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原田 隆平
Harada, Ryuhei
計算科学研究センター , 准教授 Center for Computational Sciences

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リボソーム内の化学的性質が翻訳中のタンパク質の立体構造に影響する
2024-08-20
原田 隆平

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UBE学術振興財団第64回学術奨励賞
2024-04-01
原田 隆平

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スーパーコンピュータを活用して「効く薬の候補」を素早く見つけ出す | 重田 育照
2021-04-01
重田 育照 広川 貴次 原田 隆平
オープンアクセス版の論文は「つくばリポジトリ」で読むことができます。
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1.
Precursor Dimer of 3D Domain Swapping During the Folding Process of Cytochrome c
Cheng Xie; Takahiro Sakai; Hongxu Yang; Ryuhei Harada (+6 著者) Shun Hirota
Journal of the American Chemical Society, under resubmission (2026)
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2.
AI-Assisted OFLOOD: An Enhanced Sampling Method for Unveiling and Validating Protein Structures Based on AI-Predicted Transition Paths
Toma Aoki; Ryuhei Harada
Bioinformatics, under review (2026)
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3.
Molecular Mechanism of Amino Acids for Stabilizing Protein Dispersions
Takahiro Fujii; Ryuhei Harada
Langmuir, XXXX, XXX, XXX−XXX (2026)
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4.
Diffusion Mechanism of Human Perforin-1 on Lipid Membrane Surfaces
Yuri Kasubuchi; Ryuhei Harada
The Journal of Physical Chemistry B, XXXX, XXX, XXX−XXX (2026)
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5.
Striatal Type I Interferon Responses Drive Disease Progression in the Amyotrophic Lateral Sclerosis
Shogo Tanabe; Akiko Uyeda; Keisuke Sekine; Koryo Obata (+12 著者) Rieko Muramatsu
Nature Neuroscience, under revision (2026)
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6.
Aromatic Fluorination Enhances Hydrophobicity and Antimicrobial Activity of Magainin 2
Suzuri Miyoshi; Koryo Obata; Hiroto Murata; Manaya Morishita (+2 著者) Kohei Sato
ACS Applied Materials & Interfaces 18: 42323 (2026)
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7.
LB-PaCS-MD Guided Simulations Reveal Catch Bond Mechanism in TCR–pMHC Dissociation
Kun Karnchanapandh; Phichayut Songpipa; Chonnikan Hanpaibool; Ryuhei Harada (+2 著者) Thanyada Rungrotmongkol
Journal of Chemical Information Modeling, in press (2026)
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8.
Computational Insights into the pH-Dependent Behavior of Ipilimumab-CTLA-4: A Switchable Antibody
Wanda Destiarani; Kowit Hengphasatporn; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
Physical Chemistry Chemical Physics 28: 12828 (2026)
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9.
Desorption Dynamics of Interstellar Molecule on Amorphous Solid Water Investigated by Machine Learning Potential-based PaCS-MD Simulation
Natsuki Watanabe; Johannes Kӓstner; Yuta Hori; Yasuteru Shigeta (+1 著者) Ryuhei Harada
The Journal of Chemical Physics 164: 144310 (2026) Semantic Scholar
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10.
Free Energy Calculation Method Based on Enhanced Sampling of Diverse Protein Conformations Predicted by Artificial Intelligence
Toma Aoki; Ryuhei Harada
The Journal of Physical Chemistry Letters 17: 3706 (2026) Semantic Scholar
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11.
Amide-to-Chloroalkene Substitution for Peptide Backbone Modification to Enhance Membrane Permeability
Sayuri Takeo; Mio Takeda; Chihiro Iio; Ai Sakakibara (+9 著者) Tetsuo Narumi
Journal of Medicinal Chemistry 69: 6440 (2026) Semantic Scholar
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12.
DFDD: A Cloud-Ready Tool for Distance-Guided Fully Dynamic Host–Guest Complexation
Kowit Hengphasatporn; Lian Duan; Ryuhei Harada; Yasuteru Shigeta
Journal of Chemical Information and Modeling 66: 1955 (2026) Semantic Scholar
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13.
Phosphorylation on the N-terminal in Hmt1 Enhances Dimerization by Exposing the Binding Surface
Miyabi Endo; Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Tomoaki Mizuno (+1 著者) Ryuhei Harada
The Journal of Physical Chemistry B 130: 723 (2026)
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14.
Chemical Diversity within Chaperonins Contributes to Stabilizing Substrate Protein Configurations
Takunori Yasuda; Yoshino Okamoto; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
The Journal of Physical Chemistry Letter, 16: 6321 (2025)
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15.
Construction of PROTAC-Mediated Ternary Complex Structure Distribution Profiles Using Extensive Conformational Search
Genki Kudo; Takumi Hirao; Ryuhei Harada; Yasuteru Shigeta (+1 著者) Ryunosuke Yoshino
Journal of Chemical Information and Modeling 65: 6939 (2025)
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16.
Rational Designed and Engineered Antimicrobial Peptides with High Selectivity and Efficiency Against Phytopathogenic Ralstonia Solanecearum
Melvalia Cristin Manik; Kikrusenuo Kiewhuo; Thanyada Rungrotmongkol; Lian Duan (+4 著者) Alisa Vangnai
Science of the Total Environment 976: 179354 (2025)
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17.
In Silico Study on the Intrusion Process of an Inhibitor into AQP7 Channel Toward Efficient Drug Design
Koryo Obata; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
Chemistry Letters 54: upaf063 (2025)
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18.
PaCS-Q: Enhanced Sampling Techniques in QM/MM Molecular Dynamics Simulations
Lian Duan; Kowit Hengphasatporn; Ryuhei Harada; Yasuteru Shigeta
Journal of Chemical Theory and Computation, 21: 4309 (2025)
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19.
Plug-and-Play Toolkit for Ligand-Binding Path Sampling Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Simulation for AMBER and GROMACS
Ryuhei Harada; Kowit Hengphasatporn; Yasuteru Shigeta
(2025)
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20.
Characterization of Delta-7 Alkenone Desaturase in Haptophytes Emiliania Huxleyi Through the Heterologous Expression in Tisochrysis Lutea
Kohei Yoneda; Chinatsu Kobayashi; Hiroya Araie; Rikuri Morita (+4 著者) Iwane Suzuki
Marine Biotechnology 27: 1 (2025)
書籍等出版物情報はまだありません。
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21.
Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics for Sampling Rare Events of Proteins
Ryuhei Harada
The 26th International Annual Symposium on Computational Science and Engineering (ANSCSE 26) 2023年7月20日 招待有り
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22.
計算科学で紐解く相分離生物学
原田 隆平
公益社団法人高分子学会関東支部 主催 「相分離生物学と高分子科学の接点」 2023年2月21日 招待有り
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23.
生体機能を紐解く分子シミュレーション手法開発と応用
原田 隆平
第27回 新学術「高速分子動画」オンラインセミナー 2023年1月31日 招待有り
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24.
Developements of Efficient Molecular Simulation Methods for Elucidating Biological Function of Protein
Ryuhei Harada
2022 EPCC-CCS Workshop 2022年12月14日 招待有り
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25.
Enhanced Samplingにおける構造妥当性の評価は外部バイアスを適切に制御する
保田 拓範; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
第36回 分子シミュレーション討論会 2022年12月5日
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26.
中分子の膜透過性に対する計算手法の検討
高橋 輝行; Kowit Hengphasatporn; 原田 隆平; 重田 育照
日本コンピューター化学会 2022年 秋季年会 2022年11月27日
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27.
分子動力学計算に基づくシロイヌナズナおよび エンバクHPPD-メソトリオン複合体の結合挙動解析
宗井 陽平; 堀 優太; Kowit Hengphasatporn; 原田 隆平; 重田 育照
日本コンピューター化学会 2022年 秋季年会 2022年11月26日
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28.
脂質二重膜を考慮した膜タンパク質に対するドッキング手法の開発
森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
第50回 構造活性相関シンポジウム 2022年11月11日
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29.
化合物の膜透過プロセスを紐解く自由エネルギー計算手法の開発
原田 隆平; 森田 陸離; 重田 育照
第50回 構造活性相関シンポジウム 2022年11月11日
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30.
Structural Validation by the G-factor Properly Regulates Boost Potentials Imposed in Conformational Sampling of Proteins
Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
The 60th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2022年9月30日
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31.
LogP-corrected Membrane Docking Score Screens Protein-Ligand-Membrane Complexes
Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
The 60th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2022年9月28日
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32.
A Computational Study on the Half-Site Activity Mechanism of Homodimeric Tyrosyl tRNA Synthetase
Yoshino Okamoto; Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
The 60th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2022年9月28日
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33.
生体機能を解明する分子シミュレーション手法の開発と応用
原田 隆平
物性研短期研究会 「理論タンパク質物性科学の最前線:理論と実験との密な協働」 2022年7月27日 招待有り
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34.
Molecular Dynamics Simulation Reveals Structural Variations of Metallothionein with or without Zinc Ions
Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
The 8th International Symposium on Metallomics 2022年7月12日
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35.
タンパク質の機能を解明する分子シミュレーション手法の開発
原田 隆平
第22回 日本蛋白質科学会年会 2022年6月8日 招待有り
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36.
Structural Diversity of Metallothionein Revealed by Using Molecular Dynamics Simulations
Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
第44回 日本分子生物学会 年会 2021年12月
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37.
Elucidation of Dnmt1 Activation Mechanism by Ubiquitinated Histones Using Molecular Dynamics Simulations
Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
第44回 日本分子生物学会 年会 2021年12月
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38.
Classification of Intrinsically Disordered Regions involved in Liquid-Liquid Phase Separation Using the Novel Score
Hayato Aida; Ryuhei Harada; Yasuteru Shigeta; Kentaro Tomii
第59回 日本生物物理学会 年会 2021年11月
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39.
ペプチドの膜透過性を評価する分子シミュレーション技術の創出
原田 隆平
CBI学会(情報計算化学生物学会)2021年度大会 フォーカストセッション「ペプチド創薬を指向した計算科学の最前線」 2021年10月28日 招待有り
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40.
異常検知を利用してタンパク質の構造変化を予測する
原田 隆平
筑波大学計算科学研究センター ビッグデータ・AI連携推進室 機械学習・AI入門シリーズ #1 2021年7月13日 招待有り
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1. 特願2015-156703: 情報処理装置, 指標次元抽出方法, および指標次元抽出プログラム
中村 朋健; 原田 隆平; 重田 育照 -
2. 特願15/228,873: Information Processing Apparatus and Index Dimension Extracting Method
Nakamura Tomotake; Harada Ryuhei; Shigeta Yasuteru
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