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重田 育照
Shigeta, Yasuteru
計算科学研究センター , 教授 Center for Computational Sciences , Professor
http://www2.ccs.tsukuba.ac.jp/public/shigeta/shigeta_HP/Top_page.html
http://www2.ccs.tsukuba.ac.jp/people/shigeta/shigeta_personal/Message.html
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ISSM best paper
2024-12-10
上殿 明良 蓮沼 隆 重田 育照
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可逆性小児急性肝不全の発症機序の解明-治療薬開発に向けた道筋-
2023-12-27
重田 育照
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量子生命科学会第4回大会 優秀ポスター賞
2022-05-27
庄司 光男 堀 優太 重田 育照
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凝集したタンパク質を元に戻す分子Hsp104 の構造を解明
2021-05-11
重田 育照
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スーパーコンピュータを活用して「効く薬の候補」を素早く見つけ出す | 重田 育照
2021-04-01
重田 育照 広川 貴次 原田 隆平
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1兆分の1秒の時間分解能で液晶分子の動画を観測 -新しい測定・解析手法の確立
2018-02-13
重田 育照
オープンアクセス版の論文は「つくばリポジトリ」で読むことができます。
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1.
Enantioselective interactions of aminonitrile dimers
Natsuki Watanabe; Yu Komatsu; Koichi Miyagawa; Yuta Hori (+1 著者) Mitsuo Shoji
Physical Chemistry Chemical Physics (2025) Semantic Scholar
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2.
Rationally designed antimicrobial peptides with high selectivity and efficiency against phytopathogenic Ralstonia solanecearum
Melvalia Cristin Manik; Nitchakan Darai; Thanyada Rungrotmongkol; Lian Duan (+3 著者) Alisa S. Vangnai
Science of The Total Environment 976: 179354 (2025)
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3.
Structure and catalytic activity of a dihydrofolate reductase-like enzyme from Leptospira interrogans
Chandit, Charin; Hengphasatporn, Kowi; Donsuy, Pattraporn; Shigeta, YasuteruWangkanont, Kittikhun
INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES 298: (2025)
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4.
Exploring mimosamycin as a Janus kinase 2 inhibitor: A combined computational and experimental investigation
Sanachai, Kamonpan; Hengphasatporn, Kowi; Chamni, Supakarn; Suwanborirux, Khani (+5 著者) Thanyada
COMPUTATIONAL BIOLOGY AND CHEMISTRY 115: (2025)
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5.
Pseudo[3]rotaxane and [3]Rotaxane of Per(5-carboxy-5-dehydroxymethyl)-Cyclodextrins Utilizing Carboxylic Acid Dimer as Recognition Units
Nakamura, Takashi; Kuwabara, Masamune; Zhang, Haoyang; Okazawa, Kazuki (+2 著者) Nabeshima, Tatsuya
The Journal of Organic Chemistry 90: 3603 (2025)
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6.
Apoprotein Intermolecular Interactions and Heme Insertion for 3D Domain Swapping in Myoglobin
Gissi Novientri; Koji Takeda; Lian Duan; Kowit Hengphasatporn (+3 著者) Shun Hirota
ACS Omega (2025)
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7.
Characterization of Delta-7 Alkenone Desaturase in Haptophyte Gephyrocapsa huxleyi Through Heterologous Expression in Tisochrysis lutea
Yoneda, Kohei; Kobayashi, Chinatsu; Araie, Hiroya; Morita, Rikuri (+4 著者) Suzuki, Iwane
MARINE BIOTECHNOLOGY 27: (2025)
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8.
Rational Design and Engineering of Conducting Polymers for Chemical Enhancement in Raman Scattering
Huanhuan Zhang; Jun Yu Dong; Xuke Tang; Naoki Kishimoto (+16 著者) Keisuke Goda
Advanced Optical Materials (2025)
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9.
Polysulfur-based bulking of dynamin-related protein 1 prevents ischemic sulfide catabolism and heart failure in mice
Nishimura, Akiyuki; Ogata, Seiryo; Tang, Xiaokang; Hengphasatporn, Kowi (+11 著者) Nishida, Motohiro
NATURE COMMUNICATIONS 16: 276 (2025)
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10.
Theoretical investigation of sustainable CO2 electroreduction to high-value products utilizing N-doped/BN-modified Triphenylene-Graphdiyne catalysts
Sirilak Kongkaew; Manussada Ratanasak; Yasuteru Shigeta; Jun-ya HasegawaVudhichai Parasuk
Fuel (2025) Semantic Scholar
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11.
Experimental and Computational Studies on Domain-Swapped Structure Stabilization of an Antibody Light Chain by Disulfide Bond Introduction.
Wahyu Fitriana; Takahiro Sakai; Lian Duan; Kowit Hengphasatporn (+4 著者) Shun Hirota
Journal of medicinal chemistry 67: 22313 (2024)
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12.
Structural Fluctuation in Homodimeric Aminoacyl-tRNA Synthetases Induces Half-of-the-Sites Activity
Yoshino Okamoto; Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Yasuteru ShigetaRyuhei Harada
The Journal of Physical Chemistry B (2024) Semantic Scholar
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13.
GPNMB is a novel binding partner of FGFR1 that affects tumorigenic potential through AKT phosphorylation in TNBC
Elhinnawi; Manar A.; Okita, Yukari; Shigematsu, Katsunobu (+6 著者) Kato, Mitsuyasu
CANCER SCIENCE Epub: (2024) Semantic Scholar
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14.
Design, Synthesis, and Biological Evaluation of Darunavir Analogs as HIV-1 Protease Inhibitors
Muhammad Asad Ur Rehman; Hathaichanok Chuntakaruk; Soraat Amphan; Aphinya Suroengrit (+6 著者) Tanatorn Khotavivattana
ACS Bio & Med Chem Au (2024)
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15.
BEMM-GEN: A Toolkit for Generating a Biomolecular Environment-Mimicking Model for Molecular Dynamics Simulation
Takunori Yasuda; Rikuri Morita; Yasuteru Shigeta; Ryuhei Harada
Journal of Chemical Information and Modeling (2024) Semantic Scholar
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16.
Evaluating solubility, stability, and inclusion complexation of oxyresveratrol with various β-cyclodextrin derivatives using advanced computational techniques and experimental validation
Ali, Saba; Aman, Aamir; Hengphasatporn, Kowi; Oopkaew, Lipika (+10 著者) Thanyada
COMPUTATIONAL BIOLOGY AND CHEMISTRY 112: (2024) Semantic Scholar
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17.
Why is Dimeric 3D Domain Swapping in Antibody Light Chains Missing from the Solution? Atomistic Insights Mechanisms
Lian Duan; Kowit Hengphasatporn; Takahiro Sakai; Ryo Fujiki (+2 著者) Yasuteru Shigeta
The Journal of Physical Chemistry B (2024) Semantic Scholar
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18.
Rational Design of Cyclopentadiene-Based Super- and Hyperacids Based on Aromaticity
Mrinal Kanti Si; Yasuteru Shigeta
The Journal of Physical Chemistry A (2024) Semantic Scholar
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19.
A machine learning potential construction based on radial distribution function sampling
Natsuki Watanabe; Yuta Hori; Hiroki Sugisawa; Tomonori Ida (+1 著者) Yasuteru Shigeta
Journal of Computational Chemistry (2024) Semantic Scholar
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20.
Machine learning-based QSAR and LB-PaCS-MD guided design of SARS-CoV-2 main protease inhibitors
Toopradab, Borwornlak; Xie, Wanting; Duan, Lian; Hengphasatporn, Kowi (+6 著者) Thanyada
Bioorganic & medicinal chemistry letters 110: (2024) Semantic Scholar
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1.
Hydrogenomics: The Science of Fully Utilizing Hydrogen
Hori, Yuta; Nishikawa, Koji; Shigeta, Yasuteru; Higuchi, Yoshiki
共立出版 2023年4月
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2.
Recent advances of the fragment molecular orbital method Subtitle: Enhanced performance and applicability
Shigeta, Yasuteru
(担当:分担執筆, 範囲:AnalysisFMO toolkit: PyMOL plugin module to 3D-visualize interaction energies in protein (3D-VIEP) generated by fragment molecular orbital calculation)
Springer 2021年1月 (ISBN: 9789811592355)
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3.
Recent advances of the fragment molecular orbital method Subtitle: Enhanced performance and applicability
Shigeta, Yasuteru
(担当:分担執筆, 範囲:AnalysisFMO toolkit: PyMOL plugin module to 3D-visualize interaction energies in protein (3D-VIEP) generated by fragment molecular orbital calculation)
Springer 2021年1月 (ISBN: 9789811592355)
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4.
Advances in Quantum Chemistry
Shigeta, Yasuteru; Harada, Ryuhei
(担当:分担執筆, 範囲:Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Simulations for Transition Pathway Sampling of Biomolecules)
2019年1月
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5.
Quantum Systems in Physics, Chemistry, and Biology: Advances in Concepts and Applications
Baba, Takeshi; Kamiya, Katsumasa; Shigeta, Yasuteru
(担当:分担執筆, 範囲:Integrated Computational Studies on Mutational Effects of A Nylon-degrading Enzyme)
2017年6月 (ISBN: 9783319502540)
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6.
Reference modules in Materials Science and Engineering 2016
Harada, Ryuhei; Inagaki, Yuji; Shigeta, Yasuteru
(担当:分担執筆, 範囲:Protein Folding and Evolution)
2016年6月
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7.
金属錯体の量子・計算化学
重田,育照; 北河康隆
(担当:分担執筆, 範囲:第4-1章 錯体の伝導性)
2014年10月
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8.
Quantum mechanics Chap. 17
Shigeta,Yasuteru
(担当:分担執筆, 範囲:Quantal Cumulant Mechanics as Extended Ehrenfest Theorem)
InTech open 2013年4月
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9.
Conceptual and Computational Advances in Quantum Chemistry, Chap. 25
Shigeta,Yasuteru
(担当:分担執筆, 範囲:Theoretical Studies on Metal-Containing Artificial DNA Bases”, Advances in the Theory of Atomic and Molecular Systems)
Springer 2012年10月
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10.
Advances in the Theory of Atomic and Molecular Systems, Conceptual and Computational Advances in Quantum Chemistry, Chap. 21
Shigeta,Yasuteru
(担当:分担執筆, 範囲:Quantum Theory in Terms of Cumulant Variables)
Springer 2009年10月
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11.
ADVANCES IN THE THEORY OF ATOMIC AND MOLECULAR SYSTEMS: DYNAMICS, SPECTROSCOPY, CLUSTERS, AND NANOSTRUCTURES
Shigeta, Yasuteru; Miyachi, Hideaki; Matsui, Toru; Yokoyama, Norisuke; Hirao, Kimihiko
(担当:分担執筆, 範囲:Quantum Theory in Terms of Cumulant Variables)
SPRINGER 2009年1月 (ISBN: 9789048129843)
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12.
Challenges and Advances in Computational Chemistry and Physics, Chap. 2
Shigeta,Yasuteru
(担当:分担執筆, 範囲:Single-Reference Methods for Excited States in Molecules and Polymers)
Springer 2008年10月
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13.
物性量子化学入門
重田,育照
(担当:分担執筆, 範囲:第13、14章)
講談社 2004年9月
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121.
Dynamical Interaction Analysis of Protein Interaction by Machine Learning Method
SHIGETA, Yasuteru
27th International Annual Symposium on Computational Science and Engineering 招待有り
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122.
分子クラスターを学習データに用いた機械学習ポテンシャルの凝縮系への適用
渡辺, 七都稀; 堀, 優太; 杉澤, 宏樹; 井田, 朋智; 庄司, 光男; 重田, 育照
第47回ケモインフォマティクス討論会
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123.
Autism-associated Sparcl1/Hevin mutant has impacts on persistent angiogenesis
TAKETOMI, Takumi; YASUDA, Takunori; UEDA, Kentaro; MORITA, Rikuri; SHIGETA, Yasuteru; Mizuno, Seiya; TAKAHASHI, Satoru; HARADA, Ryuhei; TSURUTA, Fuminori
Society for Neuroscience 2024
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124.
トリプルネガティブ乳癌における非転移性メラノーマタンパク質 B に よる腫瘍免疫制御機構
川西, 邦夫; Thuylinh, Dangcao; 沖田, 結花里; 渡邊, 幸秀; 橋本, 幸枝; Kowit, Hengphasatporn; 岡谷千晶; 木村, 隆治; 白谷, 理恵; 坂東, 裕子; 山崎, 聡; 重田, 育照; 久野, 敦; 加藤, 光保
第83回日本癌学会学術総会
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125.
Hit-to-Lead最適化を目的とした立体構造に基づくリガンド伸長サイト予測
工藤玄己; 平尾巧; 吉野龍ノ介; 重田育照; 広川, 貴次
第23回日本蛋白質科学会年会
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126.
Hit-to-Leadを指向した官能基修飾始点と伸長サイトの予測手法開発
工藤玄己; 平尾巧; 吉野龍ノ介; 重田育照; 広川, 貴次
第 51 回構造活性相関シンポジウム
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127.
第一原理計算を用いたプロトン伝導分子性結晶中のプロトン移動と分子運動の解析
堀, 優太; 小倉, 浩樹; 出倉, 駿; 森, 初果; 重田, 育照
日本化学会 第104春季年会(2024)
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128.
Combining AI-based Modeling and Flexible Docking for Efficient Refinement of Protein-RNA Complexes using PaCS-MD
Hengphasatporn, Kowi; Nitchakan, Darai; Harada, Ryuhei; Shigeta, Yasuteru
The Protein Society - 37th Annual Symposium
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129.
機械学習ポテンシャルのための動径分布関数を用いた効率的データサンプリング法
渡辺, 七都稀; 堀, 優太; 杉澤, 宏樹; 井田, 朋智; 庄司, 光男; 重田, 育照
第26回理論化学討論会
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130.
Theoretical studies on structures and functions of metalloproteins: Towards understanding of inhibition mechanism of CcO and HPPD
Shigeta, Yasuteru
26th International Annual Symposium on Computational Science and Engineering (ANSCSE26) 招待有り
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131.
Computational studies on inhibition mechanism of some metalloproteins
Shigeta, Yasuteru
The 5th Conference of Theory and Applications of Computational Chemistry (TACC) 招待有り
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132.
分子シミュレーションに基づく生体内分子の機能解析と創薬支援技術開発
重田, 育照
イノベーション人材育成セミナー, 東京大学大学院薬学系研究科附属創薬機構 招待有り
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133.
計算構造生物物理学に基づく生命機能メカニズム解析
重田, 育照
第40回分子病理学研究会クラークシンポジウム 招待有り
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134.
理論計算による金属タンパク質の構造・電子状態・機能の解析
堀, 優太; 佐藤, 綾香; 重田, 育照
凝縮系の理論化学 招待有り
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135.
第一原理計算を用いたプロトン伝導分子性結晶中のプロトン移動と分子運動の解析
堀, 優太; 浩樹, 小倉; 駿, 出倉; 初果, 森; 重田, 育照
日本化学会 第104春季年会(2024)
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136.
Theoretical analysis of the electronic and geometrical structures of the active center of a high-potential iron-sulfur protein and its influence from surrounding amino acids
Sato, Ayaka; Hori, Yuta; Shigeta, Yasuteru
The 5th conference of Theory and Applications of Computational Chemistry (TACC2023)
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137.
分子動力学シミュレーションによるがん原因融合タンパク質SS18-SSXのC末端結合領域とヌクレオソームの相互作用解析
小淵, 里恵; 段, 炼; Kowit, Hengphasatporn; 重田, 育照; 谷, 一寿; 鈴木, 理惠; 渋谷, 綾音; 竹中, 聡; 堀越, 直樹; 胡桃坂, 仁志; 岩崎, 憲治
第46回日本分子生物学会年会
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138.
Theoretical investigation into the electronic and geometrical structures for the oxidation tolerance of [NiFe]-hydrogenases
堀, 優太; 佐藤, 綾香; 重田, 育照
第61回日本生物物理学会年会
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139.
SOD1のCYS酸化に伴う構造変化の理論的研究
佐藤, 綾香; 藤木, 涼; 堀, 優太; Hengphasatporn, Kowi; 重田, 育照
日本コンピュータ化学会2023年
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140.
天然変性タンパク質が滑膜肉腫発生の原因となる仕組み
韓, 叡佳; 堀越直樹; 高橋花南; 谷一寿; 宮ノ入洋平; 中本佳歩; 古寺哲幸; Kowit, Hengphasatporn; 鈴木理恵; 渋谷綾音; 竹中聡; 重田育照; 胡桃坂仁志; 岩崎, 憲治
第96回日本生化学会大会
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1. 15/228,873: Information Processing Apparatus and Simulation Method
重田, 育照 -
2. 15/228,540: Information Processing Apparatus and Simulation Method
重田,育照 -
3. 2015-156703: 情報処理装置、指標次元抽出方法、および指標次元抽出プログラム
重田,育照 -
4. 2015-156702: 情報処理装置、シミュレーション方法、およびシミュレーションプログ 2. ラム
重田,育照 -
5. 2015-032321: 情報処理、シミュレーションプログラムおよびシミュレーション方法
重田,育照
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