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重田 育照
Shigeta, Yasuteru
計算科学研究センター , 教授 Center for Computational Sciences , Professor
http://www2.ccs.tsukuba.ac.jp/public/shigeta/shigeta_HP/Top_page.html
http://www2.ccs.tsukuba.ac.jp/people/shigeta/shigeta_personal/Message.html
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ISSM best paper
2024-12-10
上殿 明良 蓮沼 隆 重田 育照
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可逆性小児急性肝不全の発症機序の解明-治療薬開発に向けた道筋-
2023-12-27
重田 育照
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量子生命科学会第4回大会 優秀ポスター賞
2022-05-27
庄司 光男 堀 優太 重田 育照
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凝集したタンパク質を元に戻す分子Hsp104 の構造を解明
2021-05-11
重田 育照
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スーパーコンピュータを活用して「効く薬の候補」を素早く見つけ出す | 重田 育照
2021-04-01
重田 育照 広川 貴次 原田 隆平
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1兆分の1秒の時間分解能で液晶分子の動画を観測 -新しい測定・解析手法の確立
2018-02-13
重田 育照
オープンアクセス版の論文は「つくばリポジトリ」で読むことができます。
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1.
Enantioselective interactions of aminonitrile dimers
Natsuki Watanabe; Yu Komatsu; Koichi Miyagawa; Yuta Hori (+1 著者) Mitsuo Shoji
Physical Chemistry Chemical Physics (2025) Semantic Scholar
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2.
Rationally designed antimicrobial peptides with high selectivity and efficiency against phytopathogenic Ralstonia solanecearum
Melvalia Cristin Manik; Nitchakan Darai; Thanyada Rungrotmongkol; Lian Duan (+3 著者) Alisa S. Vangnai
Science of The Total Environment 976: 179354 (2025)
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3.
Structure and catalytic activity of a dihydrofolate reductase-like enzyme from Leptospira interrogans
Chandit, Charin; Hengphasatporn, Kowi; Donsuy, Pattraporn; Shigeta, YasuteruWangkanont, Kittikhun
INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES 298: (2025)
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4.
Exploring mimosamycin as a Janus kinase 2 inhibitor: A combined computational and experimental investigation
Sanachai, Kamonpan; Hengphasatporn, Kowi; Chamni, Supakarn; Suwanborirux, Khani (+5 著者) Thanyada
COMPUTATIONAL BIOLOGY AND CHEMISTRY 115: (2025)
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5.
Pseudo[3]rotaxane and [3]Rotaxane of Per(5-carboxy-5-dehydroxymethyl)-Cyclodextrins Utilizing Carboxylic Acid Dimer as Recognition Units
Nakamura, Takashi; Kuwabara, Masamune; Zhang, Haoyang; Okazawa, Kazuki (+2 著者) Nabeshima, Tatsuya
The Journal of Organic Chemistry 90: 3603 (2025)
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6.
Apoprotein Intermolecular Interactions and Heme Insertion for 3D Domain Swapping in Myoglobin
Gissi Novientri; Koji Takeda; Lian Duan; Kowit Hengphasatporn (+3 著者) Shun Hirota
ACS Omega (2025)
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7.
Characterization of Delta-7 Alkenone Desaturase in Haptophyte Gephyrocapsa huxleyi Through Heterologous Expression in Tisochrysis lutea
Yoneda, Kohei; Kobayashi, Chinatsu; Araie, Hiroya; Morita, Rikuri (+4 著者) Suzuki, Iwane
MARINE BIOTECHNOLOGY 27: (2025)
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8.
Rational Design and Engineering of Conducting Polymers for Chemical Enhancement in Raman Scattering
Huanhuan Zhang; Jun Yu Dong; Xuke Tang; Naoki Kishimoto (+16 著者) Keisuke Goda
Advanced Optical Materials (2025)
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9.
Polysulfur-based bulking of dynamin-related protein 1 prevents ischemic sulfide catabolism and heart failure in mice
Nishimura, Akiyuki; Ogata, Seiryo; Tang, Xiaokang; Hengphasatporn, Kowi (+11 著者) Nishida, Motohiro
NATURE COMMUNICATIONS 16: 276 (2025)
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10.
Theoretical investigation of sustainable CO2 electroreduction to high-value products utilizing N-doped/BN-modified Triphenylene-Graphdiyne catalysts
Sirilak Kongkaew; Manussada Ratanasak; Yasuteru Shigeta; Jun-ya HasegawaVudhichai Parasuk
Fuel (2025) Semantic Scholar
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11.
Experimental and Computational Studies on Domain-Swapped Structure Stabilization of an Antibody Light Chain by Disulfide Bond Introduction.
Wahyu Fitriana; Takahiro Sakai; Lian Duan; Kowit Hengphasatporn (+4 著者) Shun Hirota
Journal of medicinal chemistry 67: 22313 (2024)
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12.
Structural Fluctuation in Homodimeric Aminoacyl-tRNA Synthetases Induces Half-of-the-Sites Activity
Yoshino Okamoto; Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Yasuteru ShigetaRyuhei Harada
The Journal of Physical Chemistry B (2024) Semantic Scholar
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13.
GPNMB is a novel binding partner of FGFR1 that affects tumorigenic potential through AKT phosphorylation in TNBC
Elhinnawi; Manar A.; Okita, Yukari; Shigematsu, Katsunobu (+6 著者) Kato, Mitsuyasu
CANCER SCIENCE Epub: (2024) Semantic Scholar
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14.
Design, Synthesis, and Biological Evaluation of Darunavir Analogs as HIV-1 Protease Inhibitors
Muhammad Asad Ur Rehman; Hathaichanok Chuntakaruk; Soraat Amphan; Aphinya Suroengrit (+6 著者) Tanatorn Khotavivattana
ACS Bio & Med Chem Au (2024)
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15.
BEMM-GEN: A Toolkit for Generating a Biomolecular Environment-Mimicking Model for Molecular Dynamics Simulation
Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
Journal of Chemical Information and Modeling (2024) Semantic Scholar
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16.
Evaluating solubility, stability, and inclusion complexation of oxyresveratrol with various β-cyclodextrin derivatives using advanced computational techniques and experimental validation
Ali, Saba; Aman, Aamir; Hengphasatporn, Kowi; Oopkaew, Lipika (+10 著者) Thanyada
COMPUTATIONAL BIOLOGY AND CHEMISTRY 112: (2024) Semantic Scholar
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17.
Why is Dimeric 3D Domain Swapping in Antibody Light Chains Missing from the Solution? Atomistic Insights Mechanisms
Lian Duan; Kowit Hengphasatporn; Takahiro Sakai; Ryo Fujiki (+2 著者) Yasuteru Shigeta
The Journal of Physical Chemistry B (2024) Semantic Scholar
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18.
Rational Design of Cyclopentadiene-Based Super- and Hyperacids Based on Aromaticity
Mrinal Kanti Si; Yasuteru Shigeta
The Journal of Physical Chemistry A (2024) Semantic Scholar
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19.
A machine learning potential construction based on radial distribution function sampling
Natsuki Watanabe; Yuta Hori; Hiroki Sugisawa; Tomonori Ida (+1 著者) Yasuteru Shigeta
Journal of Computational Chemistry (2024) Semantic Scholar
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20.
Machine learning-based QSAR and LB-PaCS-MD guided design of SARS-CoV-2 main protease inhibitors
Toopradab, Borwornlak; Xie, Wanting; Duan, Lian; Hengphasatporn, Kowi (+6 著者) Thanyada
Bioorganic & medicinal chemistry letters 110: (2024) Semantic Scholar
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1.
Hydrogenomics: The Science of Fully Utilizing Hydrogen
Hori, Yuta; Nishikawa, Koji; Shigeta, Yasuteru; Higuchi, Yoshiki
共立出版 2023年4月
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2.
Recent advances of the fragment molecular orbital method Subtitle: Enhanced performance and applicability
Shigeta, Yasuteru
(担当:分担執筆, 範囲:AnalysisFMO toolkit: PyMOL plugin module to 3D-visualize interaction energies in protein (3D-VIEP) generated by fragment molecular orbital calculation)
Springer 2021年1月 (ISBN: 9789811592355)
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3.
Recent advances of the fragment molecular orbital method Subtitle: Enhanced performance and applicability
Shigeta, Yasuteru
(担当:分担執筆, 範囲:AnalysisFMO toolkit: PyMOL plugin module to 3D-visualize interaction energies in protein (3D-VIEP) generated by fragment molecular orbital calculation)
Springer 2021年1月 (ISBN: 9789811592355)
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4.
Advances in Quantum Chemistry
Shigeta, Yasuteru; Harada, Ryuhei
(担当:分担執筆, 範囲:Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Simulations for Transition Pathway Sampling of Biomolecules)
2019年1月
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5.
Quantum Systems in Physics, Chemistry, and Biology: Advances in Concepts and Applications
Baba, Takeshi; Kamiya, Katsumasa; Shigeta, Yasuteru
(担当:分担執筆, 範囲:Integrated Computational Studies on Mutational Effects of A Nylon-degrading Enzyme)
2017年6月 (ISBN: 9783319502540)
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6.
Reference modules in Materials Science and Engineering 2016
Harada, Ryuhei; Inagaki, Yuji; Shigeta, Yasuteru
(担当:分担執筆, 範囲:Protein Folding and Evolution)
2016年6月
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7.
金属錯体の量子・計算化学
重田,育照; 北河康隆
(担当:分担執筆, 範囲:第4-1章 錯体の伝導性)
2014年10月
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8.
Quantum mechanics Chap. 17
Shigeta,Yasuteru
(担当:分担執筆, 範囲:Quantal Cumulant Mechanics as Extended Ehrenfest Theorem)
InTech open 2013年4月
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9.
Conceptual and Computational Advances in Quantum Chemistry, Chap. 25
Shigeta,Yasuteru
(担当:分担執筆, 範囲:Theoretical Studies on Metal-Containing Artificial DNA Bases”, Advances in the Theory of Atomic and Molecular Systems)
Springer 2012年10月
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10.
Advances in the Theory of Atomic and Molecular Systems, Conceptual and Computational Advances in Quantum Chemistry, Chap. 21
Shigeta,Yasuteru
(担当:分担執筆, 範囲:Quantum Theory in Terms of Cumulant Variables)
Springer 2009年10月
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11.
ADVANCES IN THE THEORY OF ATOMIC AND MOLECULAR SYSTEMS: DYNAMICS, SPECTROSCOPY, CLUSTERS, AND NANOSTRUCTURES
Shigeta, Yasuteru; Miyachi, Hideaki; Matsui, Toru; Yokoyama, Norisuke; Hirao, Kimihiko
(担当:分担執筆, 範囲:Quantum Theory in Terms of Cumulant Variables)
SPRINGER 2009年1月 (ISBN: 9789048129843)
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12.
Challenges and Advances in Computational Chemistry and Physics, Chap. 2
Shigeta,Yasuteru
(担当:分担執筆, 範囲:Single-Reference Methods for Excited States in Molecules and Polymers)
Springer 2008年10月
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13.
物性量子化学入門
重田,育照
(担当:分担執筆, 範囲:第13、14章)
講談社 2004年9月
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21.
高電位鉄硫黄タンパク質の活性中心の構造と電子状態についての理論的解析
佐藤, 綾香; 堀, 優太; 重田, 育照
日本化学会 第102春季年会(2022) 2022年3月23日
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22.
量子化学計算によるコハク酸イミダゾリウム結晶中のプロトン伝導機構解析
堀, 優太; 出倉 駿; 井田, 朋智; 水野, 元博; 森, 初果; 重田, 育照
日本化学会 第102春季年会 (2022) 2022年3月23日
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23.
Structural Transition Involving Molecular Dynamics and Anhydrous Proton Conductivity in Imidazolium Hydrogen Dicarboxylates
Shun, Dekura; Yoshiya, Sunairi; Kei, Okamoto; Fumitaka, Takeiri; Genki, Kobayashi; Hori, Yuta; Shigeta, Yasuteru; Mori, Hatsumi
The 2021 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (Pacifichem 2021) 2021年12月16日
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24.
Local structures and molecular dynamics in the proton-conducting imidazolium hydrogen succinate
Hori, Yuta; Dekura, Shun; Ida, Tomonori; Mizuno, Motohiro; Mori, Hatsumi; Shigeta, Yasuteru
The 2021 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (Pacifichem 2021) 2021年12月16日
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25.
Structural Transition Involving Molecular Dynamics and Anhydrous Proton Conductivity in ImidazoliumHydrogen Dicarboxylates
Shun, Dekura; Yoshiya, Sunairi; Kei, Okamoto; Fumitaka, Takeiri; Genki, Kobayashi; Hori, Yuta; Shigeta, Yasuteru; Mori, Hatsumi
The 2021 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (Pacifichem 2021) 2021年12月16日
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26.
Local structures and molecular dynamics in the anhydrous proton-conducting PVPA-Im composite
Hori, Yuta; Suetake, Toshiya; Ida, Tomonori; Mizuno, Motohiro; Shigeta, Yasuteru
The Material Research Meeting 2021 (MRM2021) 2021年12月13日
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27.
Elucidation of Dnmt1 Activation Mechanism by Ubiquitinated Histones Using Molecular Dynamics Simulations
Yasuda, Takunori; Morita, Rikuri; Shigeta, Yasuteru; Harada, Ryuhei
第44回 日本分子生物学会 年会 2021年12月
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28.
Structural Diversity of Metallothionein Revealed by Using Molecular Dynamics Simulations
Morita, Rikuri; Shigeta, Yasuteru; Harada, Ryuhei
第44回 日本分子生物学会 年会 2021年12月
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29.
量子化学計算による有機結晶中のプロトン伝導機構の理論解析
堀, 優太; 出倉, 駿; 井田, 朋智; 水野, 元博; 森, 初果; 重田, 育照
第15回 物性科学領域横断研究会 (領域合同研究会) 2021年11月26日 招待有り
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30.
結晶成長によるアミノ酸キラル増幅に関する理論的研究
渡辺, 七都稀; 庄司, 光男; 堀, 優太; 重田, 育照
日本コンピュータ化学会2021年秋季年会 2021年11月2日
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31.
DNAメチル基転移酵素阻害剤のアイソフォーム選択性の解明
工藤, 玄己; 重田, 育照; 原田, 隆平; 広川, 貴次; 吉野, 龍ノ介
日本コンピュータ化学会2021年 秋季年会 2021年11月2日
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32.
Classification of Intrinsically Disordered Regions involved in Liquid-Liquid Phase Separation Using the Novel Score
Aida, Hayato; Harada, Ryuhei; Shigeta, Yasuteru; Tomii, Kentaro
第59回 日本生物物理学会 年会 2021年11月
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33.
Prediction of binding mechanism for DNA methyltransferase 3A selective inhibitor using molecular simulation approach
Kudo, Genki; Shigeta, Yasuteru; Harada, Ryuhei; Hirokawa, Takatsugu; Yoshino, Ryunosuke
CBI学会2021年大会 2021年10月26日
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34.
コハク酸イミダゾリウム結晶中のプロトン伝導機構の理論的解析
堀, 優太; 出倉, 駿; 井田, 朋智; 水野, 元博; 森, 初果; 重田, 育照
第15回分子科学討論会 2021年9月18日
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35.
隕石中でのアミノ酸キラル増幅機構についての理論的研究
渡辺, 七都稀; 庄司, 光男; 堀, 優太; 重田, 育照
第15回分子科学討論会 2021年9月18日
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36.
酸化型[NiFe]ヒドロゲナーゼ活性中心の電子状態計算
堀, 優太; 石川, 航平; 庄司, 光男; 重田, 育照
量子生命科学会第3回大会 2021年9月16日
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37.
ヘモグロビンM IwateとM Bostonにおけるヘム-チロシン結合の振動分光,結晶構造,理論計算による解析
長友重紀; 寺田拓人; 庄司光男; 重田育照; 中谷清治; 廣田俊; 北川禎三; 長井雅子; 大木規央; 朴三用; 柴山修哉
第47回生体分子科学討論会(オンライン) 2021年6月4日 第47回生体分子科学討論会実行委員会
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38.
分子動力学計算で解明する維持メチル化酵素 DNMT1の活性化メカニズム
保田, 拓範; 森田, 陸離; 重田, 育照; 原田, 隆平
第21回日本蛋白質科学会年会 2021年6月 招待有り
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39.
統計モデルを用いた天然変性領域の特徴抽出のための新たなスコア
會田, 勇斗; 原田, 隆平; 重田, 育照; 富井, 健太郎
第21回日本蛋白質科学会年会 2021年6月
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40.
タンパク質二次構造の網羅的予測
森田, 陸離; 原田, 隆平; 重田, 育照
第21回日本蛋白質科学会年会 2021年6月
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1. 15/228,873: Information Processing Apparatus and Simulation Method
重田, 育照 -
2. 15/228,540: Information Processing Apparatus and Simulation Method
重田,育照 -
3. 2015-156703: 情報処理装置、指標次元抽出方法、および指標次元抽出プログラム
重田,育照 -
4. 2015-156702: 情報処理装置、シミュレーション方法、およびシミュレーションプログ 2. ラム
重田,育照 -
5. 2015-032321: 情報処理、シミュレーションプログラムおよびシミュレーション方法
重田,育照
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