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中山 卓郎

Nakayama, Takuro

計算科学研究センター , 助教
Center for Computational Sciences , Assistant Professor

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  1. 1. Convergent reductive evolution of cyanobacteria in symbiosis with Dinophysiales dinoflagellates. Nakayama, Takuro; Nomura, Mami; Yabuki, Akinori; Kogiku, Shiba (+1 著者) Inagaki, Yuji
      bioRχiv (2024) Semantic Scholar
  2. 2. A practical assembly guideline for genomes with various levels of heterozygosity Takako Mochizuki; Mika Sakamoto; Yasuhiro Tanizawa; Takuro Nakayama (+2 著者) Yasukazu Nakamura
      Briefings in Bioinformatics 24: (2023) Semantic Scholar
  3. 3. Three-dimensional architecture and assembly mechanism of the egg-shaped shell in testate amoeba Paulinella micropora Mami Nomura; Keisuke Ohta; Yukinori Nishigami; Takuro Nakayama (+2 著者) Josephine Galipon
      Frontiers in Cell and Developmental Biology 11: (2023) Semantic Scholar
  4. 4. AtLASS: A scheme for end-to-end prediction of splice sites using attention-based bi-LSTM. Harada, Ryo; Kume, Keitaro; Horie, Kazumasa; Nakayama, Takuro (+1 著者) Amagasa, Toshiyuki
      IPSJ Transactions on Bioinformatics 16: 20 - 27 (2023) Semantic Scholar
  5. 5. A novel structural maintenance of chromosomes (SMC)-related protein family specific to Archaea Yoshinaga, Mari; Nakayama, Takuro; Inagaki, Yuji
      FRONTIERS IN MICROBIOLOGY 13: 913088 (2022) Semantic Scholar
  6. 6. Comparative Plastid Genomics of Green-Colored Dinoflagellates Unveils Parallel Genome Compaction and RNA Editing Eriko Matsuo; Kounosuke Morita; Takuro Nakayama; Euki Yazaki (+3 著者) Yuji Inagaki
      Frontiers in Plant Science 13: (2022) Semantic Scholar
  7. 7. Genome evolution of a nonparasitic secondary heterotroph, the diatom Nitzschia putrida Ryoma Kamikawa; Takako Mochizuki; Mika Sakamoto; Yasuhiro Tanizawa (+24 著者) Yasukazu Nakamura
      Science Advances 8: (2022) Semantic Scholar
  8. 8. Rappemonads are haptophyte phytoplankton. Masanobu Kawachi; Takuro Nakayama; Motoki Kayama; Mami Nomura (+7 著者) Ryoma Kamikawa
      Current biology : CB 31: 2395 - 2403 (2021) Semantic Scholar
  9. 9. Signs of the plastid: Enzymes involved in plastid-localized metabolic pathways in a eugregarine species. Euki Yazaki; Ryosuke Miyata; Yasuhiko Chikami; Ryo Harada (+5 著者) Yuji Inagaki
      Parasitology international 83: 102364 - 102364 (2021) Semantic Scholar
  10. 10. Detection of genes positively selected in Cuban Anolis lizards that naturally inhabit hot and open areas and currently thrive in urban areas Shunsuke Kanamori; Antonio Cádiz; Luis M. Díaz; Yuu Ishii (+1 著者) Masakado Kawata
      Ecology and Evolution 11: 1719 - 1728 (2021) Semantic Scholar
  11. 11. Putative genome features of relic green alga-derived nuclei in dinoflagellates and future perspectives as model organisms Takuro Nakayama; Kazuya Takahashi; Ryoma Kamikawa; Mitsunori Iwataki (+1 著者) Goro Tanifuji
      Communicative & Integrative Biology 13: 84 - 88 (2020) Semantic Scholar
  12. 12. Dinoflagellates with relic endosymbiont nuclei as models for elucidating organellogenesis Chihiro Sarai; Goro Tanifuji; Takuro Nakayama; Ryoma Kamikawa (+6 著者) Yuji Inagaki
      Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 117: (2020)
  13. 13. Large DNA virus promoted the endosymbiotic evolution to make a photosynthetic eukaryote Matsuo, Mitsuhiro; Katahata, Atsushi; Tchikawa, Makoto; Minakuchi, Yohei (+11 著者) Obokata, Junichi
      bioRχiv (2019) Semantic Scholar
  14. 14. Single-cell genomics unveiled a cryptic cyanobacterial lineage with a worldwide distribution hidden by a dinoflagellate host Takuro Nakayama
      Proceedings of the National Academy of Sciences 116: 15973 - 15978 (2019) Semantic Scholar
  15. 15. The draft genome of Kipferlia bialata reveals reductive genome evolution in fornicate parasites Goro Tanifuji; Shun Takabayashi; Keitaro Kume; Mizue Takagi (+3 著者) Tetsuo Hashimoto
      PLoS ONE 13: (2018) Semantic Scholar
  16. 16. Genomic divergence within non-photosynthetic cyanobacterial endosymbionts in rhopalodiacean diatoms Takuro Nakayama; Yuji Inagaki
      SCIENTIFIC REPORTS 7: 13075 (2017) Semantic Scholar
  17. 17. Genome sequencing reveals metabolic and cellular interdependence in an amoeba-kinetoplastid symbiosis Goro Tanifuji; Ugo Cenci; Daniel Moog; Samuel Dean (+15 著者) John M. Archibald
      SCIENTIFIC REPORTS 7: 11688 (2017) Semantic Scholar
  18. 18. Evolution of UhpC-type hexose-phosphate transporters in dinoflagellates Yoshihisa Hirakawa; Takuro Nakayama; Nadine Keilert; Ken-ichiro Ishida
      PHYCOLOGICAL RESEARCH 65: 166 - 170 (2017) Semantic Scholar
  19. 19. Diversity of the Photosynthetic Paulinella Species, with the Description of Paulinella micropora sp nov and the Chromatophore Genome Sequence for strain KR01 Duckhyun Lhee; Eun Chan Yang; Jong Im Kim; Takuro Nakayama (+2 著者) Hwan Su Yoon
      PROTIST 168: 155 - 170 (2017) Semantic Scholar
  20. 20. シアノバクテリアと真核藻類の細胞統合―「窒素固定オルガネラ」へ続く道？ 中山卓郎; 稲垣,祐司
      生物の科学 遺伝 70: 176 - 1809 (2016)
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  1. 1. 原生生物学事典 中山, 卓郎
    朝倉書店 2023年5月 (ISBN: 4254171811)
  1. 1. 栽培される共生体：海洋渦鞭毛藻とシアノバクテリアの共生関係 中山, 卓郎
    日本植物学会 第86回大会 2022年9月17日
  2. 2. Paulinella microporaにおけるマイクロボディの局在とその機能推定 野村, 真未; 中山, 卓郎; 中村, 桂一郎; 太田, 啓介
    日本植物学会 第86回大会 2022年9月17日
  3. 3. Draft nucleomorph genomes of green-colored dinoflagellates Inagaki, Yuji; Nakayama, Takuro; Kawakubo, Takashi; Matsuo, Eriko; Takahashi, Kazuya; Iwataki, Mitsunori
    21st Symposium of the International Society of Endocytobiology 2022年7月19日 招待有り
  4. 4. 緑色渦鞭毛藻Lepidodinium chlorophorumにおけるヌクレオモルフゲノムの存在検証 中山卓郎; 稲垣, 祐司
    日本藻類学会第46回大会 2022年3月29日
  5. 5. 緑色渦鞭毛藻Lepidodinium chlorophorumにおけるヌクレオモルフゲノムの存在検証 中山卓郎; 稲垣, 祐司
    日本藻類学会第46回大会 2022年3月29日
  6. 6. 様々なヘテロ接合度の生物を用いたハプロイドセット構築のためのゲノムアセンブリ手法の評価 望月, 孝子; 坂本, 美佳; 谷澤, 靖洋; 中山, 卓郎; 谷藤, 吾朗; 神川, 龍馬; 中村, 保一
    日本分子生物学会年会 2021年12月1日
  7. 7. 緑色渦鞭毛藻3種のペディノ藻由来色素体ゲノム間での共通性と特異性 松尾恵梨子; 森田幸之介; 中山卓郎; 皿井千裕; 高橋和也; 岩滝光儀; 稲垣, 祐司
    日本共生生物学会 第5回大会 2021年11月27日
  8. 8. 原生生物に共生するシアノバクテリアの進化と多様性に関する研究 中山, 卓郎
    日本植物学会 第85回大会 2021年9月18日
  9. 9. 光合成関連遺伝子に着目した緑色渦鞭毛藻TGD株のヌクレオモルフゲノムの解析． 藤代彩花; 磯貝龍邑; 高橋和也; 岩滝光儀; 稲垣, 祐司; 中山卓郎
    日本藻類学会第48回大会
  10. 10. 寄生性ユーグレナ類Euglenaformis parasiticaにおける非光合成性葉緑体の存在とその機能 加藤孝一朗; 南波紀昭; 稲垣, 祐司; 中山剛; 中山卓郎
    日本植物学会第87回大会
  11. 11. 様々なヘテロ接合性レベルを持つゲノムで検証された実用的なアセンブリガイドライン 望月, 孝子; 坂本, 美佳; 谷澤, 靖洋; 中山, 卓郎; 谷藤, 吾朗; 神川, 龍馬; 中村, 保一
    第46回 日本分子生物学会年会
  12. 12. 一次植物内部系統関係におけるタクソンサンプリングの影響：紅藻類と灰色藻類のどちらが初期分岐系統なのか？ 磯貝龍邑; 原田亮; 中山卓郎; 稲垣, 祐司
    日本共生生物学会第7回大会
  13. 13. 細胞サイズ別環境 DNA を用いた共生性シアノバクテリアの探索． 宮本知世; 矢吹彬憲; 野村真未; 柴小菊; 稲葉一男; 稲垣, 祐司; 中山卓郎
    日本共生生物学会第7回大会
  14. 14. Repeated haptophyte endosymbioses in the dinoflagellate family Kareniaceae. Inagaki, Yuji; Benico, Garry; Takahashi, Kazuya; Ryo, Harada; Martinek, Inga; Maciszewski, Kacper; Nakayama, Takuro; Iwataki, Mitsunori; Kolisko, Martin; Hehenberger, Elisabeth
    IX ECOP-ISOP joint meeting 2023 ECOP
  15. 15. Impact of taxon sampling on the relationship among Rhodophyta, Glaucophyta, and Chloroplastida inferred from nuclear gene-based phylogenomic analyses. Isogai, Ryu; Ryo, Harada; Nakayama, Takuro; Inagaki, Yuji
    IX ECOP-ISOP joint meeting 2023 ECOP
  16. 16. A non-kareniacean dinoflagellate with a haptophyte-derived plastid indicates multiple tertiary endosymbioses. Takahashi, Kazuya; Nakayama, Takuro; Inagaki, Yuji; Hehenberger, Elisabeth; Iwataki, Mitsunori
    IX ECOP-ISOP joint meeting 2023 ECOP
  17. 17. AtLASS: A Scheme for end-to-end prediction of splice sites using attention-based bi-LSTM. 原田亮; 久米慶太郎; 堀江和正; 中山卓郎; 稲垣, 祐司; 天笠俊之
    第74回バイオ情報学(SIGBIO)研究会
  18. 18. 最尤系統樹中の2分岐の信頼性に対する新たな評価手法． 番場浩平; 稲垣, 祐司; 原田亮; 中山卓郎; 磯貝龍邑
    第74回バイオ情報学(SIGBIO)研究会
  19. 19. 現在進行中の細胞内共生進化を観察する：配列データから得た進化のスナップショット 中山, 卓郎
    第25回デジタル進化生物セミナー 招待有り
  20. 20. ミクロで起きている大進化！シアノバクテリアと微生物の細胞内共生 中山, 卓郎
    日本植物学会一般向け講演会 招待有り
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