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重田育照

Shigeta, Yasuteru

計算科学研究センター , 教授
Center for Computational Sciences , Professor

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321. Mutations affecting the internal equilibrium of the reaction catalyzed by 6-aminohexanoate-dimer hydrolase Seiji Negoro; Yasuyuki Kawashima; Naoki Shibata; Tatsuya Kobayashi (+8 著者) Yoshiki Higuchi
FEBS Letters 590: 3133 (2016) Semantic Scholar
322. Ultrafast snapshots of the molecules twisting in liquid crystal state Masaki Hada; Shohei Saito; Sei'ichi Tanaka; Ryuma Sato (+8 著者) R. J.Dwayne Miller
Optics InfoBase Conference Papers (2016) Semantic Scholar
323. Doubly N-Methylated Porphyrinoids Wakana Naito; Nobuhiro Yasuda; Tatsuki Morimoto; Yasuteru Shigeta (+2 著者) Hiromitsu Maeda
Organic Letters 18: 3006 (2016) Semantic Scholar
324. Protein folding and evolution Harada,Ryuhei; Inagaki,Yuji; Yasuteru,Shigeta
Reference Module in Materials Science and Materials Engineering (2016) Semantic Scholar
325. TaBoo SeArch Algorithm with a Modified Inverse Histogram for Reproducing Biologically Relevant Rare Events of Proteins Ryuhei Harada; Yu Takano; Yasuteru Shigeta
Journal of Chemical Theory and Computation 12: 2436 (2016) Semantic Scholar
326. Catalytic Mechanism of Nitrile Hydratase Subsequent to Cyclic Intermediate Formation: A QM/MM Study Megumi Kayanuma; Mitsuo Shoji; Masafumi Yohda; Masafumi OdakaYasuteru Shigeta
Journal of Physical Chemistry B 120: 3259 (2016) Semantic Scholar
327. Sparsity-weighted outlier FLOODing (OFLOOD) method: Efficient rare event sampling method using sparsity of distribution Ryuhei Harada; Tomotake Nakamura; Yasuteru Shigeta
Journal of Computational Chemistry 37: 724 (2016) Semantic Scholar
328. Solvent effects on excited-state electron-transfer rate of pyrene-labeled deoxyuridine: A theoretical study Shintaro Maekawa; Ryuma Sato; Kimihiko Hirao; Yasuteru Shigeta
Chemical Physics Letters 644: 25 (2016) Semantic Scholar
329. プロトンの水和自由エネルギー: 酸解離定数および標準水素電極電位の高精度計算松井, 亨; 喜屋武, 茜; 庄司, 光男; 重田, 育照
Journal of Computer Chemistry, Japan 15: 184 (2016) Semantic Scholar
330. Theoretical analyses on a flipping mechanism of UV-induced DNA damage Ryuma Sato; Ryuhei Harada; Yasuteru Shigeta
BIOPHYSICS AND PHYSICOBIOLOGY 13: 311 (2016) Semantic Scholar
331. Molecular mechanisms of substrate specificities of uridine-cytidine kinase Wataru Tanaka; Mitsuo Shoji; Fumiaki Tomoike; Yuzuru Ujiie (+7 著者) Yasuteru Shigeta
BIOPHYSICS AND PHYSICOBIOLOGY 13: 77 (2016) Semantic Scholar
332. A fast convergent simulated annealing algorithm for protein-folding: Simulated annealing outlier flooding (sa-oflood) method Ryuhei Harada; Tomotake Nakamura; Yasuteru Shigeta
Bulletin of the Chemical Society of Japan 89: 1361 (2016) Semantic Scholar
333. Automatic detection of hidden dimensions to obtain appropriate reaction coordinates in the Outlier FLOODing (OFLOOD) method Ryuhei Harada; Tomotake Nakamura; Yasuteru Shigeta
Chemical Physics Letters 639: 269 (2015) Semantic Scholar
334. Molecular dynamics study on the key catalytic intermediates of threonine synthase Mitsuo Shoji; Yuzuru Ujiie; Ryuhei Harada; Megumi Kayanuma (+2 著者) Hideyuki Hayashi
PROTEIN SCIENCE 24: 18 (2015)
335. GPGPU化OpenFMOによるFMO計算の性能評価梅田宏明; 塙敏博; 庄司光男; 朴泰祐重田育照
情報処理学会研究報告(Web) 2015: VOL.2015-HPC-151,NO. (2015)
336. Performance of the divide-and-conquer approach used as an initial guess Mitsuo,Shoji; Megumi,Kayanuma; Hiroaki,Umeda; Yasuteru,Shigeta
Chemical Physics Letters 634: 181 (2015)
337. Performance of the divide-and-conquer approach used as an initial guess Mitsuo Shoji; Megumi Kayanuma; Hiroaki Umeda; Yasuteru Shigeta
Chemical Physics Letters 634: 181 (2015) Semantic Scholar
338. Efficient conformational sampling of proteins based on a multi-dimensional TaBoo SeArch algorithm: An application to folding of chignolin in explicit solvent Ryuhei Harada; Yu Takano; Yasuteru Shigeta
Chemical Physics Letters 630: 68 (2015) Semantic Scholar
339. Theoretical Study on Reaction Mechanisms of Nitrite Reduction by Copper Nitrite Complexes: Toward Understanding and Controlling Possible Mechanisms of Copper Nitrite Reductase Shintaro Maekawa; Toru Matsui; Kimihiko Hirao; Yasuteru Shigeta
Journal of Physical Chemistry B 119: 5392 (2015) Semantic Scholar
340. Enhanced conformational sampling method for proteins based on the TaBoo SeArch algorithm: Application to the folding of a mini-protein, chignolin Ryuhei Harada; Yu Takano; Yasuteru Shigeta
Journal of Computational Chemistry 36: 763 (2015) Semantic Scholar

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1. Hydrogenomics: The Science of Fully Utilizing Hydrogen Hori, Yuta; Nishikawa, Koji; Shigeta, Yasuteru; Higuchi, Yoshiki
共立出版 2023年4月
2. Recent advances of the fragment molecular orbital method Subtitle: Enhanced performance and applicability Shigeta, Yasuteru (担当:分担執筆, 範囲:AnalysisFMO toolkit: PyMOL plugin module to 3D-visualize interaction energies in protein (3D-VIEP) generated by fragment molecular orbital calculation)
Springer 2021年1月 (ISBN: 9789811592355)
3. Recent advances of the fragment molecular orbital method Subtitle: Enhanced performance and applicability Shigeta, Yasuteru (担当:分担執筆, 範囲:AnalysisFMO toolkit: PyMOL plugin module to 3D-visualize interaction energies in protein (3D-VIEP) generated by fragment molecular orbital calculation)
Springer 2021年1月 (ISBN: 9789811592355)
4. Advances in Quantum Chemistry Shigeta, Yasuteru; Harada, Ryuhei (担当:分担執筆, 範囲:Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Simulations for Transition Pathway Sampling of Biomolecules)
2019年1月
5. Quantum Systems in Physics, Chemistry, and Biology: Advances in Concepts and Applications Baba, Takeshi; Kamiya, Katsumasa; Shigeta, Yasuteru (担当:分担執筆, 範囲:Integrated Computational Studies on Mutational Effects of A Nylon-degrading Enzyme)
2017年6月 (ISBN: 9783319502540)
6. Reference modules in Materials Science and Engineering 2016 Harada, Ryuhei; Inagaki, Yuji; Shigeta, Yasuteru (担当:分担執筆, 範囲:Protein Folding and Evolution)
2016年6月
7. 金属錯体の量子・計算化学重田,育照; 北河康隆 (担当:分担執筆, 範囲:第4-1章錯体の伝導性)
2014年10月
8. Quantum mechanics Chap. 17 Shigeta,Yasuteru (担当:分担執筆, 範囲:Quantal Cumulant Mechanics as Extended Ehrenfest Theorem)
InTech open 2013年4月
9. Conceptual and Computational Advances in Quantum Chemistry, Chap. 25 Shigeta,Yasuteru (担当:分担執筆, 範囲:Theoretical Studies on Metal-Containing Artificial DNA Bases”, Advances in the Theory of Atomic and Molecular Systems)
Springer 2012年10月
10. Advances in the Theory of Atomic and Molecular Systems, Conceptual and Computational Advances in Quantum Chemistry, Chap. 21 Shigeta,Yasuteru (担当:分担執筆, 範囲:Quantum Theory in Terms of Cumulant Variables)
Springer 2009年10月
11. ADVANCES IN THE THEORY OF ATOMIC AND MOLECULAR SYSTEMS: DYNAMICS, SPECTROSCOPY, CLUSTERS, AND NANOSTRUCTURES Shigeta, Yasuteru; Miyachi, Hideaki; Matsui, Toru; Yokoyama, Norisuke; Hirao, Kimihiko (担当:分担執筆, 範囲:Quantum Theory in Terms of Cumulant Variables)
SPRINGER 2009年1月 (ISBN: 9789048129843)
12. Challenges and Advances in Computational Chemistry and Physics, Chap. 2 Shigeta,Yasuteru (担当:分担執筆, 範囲:Single-Reference Methods for Excited States in Molecules and Polymers)
Springer 2008年10月
13. 物性量子化学入門重田,育照 (担当:分担執筆, 範囲:第１３、１４章)
講談社 2004年9月

1. 理論計算による生体内水素機能メカニズムの解明堀, 優太; 重田, 育照
第32回日本MRS年次大会 2022年12月5日招待有り
2. 自閉症関連Hevin/Sparcl1変異体は構造不安定性を介して小胞体ストレスを誘導する武富, 巧; 保田, 拓範; 森田, 陸離; 重田, 育照; 原田, 隆平; 鶴田, 文憲
第45回日本分子生物学会 2022年11月30日
3. Chiral symmetry breaking for amino acid homochirality by dimerization 渡辺, 七都稀; 庄司光男; 堀, 優太; 重田, 育照
Symposium on Next Generation Astrochemistry 2022 2022年11月29日
4. heoretical prediction into a possibility of the formation of propylene oxide homochirality 堀, 優太; 渡辺, 七都稀; 庄司光男; 重田, 育照
Symposium on Next Generation Astrochemistry 2022 2022年11月29日
5. 有機分子触媒を用いたアミノ酸ラセミ化反応の理論的研究渡辺, 七都稀; 庄司, 光男; 堀, 優太; 重田, 育照
日本コンピュータ化学会2022年秋季年会 2022年11月25日
6. 分子動力学計算に基づくシロイヌナズナおよびエンバクHPPD-メソトリオン複合体の結合挙動解析宗井, 陽平; 堀, 優太; Hengphasatporn, Kowi; 原田, 隆平; 重田, 育照
日本コンピュータ化学会2022年秋季年会 2022年11月25日
7. 高電位鉄硫黄タンパク質の電子状態と周辺アミノ酸からの影響堀, 優太; 佐藤, 綾香; 重田, 育照
日本コンピュータ化学会2022年秋季年会 2022年11月25日
8. 化学反応ネットワークと機械学習による生成物および反応経路予測の可能性佐藤, 綾香; 堀, 優太; 重田, 育照
第45回ケモインフォマティクス討論会 2022年11月18日
9. ヒト型アルギニンメチル化酵素PRMT1遺伝子改変マウスの作出とその解析姚遠; 加香孝一郎; Kowit, Hengphasatporn; 重田育照; 本村香織; 金俊達; 深水, 昭吉
第95回日本生化学会会 2022年11月9日
10. Theoretical characterization of the active site and its formation pathway in oxidized [NiFe]-hydrogenase 堀, 優太; 重田, 育照
第60回日本生物物理学会年会 2022年9月28日日本生物物理学会
11. 高電位鉄硫黄タンパク質の鉄硫黄クラスターの電子状態と周囲のアミノ酸からの影響の理論解析佐藤, 綾香; 堀, 優太; 重田, 育照
第16回分子科学討論会 2022年9月19日
12. Hydrogen bond structures and dynamics in proton-conducting imidazolium hydrogen succinate Hori, Yuta; Dekura, Shun; Mori, Hatsumi; Shigeta, Yasuteru
24th International Conference On Horizons In Hydrogen Bond Research (HBond2022) 2022年9月12日
13. 高電位鉄硫黄タンパク質のクラスター周辺の構造が及ぼす影響と電子状態についての理論的解析佐藤, 綾香; 堀, 優太; 重田, 育照
物性研短期研究会、理論タンパク質物性科学の最前線：理論と実験との密な協働 2022年7月26日
14. 酸化型[Ni-Fe]ヒドロゲナーゼの活性中心についての理論的研究堀, 優太; 重田, 育照
物性研短期研究会、理論タンパク質物性科学の最前線：理論と実験との密な協働 2022年7月26日
15. Integrated experimental-theoretical approaches to decipher how H179Y substitution affects the biological functions of PRMT1 Yao, Yuan; Jun-Dal, Kim; Hiroaki, Daitoku; Naoto, Muromachi; Koichiro, Kako; Junji, Ishida; KowitHengphasatporn; Yasuteru, Shigeta; 深水, 昭吉
2022年度日本生化学会関東支部例会 2022年6月18日
16. 高電位鉄硫黄タンパク質の[4Fe-4S]活性中心の構造と電子状態についての理論的解析堀, 優太; 佐藤, 綾香; 重田, 育照
第22回日本蛋白質科学会年会 2022年6月7日
17. 高電位鉄硫黄タンパク質の鉄硫黄クラスター周辺の構造と電子状態についての理論的解析佐藤, 綾香; 堀, 優太; 重田, 育照
量子生命科学会第4回大会 2022年5月26日
18. アミノ酸ホモキラリティ起源を紐解く結晶形成過程についての量子化学研究渡辺, 七都稀; 庄司, 光男; 堀, 優太; 重田, 育照
量子生命科学会第4回大会 2022年5月26日
19. 酸化型[NiFe]ヒドロゲナーゼの生成過程と活性中心の構造についての理論的研究堀, 優太; 重田, 育照
第24回理論化学討論会 2022年5月17日
20. Theoretical Study on the Active Site in Oxidized [NiFe]-Hydrogenase 堀, 優太; 重田, 育照
2nd International Symposium “Hydrogenomics” 2022年5月16日