ホーム > 原田 隆平/ Harada, Ryuhei
原田 隆平
Harada, Ryuhei
計算科学研究センター , 准教授
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リボソーム内の化学的性質が翻訳中のタンパク質の立体構造に影響する
2024-08-20
原田 隆平
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UBE学術振興財団第64回学術奨励賞
2024-04-01
原田 隆平
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スーパーコンピュータを活用して「効く薬の候補」を素早く見つけ出す | 重田 育照
2021-04-01
重田 育照 広川 貴次 原田 隆平
オープンアクセス版の論文は「つくばリポジトリ」で読むことができます。
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81.
学術賞受賞寄稿「タンパク質の機能発現に重要なレアイベントを抽出するサンプリング手法の開発」
原田隆平
アンサンブル 22: 1 (2020)
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82.
天然変性タンパク質の溶解性に ATP が与える影響の分子メカニズム解析
會田 勇斗; 原田 隆平
19: 24 - 24 (2020)
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83.
タンパク質の長時間ダイナミクスを短時間 MDで作る
山口孝太; 原田隆平
19: 23 - 23 (2020)
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84.
Developments of Rare Event Sampling Methods for Proteins
Ryuhei Harada, Vladimir Sladek, Yasuteru Shigeta
JOURNAL OF COMPUTER CHEMISTRY-JAPAN 18: 199 (2019) Semantic Scholar
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85.
Nontargeted Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Based on a Nonredundant Selection Rule for Initial Structures Enhances Conformational Sampling of Proteins
Ryuhei Harada, Vladimir Sladek, Yasuteru Shigeta
Journal of Chemical Information and Modeling 59: 5198 (2019)
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86.
Nontargeted Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Using Time-localized Prediction of Conformational Transitions in Protein Dynamics
Ryuhei Harada, Vladimir Sladek Yasuteru Shigeta
JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION 15: 5144 (2019) Semantic Scholar
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87.
Selection Rules for Outliers in Outlier Flooding Method Regulate its Conformational Sampling Efficiency
Ryuhei Harada, Vladimir Sladek, Yasuteru Shigeta
Journal of Chemical Information and Modeling 59: 3919 (2019) Semantic Scholar
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88.
カスケード選択型分子動力学シミュレーションに基づく低解像度タンパク質構造の精密化
原田隆平
Supercomputing News 21: 5 (2019)
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89.
Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Simulation to Screen for Protein Complexes Generated by Rigid Docking
Ryuhei Harada, Ryunosuke Yoshino, Hiroaki Nishizawa, Yasuteru Shigeta
Journal of Molecular Graphics and Modeling 92: 94 (2019)
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90.
Temperature-Pressure Shuffling Outlier Flooding Method Enhances the Conformational Sampling of Proteins
Ryuhei Harada, Ryunosuke Yoshino, Hiroaki Nishizawa, Yasuteru Shigeta
Journal of Computational Chemistry 40: 1530 (2019)
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91.
Possible Configurations of Apo-form Taste Receptor Type 1 (T1r) Studied by Microsecond-Order Molecular Dynamics Simulation
Hayato Aida, Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta
Chemistry Letters 48: 325 (2019) Semantic Scholar
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92.
Molecular Dynamics Studies on the Effects of Antifreezing Protein from Rhagium Inquisitor (RiAFP) onIce Growth
Masato Kimatsuka, Ryuma Sato, Ryuhei Harada, Mitsuo Shoji, Yasuteru Shigeta
Journal of Computational Chemistry Japan 17: 222 (2019)
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93.
Studies of Molecular Crowding by Simulations and Development of Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics
Ryuhei Harada
Association of Asia Pacific Physical Society 29: 49 (2019)
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94.
Effects of Antifreezing Protein from Rhagium inquisitor Binding on Ice Growth: A Molecular Dynamics Study
Masato Kimatsuka, Ryuma Sato, Ryuhei Harada, Mitsuo Shoji, Yasuteru Shigeta
Chemistry Letters 48: 223 (2019) Semantic Scholar
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95.
Hybrid Cascade-Type Molecular Dynamics with a Markov State Model for Efficient Free Energy Calculations
Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta
JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION 15: 680 (2019) Semantic Scholar
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96.
カスケード選択型分子動力学シミュレーションの開発とタンパク質構造変化予測への適用
原田隆平
平成29年度・京都大学スーパーコンピュータ共同研究制度広報 17: 16 (2018)
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97.
Studies of Molecular Crowding by Simulations and Development of Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics
Ryuhei Harada
BUTSURI 73: 893 (2018)
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98.
Simple, yet Efficient Conformational Sampling Methods for Reproducing/Predicting Biologically Rare Events of Proteins
Ryuhei Harada
Bulletin of the Chemical Society of Japan 91: 1436 (2018)
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99.
Selection Rules on Initial Structures in Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Affect Conformational Sampling Efficiency
Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta
Journal of Molecular Graph and Modeling 85: 153 (2018)
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100.
The Formation of Hydrophobic Core Regulates the Protein Folding of Villin Elucidated with Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics
Ryuhei Harada, Hayato Aida, Yasuteru Shigeta
Chemistry Letters 47: 1300 (2018) Semantic Scholar
書籍等出版物情報はまだありません。
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1.
生体機能を紐解く新しい分子シミュレーション手法の開発
原田 隆平
筑波ミニワークショップ 「計算・分光・情報・合成が拓く分子設計の最前線」 2024年11月14日 招待有り
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2.
中分子創薬を革新する分子シミュレーション手法の開発
原田 隆平
第453回 CBI学会講演会 2024年2月26日 招待有り
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3.
生体機能を紐解く分子シミュレーション手法の開発と応用
原田 隆平
自然科学研究機構 計算科学研究センター スーパーコンピュータワークショップ 2023 2024年1月15日 招待有り
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4.
生体分子の機能解析を実現する分子シミュレーション手法の開発
原田 隆平
2023年度 理論化学研究会 2023年12月8日 招待有り
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5.
高精度な結合エネルギー計算を活用して解明する非従来型アクチンNAP1の薬剤耐性機構
森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
第46回 日本分子生物学会年会 2023年12月7日
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6.
分子動力学計算に基づくホモ二量体酵素の対称/非対称構造が誘導されるメカニズムの解明
岡本 慶乃; 保田 拓範; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
第46回 日本分子生物学会年会 2023年12月6日
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7.
新生ペプチド鎖のリボソームトンネルにおける2次構造形成に関する計算科学的研究
保田 拓範; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
第46回 日本分子生物学会年会 2023年12月6日
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8.
分子動力学計算で解明するTGF-β受容体の多量体形成機序
佐藤 紘歌; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
第46回 日本分子生物学会年会 2023年12月6日
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9.
化合物の結合と膜透過プロセスを紐解くレアイベントサンプリング法の開発
原田 隆平; 森田 陸離; Kowit Hengphasatporn; 重田 育照
日本コンピューター化学会秋季年会 2023年11月25日
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10.
The Computational Study on the Secondary Structure Formation of Nascent Peptides Inside the Ribosome Tunnel
Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
The 61st Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2023年11月16日
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11.
Enhanced Conformational Sampling Based on Structural Generation by the Inverse Transformation Using Principal Component Analysis
Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
The 61st Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2023年11月16日
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12.
Integrated AI-based Modeling and Flexible Docking for Protein-RNA Complexes Refinement
Kowit Hengphasatporn; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
The 61st Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2023年11月14日
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13.
Investigating the Binding Pathway of 2-Pralidoxime for Reactivating Organophosphate-Inhibited Human Acetylcholinesterase
Nalinee Kongkaew; Kowit Hengphasatporn; Yasuteru Shigeta; Thanyada Rungrotmongkol; Ryuhei Harada
The 6th International Conference on Molecular Simulation 2023年10月
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14.
次世代インシリコ創薬を開拓する新しい分子シミュレーション手法の開発
原田 隆平
CBI研究機構量子構造生命科学研究所シンポジウム 2023年9月11日 招待有り
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15.
生体分子の長時間ダイナミクスを抽出する計算手法の開発と適用
原田 隆平
日本曹達 講演会 2023年8月31日 招待有り
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16.
計算科学で紐解く相分離生物学
原田 隆平
学術変革B 「動的溶液環境が制御する生体内自己凝縮過程の統合的理解」 研究会 2023年8月10日 招待有り
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17.
Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics for Sampling Rare Events of Proteins
Ryuhei Harada
The 26th International Annual Symposium on Computational Science and Engineering (ANSCSE 26) 2023年7月20日 招待有り
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18.
計算科学で紐解く相分離生物学
原田 隆平
公益社団法人高分子学会関東支部 主催 「相分離生物学と高分子科学の接点」 2023年2月21日 招待有り
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19.
生体機能を紐解く分子シミュレーション手法開発と応用
原田 隆平
第27回 新学術「高速分子動画」オンラインセミナー 2023年1月31日 招待有り
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20.
Developements of Efficient Molecular Simulation Methods for Elucidating Biological Function of Protein
Ryuhei Harada
2022 EPCC-CCS Workshop 2022年12月14日 招待有り
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1. 特願2015-156703: 情報処理装置, 指標次元抽出方法, および指標次元抽出プログラム
中村 朋健; 原田 隆平; 重田 育照 -
2. 特願15/228,873: Information Processing Apparatus and Index Dimension Extracting Method
Nakamura Tomotake; Harada Ryuhei; Shigeta Yasuteru
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