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重田 育照
Shigeta, Yasuteru
計算科学研究センター , 教授 Center for Computational Sciences , Professor
http://www2.ccs.tsukuba.ac.jp/public/shigeta/shigeta_HP/Top_page.html
http://www2.ccs.tsukuba.ac.jp/people/shigeta/shigeta_personal/Message.html
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ISSM best paper
2024-12-10
上殿 明良 蓮沼 隆 重田 育照
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可逆性小児急性肝不全の発症機序の解明-治療薬開発に向けた道筋-
2023-12-27
重田 育照
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量子生命科学会第4回大会 優秀ポスター賞
2022-05-27
庄司 光男 堀 優太 重田 育照
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凝集したタンパク質を元に戻す分子Hsp104 の構造を解明
2021-05-11
重田 育照
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スーパーコンピュータを活用して「効く薬の候補」を素早く見つけ出す | 重田 育照
2021-04-01
重田 育照 広川 貴次 原田 隆平
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1兆分の1秒の時間分解能で液晶分子の動画を観測 -新しい測定・解析手法の確立
2018-02-13
重田 育照
オープンアクセス版の論文は「つくばリポジトリ」で読むことができます。
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221.
Structural Changes in the Trinuclear Copper Center upon the Reduction of Bilirubin Oxidase (BOD)
T. Tokiwa; M. Shoji; V. Sladek; N. Shibata (+3 著者) F Misaizu
Molecules 24: (2019) Semantic Scholar
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222.
計算化学的手法による水/オクタノール分配係数の研究
兒玉, 浩一; Arwansyah; Muhammad Saleh; 川口, 一朋 (+2 著者) 長尾, 秀実
Journal of Computer Chemistry, Japan 18: 241 (2019) Semantic Scholar
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223.
Protein Residue Networks from Energetic and Geometric Data: Are They Identical?
Vladimir Sladek; Hiroaki Tokiwa; Hitoshi Shimano; Yasuteru Shigeta
Journal of Chemical Theory and Computation 14: 6623 (2018) Semantic Scholar
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224.
Redox Potential-Dependent Formation of an Unusual His–Trp Bond in Bilirubin Oxidase
Mahfuza Akter; Takaki Tokiwa; Mitsuo Shoji; Koji Nishikawa (+4 著者) Naoki Shibata
Chemistry - A European Journal 24: 18052 (2018) Semantic Scholar
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225.
Synergetic Effects of Triplet-Triplet Annihilation and Directional Triplet Exciton Migration in Organic Crystals for Photon Upconversion
Ryuma Sato; Hirotaka Kitoh-Nishioka; Kenji Kamada; Toshiko Mizokuro (+1 著者) Yasuteru Shigeta
Journal of Physical Chemistry Letters 9: 6638 (2018) Semantic Scholar
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226.
Protein Residue Networks from Energetic and Geometric Data: Are They Identical?
Sladek, Vladimir; Tokiwa, Hiroaki; Shimano, Hitoshi; Shigeta, Yasuteru
Journal of chemical theory and computation 14: 6623 (2018) Semantic Scholar
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227.
Reaction Pathway of Surface-Catalyzed Ammonia Decomposition and Nitrogen Incorporation in Epitaxial Growth of Gallium Nitride
Kieu My Bui; Jun Ichi Iwata; Yoshihiro Kangawa; Kenji Shiraishi (+1 著者) Atsushi Oshiyama
Journal of Physical Chemistry C 122: 24665 (2018) Semantic Scholar
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228.
In Silico Structural Analysis of Elongation Factor-1 Alpha and Elongation Factor-Like
Kotaro Sakamoto; Megumi Kayanuma; Yasuteru Shigeta
PROTEIN SCIENCE 27: 241 (2018)
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229.
Computational electrochemistry of a novel ferrocene derivative
Ali Ghiami-Shomami; Bahram Ghalami-Choobar; Yasuteru Shigeta
Journal of Molecular Graphics and Modelling 85: 84 (2018) Semantic Scholar
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230.
Selection rules on initial structures in parallel cascade selection molecular dynamics affect conformational sampling efficiency
Harada, Ryuhei; Shigeta, Yasuteru
Journal of molecular graphics & modelling 85: 153 (2018) Semantic Scholar
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231.
Redox potential-dependent formation of an unusual His-Trp bond in bilirubin oxidase
Akter, Mahfuza; Tokiwa, Takaki; Shoji, Mitsuo; Nishikawa, Koji (+4 著者) Shibata, Naoki
Chemistry (Weinheim an der Bergstrasse, Germany) 24: 18052 (2018) Semantic Scholar
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232.
A computational scheme of pK values based on the three-dimensional reference interaction site model self-consistent field theory coupled with the linear fitting correction scheme
Fujiki, Ryo; Kasai, Yukako; Seno, Yuki; Matsui, Toru (+2 著者) Nakano, Haruyuki
Physical chemistry chemical physics : PCCP 20: 27272 (2018) Semantic Scholar
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233.
Computational electrochemistry of a novel ferrocene derivative
Ghiami-Shomami, Ali; Ghalami-Choobar, Bahram; Shigeta, Yasuteru
Journal of molecular graphics & modelling 85: 84 (2018) Semantic Scholar
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234.
Temperature-Shuffled Structural Dissimilarity Sampling Based on a Root-Mean-Square Deviation
Ryuhei Harada; Yasuteru Shigeta
Journal of Chemical Information and Modeling 58: 1397 (2018) Semantic Scholar
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235.
Concerted Mechanism of Water Insertion and O Release during the S to S Transition of the Oxygen-Evolving Complex in Photosystem II
Shoji, Mitsuo; Isobe, Hiroshi; Shigeta, Yasuteru; Nakajima, TakahitoYamaguchi, Kizashi
Journal of Physical Chemistry B 122: 6491 (2018) Semantic Scholar
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236.
On-the-Fly Specifications of Reaction Coordinates in Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Accelerate Conformational Transitions of Proteins
Ryuhei Harada; Yasuteru Shigeta
Journal of Chemical Theory and Computation 14: 3332 (2018) Semantic Scholar
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237.
How low-resolution structural data predict the conformational changes of a protein: a study on data-driven molecular dynamics simulations
Harada, Ryuhei; Shigeta, Yasuteru
Physical chemistry chemical physics : PCCP 20: 17790 (2018) Semantic Scholar
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238.
Dominant role of orbital splitting in determining cathode potential in O3 NaTMO
2 compounds M. Hussein N. Assadi; Yasuteru ShigetaJournal of Power Sources 388: 1 (2018) Semantic Scholar -
239.
Concerted Mechanism of Water Insertion and O Release during the S to S Transition of the Oxygen-Evolving Complex in Photosystem II
Shoji, Mitsuo; Isobe, Hiroshi; Shigeta, Yasuteru; Nakajima, TakahitoYamaguchi, Kizashi
The journal of physical chemistry. B 122: 6491 (2018) Semantic Scholar
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240.
Novel techniques for observing structural dynamics of photoresponsive liquid crystals
Masaki Hada; Shohei Saito; Ryuma Sato; Kiyoshi Miyata (+2 著者) Ken Onda
Journal of Visualized Experiments 2018: e57612 (2018) Semantic Scholar
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1.
Hydrogenomics: The Science of Fully Utilizing Hydrogen
Hori, Yuta; Nishikawa, Koji; Shigeta, Yasuteru; Higuchi, Yoshiki
共立出版 2023年4月
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2.
Recent advances of the fragment molecular orbital method Subtitle: Enhanced performance and applicability
Shigeta, Yasuteru
(担当:分担執筆, 範囲:AnalysisFMO toolkit: PyMOL plugin module to 3D-visualize interaction energies in protein (3D-VIEP) generated by fragment molecular orbital calculation)
Springer 2021年1月 (ISBN: 9789811592355)
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3.
Recent advances of the fragment molecular orbital method Subtitle: Enhanced performance and applicability
Shigeta, Yasuteru
(担当:分担執筆, 範囲:AnalysisFMO toolkit: PyMOL plugin module to 3D-visualize interaction energies in protein (3D-VIEP) generated by fragment molecular orbital calculation)
Springer 2021年1月 (ISBN: 9789811592355)
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4.
Advances in Quantum Chemistry
Shigeta, Yasuteru; Harada, Ryuhei
(担当:分担執筆, 範囲:Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Simulations for Transition Pathway Sampling of Biomolecules)
2019年1月
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5.
Quantum Systems in Physics, Chemistry, and Biology: Advances in Concepts and Applications
Baba, Takeshi; Kamiya, Katsumasa; Shigeta, Yasuteru
(担当:分担執筆, 範囲:Integrated Computational Studies on Mutational Effects of A Nylon-degrading Enzyme)
2017年6月 (ISBN: 9783319502540)
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6.
Reference modules in Materials Science and Engineering 2016
Harada, Ryuhei; Inagaki, Yuji; Shigeta, Yasuteru
(担当:分担執筆, 範囲:Protein Folding and Evolution)
2016年6月
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7.
金属錯体の量子・計算化学
重田,育照; 北河康隆
(担当:分担執筆, 範囲:第4-1章 錯体の伝導性)
2014年10月
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8.
Quantum mechanics Chap. 17
Shigeta,Yasuteru
(担当:分担執筆, 範囲:Quantal Cumulant Mechanics as Extended Ehrenfest Theorem)
InTech open 2013年4月
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9.
Conceptual and Computational Advances in Quantum Chemistry, Chap. 25
Shigeta,Yasuteru
(担当:分担執筆, 範囲:Theoretical Studies on Metal-Containing Artificial DNA Bases”, Advances in the Theory of Atomic and Molecular Systems)
Springer 2012年10月
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10.
Advances in the Theory of Atomic and Molecular Systems, Conceptual and Computational Advances in Quantum Chemistry, Chap. 21
Shigeta,Yasuteru
(担当:分担執筆, 範囲:Quantum Theory in Terms of Cumulant Variables)
Springer 2009年10月
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11.
ADVANCES IN THE THEORY OF ATOMIC AND MOLECULAR SYSTEMS: DYNAMICS, SPECTROSCOPY, CLUSTERS, AND NANOSTRUCTURES
Shigeta, Yasuteru; Miyachi, Hideaki; Matsui, Toru; Yokoyama, Norisuke; Hirao, Kimihiko
(担当:分担執筆, 範囲:Quantum Theory in Terms of Cumulant Variables)
SPRINGER 2009年1月 (ISBN: 9789048129843)
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12.
Challenges and Advances in Computational Chemistry and Physics, Chap. 2
Shigeta,Yasuteru
(担当:分担執筆, 範囲:Single-Reference Methods for Excited States in Molecules and Polymers)
Springer 2008年10月
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13.
物性量子化学入門
重田,育照
(担当:分担執筆, 範囲:第13、14章)
講談社 2004年9月
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1.
理論計算による生体内水素機能メカニズムの解明
堀, 優太; 重田, 育照
第32回日本MRS年次大会 2022年12月5日 招待有り
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2.
自閉症関連Hevin/Sparcl1変異体は構造不安定性を介して小胞体ストレスを誘導する
武富, 巧; 保田, 拓範; 森田, 陸離; 重田, 育照; 原田, 隆平; 鶴田, 文憲
第45回日本分子生物学会 2022年11月30日
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3.
Chiral symmetry breaking for amino acid homochirality by dimerization
渡辺, 七都稀; 庄司光男; 堀, 優太; 重田, 育照
Symposium on Next Generation Astrochemistry 2022 2022年11月29日
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4.
heoretical prediction into a possibility of the formation of propylene oxide homochirality
堀, 優太; 渡辺, 七都稀; 庄司光男; 重田, 育照
Symposium on Next Generation Astrochemistry 2022 2022年11月29日
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5.
有機分子触媒を用いたアミノ酸ラセミ化反応の理論的研究
渡辺, 七都稀; 庄司, 光男; 堀, 優太; 重田, 育照
日本コンピュータ化学会2022年秋季年会 2022年11月25日
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6.
分子動力学計算に基づくシロイヌナズナおよびエンバクHPPD-メソトリオン複合体の結合挙動解析
宗井, 陽平; 堀, 優太; Hengphasatporn, Kowi; 原田, 隆平; 重田, 育照
日本コンピュータ化学会2022年秋季年会 2022年11月25日
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7.
高電位鉄硫黄タンパク質の電子状態と周辺アミノ酸からの影響
堀, 優太; 佐藤, 綾香; 重田, 育照
日本コンピュータ化学会2022年秋季年会 2022年11月25日
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8.
化学反応ネットワークと機械学習による生成物および反応経路予測の可能性
佐藤, 綾香; 堀, 優太; 重田, 育照
第45回ケモインフォマティクス討論会 2022年11月18日
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9.
ヒト型アルギニンメチル化酵素PRMT1遺伝子改変マウスの作出とその解析
姚遠; 加香孝一郎; Kowit, Hengphasatporn; 重田育照; 本村香織; 金俊達; 深水, 昭吉
第95回日本生化学会会 2022年11月9日
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10.
Theoretical characterization of the active site and its formation pathway in oxidized [NiFe]-hydrogenase
堀, 優太; 重田, 育照
第60回 日本生物物理学会年会 2022年9月28日 日本生物物理学会
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11.
高電位鉄硫黄タンパク質の鉄硫黄クラスターの電子状態と周囲のアミノ酸からの影響の理論解析
佐藤, 綾香; 堀, 優太; 重田, 育照
第16回分子科学討論会 2022年9月19日
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12.
Hydrogen bond structures and dynamics in proton-conducting imidazolium hydrogen succinate
Hori, Yuta; Dekura, Shun; Mori, Hatsumi; Shigeta, Yasuteru
24th International Conference On Horizons In Hydrogen Bond Research (HBond2022) 2022年9月12日
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13.
高電位鉄硫黄タンパク質のクラスター周辺の構造が及ぼす影響と電子状態についての理論的解析
佐藤, 綾香; 堀, 優太; 重田, 育照
物性研短期研究会、理論タンパク質物性科学の最前線:理論と実験との密な協働 2022年7月26日
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14.
酸化型[Ni-Fe]ヒドロゲナーゼの活性中心についての理論的研究
堀, 優太; 重田, 育照
物性研短期研究会、理論タンパク質物性科学の最前線:理論と実験との密な協働 2022年7月26日
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15.
Integrated experimental-theoretical approaches to decipher how H179Y substitution affects the biological functions of PRMT1
Yao, Yuan; Jun-Dal, Kim; Hiroaki, Daitoku; Naoto, Muromachi; Koichiro, Kako; Junji, Ishida; KowitHengphasatporn; Yasuteru, Shigeta; 深水, 昭吉
2022年度日本生化学会関東支部例会 2022年6月18日
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16.
高電位鉄硫黄タンパク質の[4Fe-4S]活性中心の構造と電子状態についての理論的解析
堀, 優太; 佐藤, 綾香; 重田, 育照
第22回日本蛋白質科学会年会 2022年6月7日
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17.
高電位鉄硫黄タンパク質の鉄硫黄クラスター周辺の構造と電子状態についての理論的解析
佐藤, 綾香; 堀, 優太; 重田, 育照
量子生命科学会第4回大会 2022年5月26日
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18.
アミノ酸ホモキラリティ起源を紐解く結晶形成過程についての量子化学研究
渡辺, 七都稀; 庄司, 光男; 堀, 優太; 重田, 育照
量子生命科学会第4回大会 2022年5月26日
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19.
酸化型[NiFe]ヒドロゲナーゼの生成過程と活性中心の構造についての理論的研究
堀, 優太; 重田, 育照
第24回理論化学討論会 2022年5月17日
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20.
Theoretical Study on the Active Site in Oxidized [NiFe]-Hydrogenase
堀, 優太; 重田, 育照
2nd International Symposium “Hydrogenomics” 2022年5月16日
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1. 15/228,873: Information Processing Apparatus and Simulation Method
重田, 育照 -
2. 15/228,540: Information Processing Apparatus and Simulation Method
重田,育照 -
3. 2015-156703: 情報処理装置、指標次元抽出方法、および指標次元抽出プログラム
重田,育照 -
4. 2015-156702: 情報処理装置、シミュレーション方法、およびシミュレーションプログ 2. ラム
重田,育照 -
5. 2015-032321: 情報処理、シミュレーションプログラムおよびシミュレーション方法
重田,育照
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