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原田隆平

Harada, Ryuhei

計算科学研究センター , 准教授

オープンアクセス版の論文は「つくばリポジトリ」で読むことができます。

1. Construction of PROTAC-Mediated Ternary Complex Structure Distribution Profiles Using Extensive Conformational Search Genki Kudo; Takumi Hirao; Ryuhei Harada; Yasuteru Shigeta (+1 著者) Ryunosuke Yoshino
Journal of Chemical Information and Modeling, DOI: 10.1021/acs.jcim.5c00102, in press: (2025)
2. Chemical Diversity within Chaperonins Contributes to Stabilizing Substrate Protein Configurations Takunori Yasuda; Yoshino Okamoto; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
The Journal of Physical Chemistry Letter, 16: 6321 (2025)
3. Rational Designed and Engineered Antimicrobial Peptides with High Selectivity and Efficiency Against Phytopathogenic Ralstonia Solanecearum Melvalia Cristin Manik; Kikrusenuo Kiewhuo; Thanyada Rungrotmongkol; Lian Duan (+4 著者) Alisa Vangnai
Science of the Total Environment 976: 179354 (2025)
4. In Silico Study on the Intrusion Process of an Inhibitor into AQP7 Channel Toward Efficient Drug Design Koryo Obata; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
Chemistry Letters 54: upaf063 (2025)
5. PaCS-Q: Enhanced Sampling Techniques in QM/MM Molecular Dynamics Simulations Lian Duan; Kowit Hengphasatporn; Ryuhei Harada; Yasuteru Shigeta
Journal of Chemical Theory and Computation, 21: 4309 (2025)
6. Plug-and-Play Toolkit for Ligand-Binding Path Sampling Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Simulation for AMBER and GROMACS Ryuhei Harada; Kowit Hengphasatporn; Yasuteru Shigeta
(2025)
7. Characterization of Delta-7 Alkenone Desaturase in Haptophytes Emiliania Huxleyi Through the Heterologous Expression in Tisochrysis Lutea Kohei Yoneda; Chinatsu Kobayashi; Hiroya Araie; Rikuri Morita (+4 著者) Iwane Suzuki
Marine Biotechnology 27: 1 (2025)
8. Unveiling the Antiviral Inhibitory Activity of Ebselen and Ebsulfur Derivatives on SARS-CoV-2 Using Machine Learning-based QSAR, LB-PaCS-MD, and Experimental Assay Silpsiri Sinsulpsiri; Yuji Nishii; Qing-Feng Xu-Xu; Masahiro Miura (+12 著者) Thanyada Rungrotmongkol
Scientific Report 15: 6956 (2025)
9. Phosphorylation on the N-terminal in Hmt1 Enhances Dimerization by Exposing the Binding Surface Miyabi Endo; Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Tomoaki Mizuno (+1 著者) Ryuhei Harada
Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, Manuscript Prot-00427-2024, under review: (2025)
10. The Behavior of Water in Superheated Liquid Phase Observed in Molecular Dynamics Simulation Morita Rikuri; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
Chemistry Letters, Manuscript ID CL-240416, under review: (2024)
11. BEMM-GEN: A Tool for Generating a Biomolecular Environment Mimicking Model for Molecular Dynamics Simulation Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
Journal of Chemical Information and Modeling 64: 7184 (2024)
12. Structural Fluctuation in Homodimeric Aminoacyl-tRNA Synthetases Induces Half-of-the-sites Activity Yoshino Okamoto; Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Yasuteru ShigetaRyuhei Harada
The Journal of Physical Chemistry B 128: 10823 (2024)
13. Evaluating Solubility, Stability, and Inclusion Complexation of Oxyresveratrol with Various β-cyclodextrin Derivatives Using Advanced Computational Techniques and Experimental Validation Saba Ali; Aamir Aman; Kowit Hengphasatporn; Ryo Fujiki (+7 著者) Thanyada Rungrotmongkol
Computational Biology and Chemistry, 112: 108111 (2024)
14. CommunicationMachine Learning-Based QSAR and LB-PaCS-MD Guided Design of SARS-CoV-2 Main Protease Inhibitors Borwornlak Toopradab; Wanting Xie; Lian Duan; Kowit Hengphasatporn (+5 著者) Thanyada Rungrotmongkol
Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters 110: 129852 (2024)
15. Structural Generation by Inverse Transformation Using Principal Component Analysis Enhances Conformational Sampling of Protein Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
Bulletin of the Chemical Society of Japan 97: uoae087 (2024)
16. Ribosome Tunnel Environment Drives the Formation of α-Helix During Co-Translational Folding Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
Journal of Chemical Information and Modeling 64: 6610 (2024) Semantic Scholar
17. Prediction of the Binding Mechanism of a Selective DNA Methyltransferase 3A Inhibitor by Molecular Simulation Genki Kudo; Takumi Hirao; Ryuhei Harada; Takatsugu Hirokawa (+1 著者) Ryunosuke Yoshino
Scientific Report 14: 13508 (2024)
18. Alpha and Gamma Mangostins Inhibit Wild-type B SARS-CoV-2 More Effectively than the SARS-CoV-2 Variants and the Major Target is Unlikely a 3C-like Protease Aphinya Suroengri; Van Cao; Patcharin Wilasluck; Peerapon Deetanya (+11 著者) Siwaporn Boonyasuppayakorn
Heliyon 10: e31987 (2024)
19. Development of Membrane Permeability Coefficient by Means of Novel Molecular Dynamics Methods Ryuhei Harada; Yuki Mitsuta; Yasuteru Shigeta
YAKUGAKU ZASSHI 144: 545 (2024)
20. Preferential Door for Ligand Binding and Unbinding Pathways in Inhibited Human Acetylcholinesterase Nalinee Kongkaew; Kowit Hengphasatporn; Yasuteru Shigeta; Thanyada RungrotmongkolRyuhei Harada
The Journal of Physical Chemistry Letters 15: 5696 (2024)

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41. 創薬研究を加速する分子シミュレーション技術の創出原田隆平
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43. マルチウォーカーの再配置に基づく効率的なタンパク質構造サンプリング法の開発保田拓範; 森田陸離; 重田育照; 原田隆平
第34回分子シミュレーション討論会 2020年12月
44. ld-PaCS-MD : PaCS-MDに基づくタンパク質−リガンド結合経路探索會田勇斗; 重田育照; 原田隆平
第34回分子シミュレーション討論会 2020年12月
45. モーフィングを利用してタンパク質の構造遷移を効率よく評価する森田陸離, 重田育照, 原田隆平
第34回分子シミュレーション討論会 2020年12月
46. PaCS-MDと異常検知を援用したレアイベントサンプリング法の開発原田隆平; 山口孝太; 重田育照
第34回分子シミュレーション討論会 2020年12月
47. A Development of Ligand Docking Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics (ld-PaCS MD) and its Applications Hayato Aida; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
第58回日本生物物理学会年会 2020年9月
48. Theoretical Analyses on Dynamic Properties of DNA methyltransferase 1 and its Cofactors Based on All-atom Molecular Dynamics Simulations Takunori Yasuda; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
第58回日本生物物理学会年会 2020年9月
49. Development of de novo Method for Searching Protein-Ligands Binding Pathway: Ligand-Docking Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics (ld-PaCS-MD) Hayato Aida; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
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50. The Analyses of Dynamic Properties of Dnmt1 and Cofactors Based on All-atom Molecular Dynamics Simulations Takunori Yasuda; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
2020 World Conference on Protein Science 2020年7月
51. 分散型シミュレーションに基づくレアイベントサンプリング法の開発原田隆平
化学反応のポテンシャル曲面とダイナミックス 2020年3月26日招待有り
52. 新しい機能分子設計を目指した分子シミュレーション手法の開発原田隆平
第100回日本化学会春季年会「特別企画」分子のレジデンスを考える−新しい機能分子設計の鍵として− 2020年3月22日招待有り
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54. タンパク質の機能発現に重要なレアイベントを抽出するサンプリング手法の開発 (2019年度分子シミュレーション学会学術賞受賞講演) 原田隆平
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1. 特願2015-156703: 情報処理装置, 指標次元抽出方法, および指標次元抽出プログラム
中村朋健; 原田隆平; 重田育照
2. 特願15/228,873: Information Processing Apparatus and Index Dimension Extracting Method
Nakamura Tomotake; Harada Ryuhei; Shigeta Yasuteru