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原田隆平

Harada, Ryuhei

計算科学研究センター , 准教授
Center for Computational Sciences

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101. The Formation of Hydrophobic Core Regulates the Protein Folding of Villin Elucidated with Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Ryuhei Harada, Hayato Aida, Yasuteru Shigeta
Chemistry Letters 47: 1300 (2018) Semantic Scholar
102. カスケード型超並列シミュレーションに立脚した遷移経路探索法の開発とFtsZ細胞分裂ダイナミクスへの適用原田隆平
スーパーコンピューティングニュース特集号 20: 15 (2018)
103. Temperature-Shuffled Structural Dissimilarity Sampling Based on a Root-Mean-Square Deviation Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta
Journal of Chemical Information and Modeling 58: 1397 (2018)
104. How does Friction Coefficient Affect the Conformational Sampling Efficiency of Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics? Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta
Chemistry Letters 47: 1119 (2018) Semantic Scholar
105. Coulomb and CH–π Interactions in (6–4) Photolyase–DNA Complex Dominate DNA Binding and Repair Ability Yuma Terai; Ryuma Sato; Takako Yumiba; Ryuhei Harada (+6 著者) Junpei Yamamoto
Nucleic Acid Research 46: 6761 (2018) Semantic Scholar
106. Developments of Innovative Molecular Simulation Methods for Understanding the Biological Functions Ryuhei Harada
Chemical Industry 69: 11 (2018)
107. How Low-Resolution Structural Data Predict the Conformational Changes of a Protein: A Study on Data-Driven Molecular Dynamics Simulations Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta
Physical Chemistry Chemical Physics 20: 17790 (2018) Semantic Scholar
108. On-the-Fly Specifications of Reaction Coordinates in Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Accelerate Conformational Transitions of Proteins Ryuhei Harada; Yasuteru Shigeta
Journal of Chemical Theory and Computation 14: 3332 (2018) Semantic Scholar
109. Recent Extensions and Applications of Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Simulations Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta
Activity Report 2017 / Supercomputer Center, Institute for Solid State Physics (The University of Tokyo) (2018)
110. Analyses on Dynamic Ordering of Protein Functions by means of Cascade Selection Molecular Dynamics Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta
JOURNAL OF COMPUTER CHEMISTRY-JAPAN 17: 45 (2018) Semantic Scholar
111. Development of Molecular Crowding and Cascade-Type Massive Parallel Simulation Methods for Biological Functions of Proteins Ryuhei Harada
Chemistry and Chemical Industry 71: 213 (2018)
112. An Assessment of Optimal Time Scale of Conformational Resampling for Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta
Molecular Simulation 44: 206 (2018) Semantic Scholar
113. The Binding Structure and Affinity of Photodamaged Duplex DNA with Members of the Photolyase/Cryptochrome Family: A Computational Study Ryuma Sato, Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta
BIOPHYSICS AND PHYSICOBIOLOGY 15: 18 (2018) Semantic Scholar
114. Programed Dynamical Ordering in Self-Organization Processes of a Nanocube: A Molecular Dynamics Study Ryuhei Harada; Takako Mashiko; Masanori Tachikawa; Shuichi HiraokaYasuteru Shigeta
Physical Chemistry Chemical Physics 20: 9115 (2018) Semantic Scholar
115. Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Simulations for Transition Pathway Sampling of Biomolecules Ryuhei Harada; Yasuteru Shigeta
Advances in Quantum Chemistry 78: 129 (2018) Semantic Scholar
116. 生物学的レアイベントを再現予測するタンパク質構造サンプリング手法の開発原田, 隆平; 重田, 育照
Meeting Abstracts of the Physical Society of Japan 73: 3010 - 3010 (2018)
117. カスケード型並列分子動力学シミュレーションとマルコフ状態モデルを併用したタンパク質の自由エネルギー計算原田, 隆平; 重田, 育照
Meeting Abstracts of the Physical Society of Japan 73: 2525 - 2525 (2018)
118. 生物学的レアイベントを再現予測するタンパク質構造サンプリング手法の開発原田, 隆平; 重田, 育照
Meeting Abstracts of the Physical Society of Japan 73: 3010 - 3010 (2018)
119. カスケード型並列分子動力学シミュレーションとマルコフ状態モデルを併用したタンパク質の自由エネルギー計算原田, 隆平; 重田, 育照
Meeting Abstracts of the Physical Society of Japan 73: 2525 - 2525 (2018)
120. 生物学的レアイベントを再現予測するタンパク質構造サンプリング手法の開発原田, 隆平; 重田, 育照
Meeting Abstracts of the Physical Society of Japan 73: 3010 - 3010 (2018)

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4. 生体分子の機能解析を実現する分子シミュレーション手法の開発原田隆平
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10. The Computational Study on the Secondary Structure Formation of Nascent Peptides Inside the Ribosome Tunnel Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
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The 61st Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2023年11月16日
12. Integrated AI-based Modeling and Flexible Docking for Protein-RNA Complexes Refinement Kowit Hengphasatporn; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
The 61st Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2023年11月14日
13. Investigating the Binding Pathway of 2-Pralidoxime for Reactivating Organophosphate-Inhibited Human Acetylcholinesterase Nalinee Kongkaew; Kowit Hengphasatporn; Yasuteru Shigeta; Thanyada Rungrotmongkol; Ryuhei Harada
The 6th International Conference on Molecular Simulation 2023年10月
14. 次世代インシリコ創薬を開拓する新しい分子シミュレーション手法の開発原田隆平
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15. 生体分子の長時間ダイナミクスを抽出する計算手法の開発と適用原田隆平
日本曹達講演会 2023年8月31日招待有り
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The 26th International Annual Symposium on Computational Science and Engineering (ANSCSE 26) 2023年7月20日招待有り
18. 計算科学で紐解く相分離生物学原田隆平
公益社団法人高分子学会関東支部主催「相分離生物学と高分子科学の接点」 2023年2月21日招待有り
19. 生体機能を紐解く分子シミュレーション手法開発と応用原田隆平
第27回新学術「高速分子動画」オンラインセミナー 2023年1月31日招待有り
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1. 特願2015-156703: 情報処理装置, 指標次元抽出方法, および指標次元抽出プログラム
中村朋健; 原田隆平; 重田育照
2. 特願15/228,873: Information Processing Apparatus and Index Dimension Extracting Method
Nakamura Tomotake; Harada Ryuhei; Shigeta Yasuteru