 107735 (8 pages) (2021) Semantic Scholar
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65.
Membrane Permeability Evaluated from Solvation Free Energy Calculation of Cyclic Dipeptide
Koki Yanagi, Ryuhei Harada, Yuki Mitsuta, Yasuteru Shigeta
Journal of Computer Chemistry Japan 19: 125 (2021)
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66.
The Folding of Trp-cage is Regulated by Stochastic Flip of the Sidechain of Tryptophan
Takunori Yasuda; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
Chemistry Letters 50: 162 (2021) Semantic Scholar
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67.
Rare Event Sampling of Proteins Based on Distributed Molecular Dynamics Simulations
Ryuhei Harada
Japan Society of Theoretical Chemistry 3: 9 (2021)
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68.
シナプス足場タンパク質 PSD-95 の局在を調節するメカニズムの計算科学的研究
今村彩子; 原田隆平
Tsukuba Journal of Biology 20: 70 - 70 (2021)
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69.
分子動力学計算で解明する維持メチル化酵素 DNMT1 の活性化メカニズム
保田拓範; 原田隆平
Tsukuba Journal of Biology 20: 72 - 72 (2021)
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70.
ヒストンシャペロン yNap1 が核外輸送される機構への計算科学的アプローチ
芦田星; 原田隆平
Tsukuba Journal of Biology 20: 71 - 71 (2021)
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71.
Rearrangements of Water Molecules in Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Enhance Structural Explorations
Rikuri Morita, Yasuteru Shigeta, Ryuhei Harada
Bulletin of the Chemical Society of Japan 94: 97 (2021) Semantic Scholar
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72.
Enhanced Conformational Sampling Method Based on Anomaly Detection Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics: ad-PaCS-MD
Ryuhei Harada; Kota Yamaguchi; Yasuteru Shigeta
Journal of Chemical Theory and Computation 16: 6716 (2020) Semantic Scholar
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73.
The Molecular Mechanism on the Actin-Binding Domain of the Alpha-Actinin Ain1 Elucidated by Molecular Dynamics Simulations and Mutagenesis Experiments
Rikuri Morita, Kentaro Nakano, Yasuteru Shigeta, Ryuhei Harada
The Journal of Physical Chemistry B 124: 8495 (2020) Semantic Scholar
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74.
カスケード選択型分子動力学シミュレーションで実現する環状ペプチドの膜透過シミュレーション
原田隆平
スーパーコンピューティングニュース 特集号 22: 13 (2020)
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75.
Efficient Conformational Sampling of Collective Motions of Proteins with Principal Component Analysis Based Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics
Takanori Yasuda, Yasuteru Shigeta, Ryuhei Harada
Journal of Chemical Information and Modeling 60: 4021 (2020) Semantic Scholar
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76.
Regenerations of Initial Velocities in Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics (PaCS-MD) Enhance the Conformational Transitions of Proteins
Hayato Aida, Yasuteru Shigeta, Ryuhei Harada
CHEMISTRY LETTERS 49: 798 (2020) Semantic Scholar
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77.
The Dynamics of S-adenosyl-methionine and S-adenosyl-homo-cysteine in Mouse Dnmt1 is Driven from their Structural Flexibilities
Takunori Yasuda, Yasuteru Shigeta, Ryuhei Harada
CHEMISTRY LETTERS 49: 785 (2020) Semantic Scholar
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78.
Distribution of Counter Ions in Negatively-charged Lipid/Water/Air Interface: Molecular Dynamics Study
Teruyuki Takahashi, Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta
Chemistry Letters 49: 361 (2020) Semantic Scholar
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79.
Protein Dynamics and the Folding Degree
Vladimir Sladek, Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta
Journal of Chemical Information and Modeling 60: 1559 (2020) Semantic Scholar
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80.
学術賞受賞寄稿「タンパク質の機能発現に重要なレアイベントを抽出するサンプリング手法の開発」
原田隆平
アンサンブル 22: 1 (2020)
書籍等出版物情報はまだありません。
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1.
生体機能を紐解く新しい分子シミュレーション手法の開発
原田 隆平
筑波ミニワークショップ 「計算・分光・情報・合成が拓く分子設計の最前線」 2024年11月14日 招待有り
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2.
中分子創薬を革新する分子シミュレーション手法の開発
原田 隆平
第453回 CBI学会講演会 2024年2月26日 招待有り
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3.
生体機能を紐解く分子シミュレーション手法の開発と応用
原田 隆平
自然科学研究機構 計算科学研究センター スーパーコンピュータワークショップ 2023 2024年1月15日 招待有り
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4.
生体分子の機能解析を実現する分子シミュレーション手法の開発
原田 隆平
2023年度 理論化学研究会 2023年12月8日 招待有り
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5.
高精度な結合エネルギー計算を活用して解明する非従来型アクチンNAP1の薬剤耐性機構
森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
第46回 日本分子生物学会年会 2023年12月7日
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6.
分子動力学計算に基づくホモ二量体酵素の対称/非対称構造が誘導されるメカニズムの解明
岡本 慶乃; 保田 拓範; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
第46回 日本分子生物学会年会 2023年12月6日
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7.
新生ペプチド鎖のリボソームトンネルにおける2次構造形成に関する計算科学的研究
保田 拓範; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
第46回 日本分子生物学会年会 2023年12月6日
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8.
分子動力学計算で解明するTGF-β受容体の多量体形成機序
佐藤 紘歌; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
第46回 日本分子生物学会年会 2023年12月6日
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9.
化合物の結合と膜透過プロセスを紐解くレアイベントサンプリング法の開発
原田 隆平; 森田 陸離; Kowit Hengphasatporn; 重田 育照
日本コンピューター化学会秋季年会 2023年11月25日
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10.
The Computational Study on the Secondary Structure Formation of Nascent Peptides Inside the Ribosome Tunnel
Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
The 61st Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2023年11月16日
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11.
Enhanced Conformational Sampling Based on Structural Generation by the Inverse Transformation Using Principal Component Analysis
Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
The 61st Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2023年11月16日
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12.
Integrated AI-based Modeling and Flexible Docking for Protein-RNA Complexes Refinement
Kowit Hengphasatporn; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
The 61st Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2023年11月14日
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13.
Investigating the Binding Pathway of 2-Pralidoxime for Reactivating Organophosphate-Inhibited Human Acetylcholinesterase
Nalinee Kongkaew; Kowit Hengphasatporn; Yasuteru Shigeta; Thanyada Rungrotmongkol; Ryuhei Harada
The 6th International Conference on Molecular Simulation 2023年10月
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14.
次世代インシリコ創薬を開拓する新しい分子シミュレーション手法の開発
原田 隆平
CBI研究機構量子構造生命科学研究所シンポジウム 2023年9月11日 招待有り
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15.
生体分子の長時間ダイナミクスを抽出する計算手法の開発と適用
原田 隆平
日本曹達 講演会 2023年8月31日 招待有り
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16.
計算科学で紐解く相分離生物学
原田 隆平
学術変革B 「動的溶液環境が制御する生体内自己凝縮過程の統合的理解」 研究会 2023年8月10日 招待有り
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17.
Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics for Sampling Rare Events of Proteins
Ryuhei Harada
The 26th International Annual Symposium on Computational Science and Engineering (ANSCSE 26) 2023年7月20日 招待有り
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18.
計算科学で紐解く相分離生物学
原田 隆平
公益社団法人高分子学会関東支部 主催 「相分離生物学と高分子科学の接点」 2023年2月21日 招待有り
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19.
生体機能を紐解く分子シミュレーション手法開発と応用
原田 隆平
第27回 新学術「高速分子動画」オンラインセミナー 2023年1月31日 招待有り
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20.
Developements of Efficient Molecular Simulation Methods for Elucidating Biological Function of Protein
Ryuhei Harada
2022 EPCC-CCS Workshop 2022年12月14日 招待有り
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1. 特願2015-156703: 情報処理装置, 指標次元抽出方法, および指標次元抽出プログラム
中村 朋健; 原田 隆平; 重田 育照 -
2. 特願15/228,873: Information Processing Apparatus and Index Dimension Extracting Method
Nakamura Tomotake; Harada Ryuhei; Shigeta Yasuteru
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