ホーム > 原田隆平/ Harada, Ryuhei

原田隆平

Harada, Ryuhei

計算科学研究センター , 准教授
Center for Computational Sciences

オープンアクセス版の論文は「つくばリポジトリ」で読むことができます。

1. Striatal Type I Interferon Responses Drive Disease Progression in the Amyotrophic Lateral Sclerosis Shogo Tanabe, Keisuke Sekine, Koryo Obata, Terunori Sano, Akiko Uyeda, Lili Quan, Masaki Ueno, Ryuhei Harada, Koji Okamoto, Masaki Takao, Rieko Muramatsu
Science, submitted (2025)
2. Chemical Diversity within Chaperonins Contributes to Stabilizing Substrate Protein Configurations Takunori Yasuda; Yoshino Okamoto; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
The Journal of Physical Chemistry Letter, 16: 6321 (2025)
3. Construction of PROTAC-Mediated Ternary Complex Structure Distribution Profiles Using Extensive Conformational Search Genki Kudo; Takumi Hirao; Ryuhei Harada; Yasuteru Shigeta (+1 著者) Ryunosuke Yoshino
Journal of Chemical Information and Modeling 65: 6939 (2025)
4. Rational Designed and Engineered Antimicrobial Peptides with High Selectivity and Efficiency Against Phytopathogenic Ralstonia Solanecearum Melvalia Cristin Manik; Kikrusenuo Kiewhuo; Thanyada Rungrotmongkol; Lian Duan (+4 著者) Alisa Vangnai
Science of the Total Environment 976: 179354 (2025)
5. In Silico Study on the Intrusion Process of an Inhibitor into AQP7 Channel Toward Efficient Drug Design Koryo Obata; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
Chemistry Letters 54: upaf063 (2025)
6. PaCS-Q: Enhanced Sampling Techniques in QM/MM Molecular Dynamics Simulations Lian Duan; Kowit Hengphasatporn; Ryuhei Harada; Yasuteru Shigeta
Journal of Chemical Theory and Computation, 21: 4309 (2025)
7. Plug-and-Play Toolkit for Ligand-Binding Path Sampling Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Simulation for AMBER and GROMACS Ryuhei Harada; Kowit Hengphasatporn; Yasuteru Shigeta
(2025)
8. Characterization of Delta-7 Alkenone Desaturase in Haptophytes Emiliania Huxleyi Through the Heterologous Expression in Tisochrysis Lutea Kohei Yoneda; Chinatsu Kobayashi; Hiroya Araie; Rikuri Morita (+4 著者) Iwane Suzuki
Marine Biotechnology 27: 1 (2025)
9. Unveiling the Antiviral Inhibitory Activity of Ebselen and Ebsulfur Derivatives on SARS-CoV-2 Using Machine Learning-based QSAR, LB-PaCS-MD, and Experimental Assay Silpsiri Sinsulpsiri; Yuji Nishii; Qing-Feng Xu-Xu; Masahiro Miura (+12 著者) Thanyada Rungrotmongkol
Scientific Report 15: 6956 (2025)
10. Phosphorylation on the N-terminal in Hmt1 Enhances Dimerization by Exposing the Binding Surface Miyabi Endo; Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Tomoaki Mizuno (+1 著者) Ryuhei Harada
Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, Manuscript Prot-00427-2024, under review: (2025)
11. The Behavior of Water in Superheated Liquid Phase Observed in Molecular Dynamics Simulation Morita Rikuri; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
Chemistry Letters, Manuscript ID CL-240416, under review: (2024)
12. BEMM-GEN: A Tool for Generating a Biomolecular Environment Mimicking Model for Molecular Dynamics Simulation Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
Journal of Chemical Information and Modeling 64: 7184 (2024)
13. Structural Fluctuation in Homodimeric Aminoacyl-tRNA Synthetases Induces Half-of-the-sites Activity Yoshino Okamoto; Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Yasuteru ShigetaRyuhei Harada
The Journal of Physical Chemistry B 128: 10823 (2024)
14. Evaluating Solubility, Stability, and Inclusion Complexation of Oxyresveratrol with Various β-cyclodextrin Derivatives Using Advanced Computational Techniques and Experimental Validation Saba Ali; Aamir Aman; Kowit Hengphasatporn; Ryo Fujiki (+7 著者) Thanyada Rungrotmongkol
Computational Biology and Chemistry, 112: 108111 (2024)
15. CommunicationMachine Learning-Based QSAR and LB-PaCS-MD Guided Design of SARS-CoV-2 Main Protease Inhibitors Borwornlak Toopradab; Wanting Xie; Lian Duan; Kowit Hengphasatporn (+5 著者) Thanyada Rungrotmongkol
Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters 110: 129852 (2024)
16. Ribosome Tunnel Environment Drives the Formation of α-Helix During Co-Translational Folding Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
Journal of Chemical Information and Modeling 64: 6610 (2024) Semantic Scholar
17. Structural Generation by Inverse Transformation Using Principal Component Analysis Enhances Conformational Sampling of Protein Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
Bulletin of the Chemical Society of Japan 97: uoae087 (2024)
18. Prediction of the Binding Mechanism of a Selective DNA Methyltransferase 3A Inhibitor by Molecular Simulation Genki Kudo; Takumi Hirao; Ryuhei Harada; Takatsugu Hirokawa (+1 著者) Ryunosuke Yoshino
Scientific Report 14: 13508 (2024)
19. Alpha and Gamma Mangostins Inhibit Wild-type B SARS-CoV-2 More Effectively than the SARS-CoV-2 Variants and the Major Target is Unlikely a 3C-like Protease Aphinya Suroengri; Van Cao; Patcharin Wilasluck; Peerapon Deetanya (+11 著者) Siwaporn Boonyasuppayakorn
Heliyon 10: e31987 (2024)
20. Development of Membrane Permeability Coefficient by Means of Novel Molecular Dynamics Methods Ryuhei Harada; Yuki Mitsuta; Yasuteru Shigeta
YAKUGAKU ZASSHI 144: 545 (2024)

1 2 3 … 10 »

書籍等出版物情報はまだありません。

41. 創薬研究を加速する分子シミュレーション技術の創出原田隆平
計算メディカルサイエンス第１回全体ミーティング 2021年6月7日
42. Developing a Modified Parameter for Evaluating Physical Property of Intrinsically Disordered Regions Hayato Aida; Ryuhei Harada; Yasuteru Shigeta; Kentaro Tomii
第43回日本分子生物学会年会 2020年12月
43. マルチウォーカーの再配置に基づく効率的なタンパク質構造サンプリング法の開発保田拓範; 森田陸離; 重田育照; 原田隆平
第34回分子シミュレーション討論会 2020年12月
44. ld-PaCS-MD : PaCS-MDに基づくタンパク質−リガンド結合経路探索會田勇斗; 重田育照; 原田隆平
第34回分子シミュレーション討論会 2020年12月
45. モーフィングを利用してタンパク質の構造遷移を効率よく評価する森田陸離, 重田育照, 原田隆平
第34回分子シミュレーション討論会 2020年12月
46. PaCS-MDと異常検知を援用したレアイベントサンプリング法の開発原田隆平; 山口孝太; 重田育照
第34回分子シミュレーション討論会 2020年12月
47. A Development of Ligand Docking Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics (ld-PaCS MD) and its Applications Hayato Aida; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
第58回日本生物物理学会年会 2020年9月
48. Theoretical Analyses on Dynamic Properties of DNA methyltransferase 1 and its Cofactors Based on All-atom Molecular Dynamics Simulations Takunori Yasuda; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
第58回日本生物物理学会年会 2020年9月
49. Development of de novo Method for Searching Protein-Ligands Binding Pathway: Ligand-Docking Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics (ld-PaCS-MD) Hayato Aida; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
2020 World Conference on Protein Science 2020年7月
50. The Analyses of Dynamic Properties of Dnmt1 and Cofactors Based on All-atom Molecular Dynamics Simulations Takunori Yasuda; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
2020 World Conference on Protein Science 2020年7月
51. 分散型シミュレーションに基づくレアイベントサンプリング法の開発原田隆平
化学反応のポテンシャル曲面とダイナミックス 2020年3月26日招待有り
52. 新しい機能分子設計を目指した分子シミュレーション手法の開発原田隆平
第100回日本化学会春季年会「特別企画」分子のレジデンスを考える−新しい機能分子設計の鍵として− 2020年3月22日招待有り
53. 生体機能を解明する分子シミュレーション手法の開発と応用原田隆平
理論タンパク質物性科学の最前線：理論と実験との密な協同 2020年2月27日招待有り
54. タンパク質の機能発現に重要なレアイベントを抽出するサンプリング手法の開発 (2019年度分子シミュレーション学会学術賞受賞講演) 原田隆平
第33回分子シミュレーション討論会 2019年12月10日招待有り
55. 中分子環状ペプチドの膜透過性を評価する分子シミュレーション手法の開発原田隆平
計算メディカルサイエンス事業部発足キックオフシンポジウム 2019年12月6日招待有り
56. カスケード選択型分子動力学シミュレーションで実現する環状ペプチドの膜透過シミュレーション原田隆平
東京大学情報基盤センター H31 インターン・前期「若手・女性利用者推薦」成果報告会 2019年12月3日招待有り
57. レアイベントサンプリング法の開発と応用研究原田隆平; Sladek Vladimir; 重田育照
日本コンピュータ化学会2019年秋季年会 2019年10月24日
58. 生体機能を解明する分子シミュレーション手法の開発と応用原田隆平
筑波大学プレ戦略研究会「生命から学ぶ」 2019年10月10日招待有り
59. in slicoタンパク質設計を実現する分子シミュレーション手法の構築原田隆平
生物工学会シンポジウム"in silicoタンパク質設計で加速するタンパク質工学・応用構造生物学" 2019年9月18日招待有り
60. データ駆動型分子動力学シミュレーションに立脚した効率的タンパク質構造サンプリング手法の開発原田隆平
第408回CBI学会講演会「分子シミュレーション技術の新たなる展望〜AI活用, 高精度力場, データ駆動型シミュレーション」 2019年7月16日招待有り

« 1 2 3 4 »

1. 特願2015-156703: 情報処理装置, 指標次元抽出方法, および指標次元抽出プログラム
中村朋健; 原田隆平; 重田育照
2. 特願15/228,873: Information Processing Apparatus and Index Dimension Extracting Method
Nakamura Tomotake; Harada Ryuhei; Shigeta Yasuteru