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重田育照

Shigeta, Yasuteru

計算科学研究センター , 教授
Center for Computational Sciences , Professor

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161. Efficient Conformational Sampling of Collective Motions of Proteins with Principal Component Analysis-Based Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Takunori Yasuda; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
Journal of Chemical Information and Modeling 60: 4021 (2020) Semantic Scholar
162. Reaction mechanism of: N-cyclopropylglycine oxidation by monomeric sarcosine oxidase Mitsuo Shoji; Yukihiro Abe; Mauro Boero; Yasuteru ShigetaYoshiaki Nishiya
Physical Chemistry Chemical Physics 22: 16552 (2020) Semantic Scholar
163. Efficient Conformational Sampling of Collective Motions of Proteins with Principal Component Analysis-Based Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Yasuda, Takunori; Shigeta, Yasuteru; Harada, Ryuhei
Journal of chemical information and modeling 60: 4021 (2020) Semantic Scholar
164. Self-Associating Curved π-Electronic Systems with Electron-Donating and Hydrogen-Bonding Properties Haketa, Yohei; Miyasue, Mika; Kobayashi, Yoichi; Sato, Ryuma (+3 著者) Maeda, Hiromitsu
Journal of the American Chemical Society 142: 16420 (2020) Semantic Scholar
165. The dynamics of S-adenosyl-methionine and S-adenosyl-homocysteine in Mouse Dnmt1 is driven by their structural flexibilities Takunori Yasuda; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
Chemistry Letters 49: 785 (2020) Semantic Scholar
166. Regenerations of Initial Velocities in Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics (PaCS-MD) Enhance the Conformational Transitions of Proteins Hayato Aida; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
Chemistry Letters 49: 798 (2020) Semantic Scholar
167. Analytical Method Using a Scaled Hypersphere Search for High-Dimensional Metadynamics Simulations Yuki Mitsuta; Yasuteru Shigeta
Journal of Chemical Theory and Computation 16: 3869 (2020) Semantic Scholar
168. Enhanced Conformational Sampling Method Based on Anomaly Detection Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics: ad-PaCS-MD Ryuhei Harada; Kota Yamaguchi; Yasuteru Shigeta
Journal of Chemical Theory and Computation, in preparation 16: (2020)
169. Comprehensive Predictions of Secondary Structures on Proteins of Various Organisms Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
Journal of Molecular Biology, in preparation (2020)
170. Neutron crystallography of copper amine oxidase reveals keto/enolate interconversion of the quinone cofactor and unusual proton sharing Takeshi Murakawa; Kazuo Kurihara; Mitsuo Shoji; Chie Shibazaki (+12 著者) Toshihide Okajima
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 117: 10818 (2020) Semantic Scholar
171. Understanding the detection mechanisms and ability of molecular hydrogen on three-dimensional bicontinuous nanoporous reduced graphene oxide Yoshikazu Ito; Megumi Kayanuma; Yasuteru Shigeta; Jun Ichi FujitaYoichi Tanabe
Materials 13: 2259 (2020) Semantic Scholar
172. Local Structures and Dynamics of Imidazole Molecules in Poly(vinylphosphonic acid)–Imidazole Composite Investigated by Molecular Dynamics Hori, Yuta; Suetake, Toshiya; Shiota, Yoshihito; Yoshizawa, Kazunari (+2 著者) Mizuno, Motohiro
ACS APPLIED POLYMER MATERIALS 2: 1561 (2020) Semantic Scholar
173. Split Conformation of Chaetomium Thermophilum Hsp104 Disaggregase Inoue Yosuke; Hanazono Yuya; Noi Kentaro; Kawamoto Akihiro (+10 著者) Yohda Masafumi
Science Advances 29: (2020)
174. Target identification using homopharma and network-based methods for predicting compounds against dengue virus-infected cells Kowit Hengphasatporn; Kitiporn Plaimas; Apichat Suratanee; Peemapat Wongsriphisant (+4 著者) Thanyada Rungrotmongkol
Molecules 25: 1883 (2020) Semantic Scholar
175. Distribution of counter ions in negatively-charged lipid/water/air interface: Molecular dynamics study Teruyuki Takahashi; Ryuhei Harada; Yasuteru Shigeta
Chemistry Letters 49: 361 (2020) Semantic Scholar
176. Reaction of threonine synthase with the substrate analogue 2-amino-5-phosphonopentanoate: implications into the proton transfer at the active site Yasuhiro Machida; Takeshi Murakawa; Akiko Sakai; Mitsuo Shoji (+1 著者) Hideyuki Hayashi
Journal of biochemistry 167: 357 (2020) Semantic Scholar
177. Reaction of threonine synthase with the substrate analogue 2-amino-5-phosphonopentanoate: implications into the proton transfer at the active site Yasuhiro Machida; Takeshi Murakawa; Akiko Sakai; Mitsuo Shoji (+1 著者) Hideyuki Hayashi
JOURNAL OF BIOCHEMISTRY 167: 357 (2020) Semantic Scholar
178. Protein Dynamics and the Folding Degree Vladimir Sladek; Ryuhei Harada; Yasuteru Shigeta
Journal of Chemical Information and Modeling 60: 1559 (2020) Semantic Scholar
179. Multiple Virtual Screening Strategies for the Discovery of Novel Compounds Active Against Dengue Virus: A Hit Identification Study Kowit Hengphasatporn; Arthur Garon; Peter Wolschann; Thierry Langer (+5 著者) Thanyada Rungrotmongkol
SCIENTIA PHARMACEUTICA 88: 2 (2020) Semantic Scholar
180. Excitonic Coupling on a Heliobacterial Symmetrical Type-I Reaction Center: Comparison with Photosystem i Hirotaka Kitoh-Nishioka; Yasuteru Shigeta; Shigeru Itoh; Akihiro Kimura
Journal of Physical Chemistry B 124: 389 (2020) Semantic Scholar

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1. Hydrogenomics: The Science of Fully Utilizing Hydrogen Hori, Yuta; Nishikawa, Koji; Shigeta, Yasuteru; Higuchi, Yoshiki
共立出版 2023年4月
2. Recent advances of the fragment molecular orbital method Subtitle: Enhanced performance and applicability Shigeta, Yasuteru (担当:分担執筆, 範囲:AnalysisFMO toolkit: PyMOL plugin module to 3D-visualize interaction energies in protein (3D-VIEP) generated by fragment molecular orbital calculation)
Springer 2021年1月 (ISBN: 9789811592355)
3. Recent advances of the fragment molecular orbital method Subtitle: Enhanced performance and applicability Shigeta, Yasuteru (担当:分担執筆, 範囲:AnalysisFMO toolkit: PyMOL plugin module to 3D-visualize interaction energies in protein (3D-VIEP) generated by fragment molecular orbital calculation)
Springer 2021年1月 (ISBN: 9789811592355)
4. Advances in Quantum Chemistry Shigeta, Yasuteru; Harada, Ryuhei (担当:分担執筆, 範囲:Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Simulations for Transition Pathway Sampling of Biomolecules)
2019年1月
5. Quantum Systems in Physics, Chemistry, and Biology: Advances in Concepts and Applications Baba, Takeshi; Kamiya, Katsumasa; Shigeta, Yasuteru (担当:分担執筆, 範囲:Integrated Computational Studies on Mutational Effects of A Nylon-degrading Enzyme)
2017年6月 (ISBN: 9783319502540)
6. Reference modules in Materials Science and Engineering 2016 Harada, Ryuhei; Inagaki, Yuji; Shigeta, Yasuteru (担当:分担執筆, 範囲:Protein Folding and Evolution)
2016年6月
7. 金属錯体の量子・計算化学重田,育照; 北河康隆 (担当:分担執筆, 範囲:第4-1章錯体の伝導性)
2014年10月
8. Quantum mechanics Chap. 17 Shigeta,Yasuteru (担当:分担執筆, 範囲:Quantal Cumulant Mechanics as Extended Ehrenfest Theorem)
InTech open 2013年4月
9. Conceptual and Computational Advances in Quantum Chemistry, Chap. 25 Shigeta,Yasuteru (担当:分担執筆, 範囲:Theoretical Studies on Metal-Containing Artificial DNA Bases”, Advances in the Theory of Atomic and Molecular Systems)
Springer 2012年10月
10. Advances in the Theory of Atomic and Molecular Systems, Conceptual and Computational Advances in Quantum Chemistry, Chap. 21 Shigeta,Yasuteru (担当:分担執筆, 範囲:Quantum Theory in Terms of Cumulant Variables)
Springer 2009年10月
11. ADVANCES IN THE THEORY OF ATOMIC AND MOLECULAR SYSTEMS: DYNAMICS, SPECTROSCOPY, CLUSTERS, AND NANOSTRUCTURES Shigeta, Yasuteru; Miyachi, Hideaki; Matsui, Toru; Yokoyama, Norisuke; Hirao, Kimihiko (担当:分担執筆, 範囲:Quantum Theory in Terms of Cumulant Variables)
SPRINGER 2009年1月 (ISBN: 9789048129843)
12. Challenges and Advances in Computational Chemistry and Physics, Chap. 2 Shigeta,Yasuteru (担当:分担執筆, 範囲:Single-Reference Methods for Excited States in Molecules and Polymers)
Springer 2008年10月
13. 物性量子化学入門重田,育照 (担当:分担執筆, 範囲:第１３、１４章)
講談社 2004年9月

1. 理論計算による生体内水素機能メカニズムの解明堀, 優太; 重田, 育照
第32回日本MRS年次大会 2022年12月5日招待有り
2. 自閉症関連Hevin/Sparcl1変異体は構造不安定性を介して小胞体ストレスを誘導する武富, 巧; 保田, 拓範; 森田, 陸離; 重田, 育照; 原田, 隆平; 鶴田, 文憲
第45回日本分子生物学会 2022年11月30日
3. Chiral symmetry breaking for amino acid homochirality by dimerization 渡辺, 七都稀; 庄司光男; 堀, 優太; 重田, 育照
Symposium on Next Generation Astrochemistry 2022 2022年11月29日
4. heoretical prediction into a possibility of the formation of propylene oxide homochirality 堀, 優太; 渡辺, 七都稀; 庄司光男; 重田, 育照
Symposium on Next Generation Astrochemistry 2022 2022年11月29日
5. 有機分子触媒を用いたアミノ酸ラセミ化反応の理論的研究渡辺, 七都稀; 庄司, 光男; 堀, 優太; 重田, 育照
日本コンピュータ化学会2022年秋季年会 2022年11月25日
6. 分子動力学計算に基づくシロイヌナズナおよびエンバクHPPD-メソトリオン複合体の結合挙動解析宗井, 陽平; 堀, 優太; Hengphasatporn, Kowi; 原田, 隆平; 重田, 育照
日本コンピュータ化学会2022年秋季年会 2022年11月25日
7. 高電位鉄硫黄タンパク質の電子状態と周辺アミノ酸からの影響堀, 優太; 佐藤, 綾香; 重田, 育照
日本コンピュータ化学会2022年秋季年会 2022年11月25日
8. 化学反応ネットワークと機械学習による生成物および反応経路予測の可能性佐藤, 綾香; 堀, 優太; 重田, 育照
第45回ケモインフォマティクス討論会 2022年11月18日
9. ヒト型アルギニンメチル化酵素PRMT1遺伝子改変マウスの作出とその解析姚遠; 加香孝一郎; Kowit, Hengphasatporn; 重田育照; 本村香織; 金俊達; 深水, 昭吉
第95回日本生化学会会 2022年11月9日
10. Theoretical characterization of the active site and its formation pathway in oxidized [NiFe]-hydrogenase 堀, 優太; 重田, 育照
第60回日本生物物理学会年会 2022年9月28日日本生物物理学会
11. 高電位鉄硫黄タンパク質の鉄硫黄クラスターの電子状態と周囲のアミノ酸からの影響の理論解析佐藤, 綾香; 堀, 優太; 重田, 育照
第16回分子科学討論会 2022年9月19日
12. Hydrogen bond structures and dynamics in proton-conducting imidazolium hydrogen succinate Hori, Yuta; Dekura, Shun; Mori, Hatsumi; Shigeta, Yasuteru
24th International Conference On Horizons In Hydrogen Bond Research (HBond2022) 2022年9月12日
13. 高電位鉄硫黄タンパク質のクラスター周辺の構造が及ぼす影響と電子状態についての理論的解析佐藤, 綾香; 堀, 優太; 重田, 育照
物性研短期研究会、理論タンパク質物性科学の最前線：理論と実験との密な協働 2022年7月26日
14. 酸化型[Ni-Fe]ヒドロゲナーゼの活性中心についての理論的研究堀, 優太; 重田, 育照
物性研短期研究会、理論タンパク質物性科学の最前線：理論と実験との密な協働 2022年7月26日
15. Integrated experimental-theoretical approaches to decipher how H179Y substitution affects the biological functions of PRMT1 Yao, Yuan; Jun-Dal, Kim; Hiroaki, Daitoku; Naoto, Muromachi; Koichiro, Kako; Junji, Ishida; KowitHengphasatporn; Yasuteru, Shigeta; 深水, 昭吉
2022年度日本生化学会関東支部例会 2022年6月18日
16. 高電位鉄硫黄タンパク質の[4Fe-4S]活性中心の構造と電子状態についての理論的解析堀, 優太; 佐藤, 綾香; 重田, 育照
第22回日本蛋白質科学会年会 2022年6月7日
17. 高電位鉄硫黄タンパク質の鉄硫黄クラスター周辺の構造と電子状態についての理論的解析佐藤, 綾香; 堀, 優太; 重田, 育照
量子生命科学会第4回大会 2022年5月26日
18. アミノ酸ホモキラリティ起源を紐解く結晶形成過程についての量子化学研究渡辺, 七都稀; 庄司, 光男; 堀, 優太; 重田, 育照
量子生命科学会第4回大会 2022年5月26日
19. 酸化型[NiFe]ヒドロゲナーゼの生成過程と活性中心の構造についての理論的研究堀, 優太; 重田, 育照
第24回理論化学討論会 2022年5月17日
20. Theoretical Study on the Active Site in Oxidized [NiFe]-Hydrogenase 堀, 優太; 重田, 育照
2nd International Symposium “Hydrogenomics” 2022年5月16日