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重田 育照
Shigeta, Yasuteru
計算科学研究センター , 教授 Center for Computational Sciences , Professor
http://www2.ccs.tsukuba.ac.jp/public/shigeta/shigeta_HP/Top_page.html
http://www2.ccs.tsukuba.ac.jp/people/shigeta/shigeta_personal/Message.html
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ISSM best paper
2024-12-10
上殿 明良 蓮沼 隆 重田 育照
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可逆性小児急性肝不全の発症機序の解明-治療薬開発に向けた道筋-
2023-12-27
重田 育照
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量子生命科学会第4回大会 優秀ポスター賞
2022-05-27
庄司 光男 堀 優太 重田 育照
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凝集したタンパク質を元に戻す分子Hsp104 の構造を解明
2021-05-11
重田 育照
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スーパーコンピュータを活用して「効く薬の候補」を素早く見つけ出す | 重田 育照
2021-04-01
重田 育照 広川 貴次 原田 隆平
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1兆分の1秒の時間分解能で液晶分子の動画を観測 -新しい測定・解析手法の確立
2018-02-13
重田 育照
オープンアクセス版の論文は「つくばリポジトリ」で読むことができます。
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1.
Enantioselective interactions of aminonitrile dimers
Natsuki Watanabe; Yu Komatsu; Koichi Miyagawa; Yuta Hori (+1 著者) Mitsuo Shoji
Physical Chemistry Chemical Physics (2025) Semantic Scholar
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2.
Rationally designed antimicrobial peptides with high selectivity and efficiency against phytopathogenic Ralstonia solanecearum
Melvalia Cristin Manik; Nitchakan Darai; Thanyada Rungrotmongkol; Lian Duan (+3 著者) Alisa S. Vangnai
Science of The Total Environment 976: 179354 (2025)
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3.
Structure and catalytic activity of a dihydrofolate reductase-like enzyme from Leptospira interrogans
Chandit, Charin; Hengphasatporn, Kowi; Donsuy, Pattraporn; Shigeta, YasuteruWangkanont, Kittikhun
INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES 298: (2025)
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4.
Exploring mimosamycin as a Janus kinase 2 inhibitor: A combined computational and experimental investigation
Sanachai, Kamonpan; Hengphasatporn, Kowi; Chamni, Supakarn; Suwanborirux, Khani (+5 著者) Thanyada
COMPUTATIONAL BIOLOGY AND CHEMISTRY 115: (2025)
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5.
Pseudo[3]rotaxane and [3]Rotaxane of Per(5-carboxy-5-dehydroxymethyl)-Cyclodextrins Utilizing Carboxylic Acid Dimer as Recognition Units
Nakamura, Takashi; Kuwabara, Masamune; Zhang, Haoyang; Okazawa, Kazuki (+2 著者) Nabeshima, Tatsuya
The Journal of Organic Chemistry 90: 3603 (2025)
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6.
Apoprotein Intermolecular Interactions and Heme Insertion for 3D Domain Swapping in Myoglobin
Gissi Novientri; Koji Takeda; Lian Duan; Kowit Hengphasatporn (+3 著者) Shun Hirota
ACS Omega (2025)
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7.
Characterization of Delta-7 Alkenone Desaturase in Haptophyte Gephyrocapsa huxleyi Through Heterologous Expression in Tisochrysis lutea
Yoneda, Kohei; Kobayashi, Chinatsu; Araie, Hiroya; Morita, Rikuri (+4 著者) Suzuki, Iwane
MARINE BIOTECHNOLOGY 27: (2025)
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8.
Rational Design and Engineering of Conducting Polymers for Chemical Enhancement in Raman Scattering
Huanhuan Zhang; Jun Yu Dong; Xuke Tang; Naoki Kishimoto (+16 著者) Keisuke Goda
Advanced Optical Materials (2025)
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9.
Polysulfur-based bulking of dynamin-related protein 1 prevents ischemic sulfide catabolism and heart failure in mice
Nishimura, Akiyuki; Ogata, Seiryo; Tang, Xiaokang; Hengphasatporn, Kowi (+11 著者) Nishida, Motohiro
NATURE COMMUNICATIONS 16: 276 (2025)
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10.
Theoretical investigation of sustainable CO2 electroreduction to high-value products utilizing N-doped/BN-modified Triphenylene-Graphdiyne catalysts
Sirilak Kongkaew; Manussada Ratanasak; Yasuteru Shigeta; Jun-ya HasegawaVudhichai Parasuk
Fuel (2025) Semantic Scholar
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11.
Experimental and Computational Studies on Domain-Swapped Structure Stabilization of an Antibody Light Chain by Disulfide Bond Introduction.
Wahyu Fitriana; Takahiro Sakai; Lian Duan; Kowit Hengphasatporn (+4 著者) Shun Hirota
Journal of medicinal chemistry 67: 22313 (2024)
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12.
Structural Fluctuation in Homodimeric Aminoacyl-tRNA Synthetases Induces Half-of-the-Sites Activity
Yoshino Okamoto; Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Yasuteru ShigetaRyuhei Harada
The Journal of Physical Chemistry B (2024) Semantic Scholar
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13.
GPNMB is a novel binding partner of FGFR1 that affects tumorigenic potential through AKT phosphorylation in TNBC
Elhinnawi; Manar A.; Okita, Yukari; Shigematsu, Katsunobu (+6 著者) Kato, Mitsuyasu
CANCER SCIENCE Epub: (2024) Semantic Scholar
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14.
Design, Synthesis, and Biological Evaluation of Darunavir Analogs as HIV-1 Protease Inhibitors
Muhammad Asad Ur Rehman; Hathaichanok Chuntakaruk; Soraat Amphan; Aphinya Suroengrit (+6 著者) Tanatorn Khotavivattana
ACS Bio & Med Chem Au (2024)
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15.
BEMM-GEN: A Toolkit for Generating a Biomolecular Environment-Mimicking Model for Molecular Dynamics Simulation
Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
Journal of Chemical Information and Modeling (2024) Semantic Scholar
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16.
Evaluating solubility, stability, and inclusion complexation of oxyresveratrol with various β-cyclodextrin derivatives using advanced computational techniques and experimental validation
Ali, Saba; Aman, Aamir; Hengphasatporn, Kowi; Oopkaew, Lipika (+10 著者) Thanyada
COMPUTATIONAL BIOLOGY AND CHEMISTRY 112: (2024) Semantic Scholar
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17.
Why is Dimeric 3D Domain Swapping in Antibody Light Chains Missing from the Solution? Atomistic Insights Mechanisms
Lian Duan; Kowit Hengphasatporn; Takahiro Sakai; Ryo Fujiki (+2 著者) Yasuteru Shigeta
The Journal of Physical Chemistry B (2024) Semantic Scholar
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18.
Rational Design of Cyclopentadiene-Based Super- and Hyperacids Based on Aromaticity
Mrinal Kanti Si; Yasuteru Shigeta
The Journal of Physical Chemistry A (2024) Semantic Scholar
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19.
A machine learning potential construction based on radial distribution function sampling
Natsuki Watanabe; Yuta Hori; Hiroki Sugisawa; Tomonori Ida (+1 著者) Yasuteru Shigeta
Journal of Computational Chemistry (2024) Semantic Scholar
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20.
Machine learning-based QSAR and LB-PaCS-MD guided design of SARS-CoV-2 main protease inhibitors
Toopradab, Borwornlak; Xie, Wanting; Duan, Lian; Hengphasatporn, Kowi (+6 著者) Thanyada
Bioorganic & medicinal chemistry letters 110: (2024) Semantic Scholar
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1.
Hydrogenomics: The Science of Fully Utilizing Hydrogen
Hori, Yuta; Nishikawa, Koji; Shigeta, Yasuteru; Higuchi, Yoshiki
共立出版 2023年4月
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2.
Recent advances of the fragment molecular orbital method Subtitle: Enhanced performance and applicability
Shigeta, Yasuteru
(担当:分担執筆, 範囲:AnalysisFMO toolkit: PyMOL plugin module to 3D-visualize interaction energies in protein (3D-VIEP) generated by fragment molecular orbital calculation)
Springer 2021年1月 (ISBN: 9789811592355)
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3.
Recent advances of the fragment molecular orbital method Subtitle: Enhanced performance and applicability
Shigeta, Yasuteru
(担当:分担執筆, 範囲:AnalysisFMO toolkit: PyMOL plugin module to 3D-visualize interaction energies in protein (3D-VIEP) generated by fragment molecular orbital calculation)
Springer 2021年1月 (ISBN: 9789811592355)
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4.
Advances in Quantum Chemistry
Shigeta, Yasuteru; Harada, Ryuhei
(担当:分担執筆, 範囲:Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Simulations for Transition Pathway Sampling of Biomolecules)
2019年1月
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5.
Quantum Systems in Physics, Chemistry, and Biology: Advances in Concepts and Applications
Baba, Takeshi; Kamiya, Katsumasa; Shigeta, Yasuteru
(担当:分担執筆, 範囲:Integrated Computational Studies on Mutational Effects of A Nylon-degrading Enzyme)
2017年6月 (ISBN: 9783319502540)
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6.
Reference modules in Materials Science and Engineering 2016
Harada, Ryuhei; Inagaki, Yuji; Shigeta, Yasuteru
(担当:分担執筆, 範囲:Protein Folding and Evolution)
2016年6月
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7.
金属錯体の量子・計算化学
重田,育照; 北河康隆
(担当:分担執筆, 範囲:第4-1章 錯体の伝導性)
2014年10月
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8.
Quantum mechanics Chap. 17
Shigeta,Yasuteru
(担当:分担執筆, 範囲:Quantal Cumulant Mechanics as Extended Ehrenfest Theorem)
InTech open 2013年4月
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9.
Conceptual and Computational Advances in Quantum Chemistry, Chap. 25
Shigeta,Yasuteru
(担当:分担執筆, 範囲:Theoretical Studies on Metal-Containing Artificial DNA Bases”, Advances in the Theory of Atomic and Molecular Systems)
Springer 2012年10月
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10.
Advances in the Theory of Atomic and Molecular Systems, Conceptual and Computational Advances in Quantum Chemistry, Chap. 21
Shigeta,Yasuteru
(担当:分担執筆, 範囲:Quantum Theory in Terms of Cumulant Variables)
Springer 2009年10月
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11.
ADVANCES IN THE THEORY OF ATOMIC AND MOLECULAR SYSTEMS: DYNAMICS, SPECTROSCOPY, CLUSTERS, AND NANOSTRUCTURES
Shigeta, Yasuteru; Miyachi, Hideaki; Matsui, Toru; Yokoyama, Norisuke; Hirao, Kimihiko
(担当:分担執筆, 範囲:Quantum Theory in Terms of Cumulant Variables)
SPRINGER 2009年1月 (ISBN: 9789048129843)
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12.
Challenges and Advances in Computational Chemistry and Physics, Chap. 2
Shigeta,Yasuteru
(担当:分担執筆, 範囲:Single-Reference Methods for Excited States in Molecules and Polymers)
Springer 2008年10月
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13.
物性量子化学入門
重田,育照
(担当:分担執筆, 範囲:第13、14章)
講談社 2004年9月
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61.
The Analyses of Dynamic Properties of Dnmt1 and Cofactors Based on All-atom Molecular Dynamics Simulations
Yasuda, Takunori; Shigeta, Yasuteru; Harada, Ryuhei
2020 World Conference on Protein Science 2020年7月
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62.
Development of de novo Method for Searching Protein-Ligands Binding Pathway: Ligand-Docking Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics (ld-PaCS-MD)
Aida, Hayato; Shigeta, Yasuteru; Harada, Ryuhei
2020 World Conference on Protein Science 2020年7月
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63.
Computational Studies on Octanol/water Partition Coefficient of Organic Molecules
Shigeta,Yasuteru
7th International Conference on Chemical and Biological Sciences 2020年3月6日 招待有り
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64.
Theoretical Study of Local Structures and Molecular Motions in the Proton-Conduction Composite Material
堀, 優太; 末武, 鋭也; 井田, 朋智; 水野, 元博; 重田, 育照
2nd International Symposium on Hydrogen Energy and Energy Technologies 2019年12月12日
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65.
PVPA-xIm複合体中の局所構造と分子ダイナミクス
堀, 優太; 末武, 鋭也; 井田, 朋智; 水野, 元博; 重田, 育照
第33回分子シミュレーション討論会 2019年12月9日
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66.
Theoretical Investigation on Photofunctional π-electron Materials
Shigeta,Yasuteru
π-system figuration European-Japanese workshop 2019 (π-EJ 2019) 2019年11月12日 招待有り
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67.
計算量子生命科学の最前線
重田,育照
TIA光・量子計測マネージメント会議 2019年11月7日 招待有り
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68.
Triplet-Triplet Annihilation Up-conversion Processes of Diphenylanthracenes: Theoretical Study
Shigeta,Yasuteru
The 30th Asian Advanced Materials Congress (AMC) 2019年10月30日 招待有り
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69.
翻訳終結因子Cドメインにみられる部分的欠失の進化とタンパク質機能・構造に与える影響.
上原忠晃; 栢沼愛; 重田育照; 稲垣, 祐司
第52回日本原生生物学会大会 2019年10月26日
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70.
レアイベントサンプリング法の開発と応用研究
原田, 隆平; Sladek, Vladimir; 重田育照
日本コンピュータ化学会2019年秋季年会 2019年10月24日
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71.
環状ペプチドにおける、溶媒の違いによる構造変化と自由エネルギー安定性の評価
柳, 昂輝; 重田, 育照; 西澤, 宏晃; 原田, 隆平; 吉野, 龍ノ介; 満田, 祐樹
日本コンピュータ化学会2019秋季年会 2019年10月24日 日本コンピュータ化学会
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72.
DFTB-MDシミュレーションの拘束条件を用いた効率化とエネルギー保存の検証
西澤, 宏晃; 重田, 育照
日本コンピュータ化学会2019秋季年会 2019年10月24日 日本コンピュータ化学会
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73.
第一原理ダイナミクスによる材料の物性・反応解析
重田,育照
第8回材料系ワークショップ〜「富岳」時代の材料系シミュレーションの最前線〜 2019年10月18日 RIST 招待有り
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74.
Theoretical Studies on Membrane Permeability of Middle-sized Molecular Drugs using Implicit Membrane Models
Shigeta,Yasuteru
5th Japan-Thai workshop on Theoretical and Computational Chemistry 2019 2019年10月10日 招待有り
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75.
データ同化型分子動力学計算法の開発
重田,育照
膜タンパク質研究会2019 2019年10月7日 招待有り
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76.
環状ジペプチドの安定構造における系統的な傾向と特徴
栁, 昂輝; 西澤, 宏晃; 吉野, 龍ノ介; 原田, 隆平; 重田, 育照
第57回日本生物物理学会年会 2019年9月24日
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77.
拘束条件を用いたDFTB-MDシミュレーションの高速化とエネルギー保存の評価
西澤, 宏晃; 重田, 育照
第57回日本生物物理学会年会 2019年9月24日
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78.
イミダゾールを含む酸塩基複合体中の水素結合構造と分子運動性の理論的解析およびプロトン伝導機構の考察
堀, 優太; 末武, 鋭也; 井田, 朋智; 水野, 元博; 重田, 育照
第13回分子科学討論会 2019年9月17日
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79.
Computational studies on triplet-triplet annihilation up-conversion processes
Shigeta,Yasuteru
The Collaborative Conference on Advanced Materials (CCAM 2019) 2019年8月26日 招待有り
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80.
Theoretical Studies on Membrane Permeability of Middle-sized Molecular Drugs
Shigeta,Yasuteru
10th The Asian Consortium on Computational Materials Science (ACCMS-10) 2019年7月23日 招待有り
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1. 15/228,873: Information Processing Apparatus and Simulation Method
重田, 育照 -
2. 15/228,540: Information Processing Apparatus and Simulation Method
重田,育照 -
3. 2015-156703: 情報処理装置、指標次元抽出方法、および指標次元抽出プログラム
重田,育照 -
4. 2015-156702: 情報処理装置、シミュレーション方法、およびシミュレーションプログ 2. ラム
重田,育照 -
5. 2015-032321: 情報処理、シミュレーションプログラムおよびシミュレーション方法
重田,育照
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